160 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1295 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1295  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
409 aa  818    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1879  extracellular solute-binding protein  34.61 
 
 
437 aa  205  1e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000146819  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2347  extracellular solute-binding protein  32.41 
 
 
431 aa  196  9e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0219  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.01 
 
 
423 aa  175  9.999999999999999e-43  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000685496  hitchhiker  0.000000202467 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1441  maltose/maltodextrin ABC transporter, maltose/maltodextrin-binding protein  32.78 
 
 
415 aa  166  5.9999999999999996e-40  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0332503  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1853  maltose ABC transporter substrate binding protein  32.22 
 
 
409 aa  155  9e-37  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225735  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2152  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 
415 aa  107  5e-22  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.410183  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  29.25 
 
 
432 aa  105  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1511  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 
424 aa  97.8  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
440 aa  96.7  7e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2714  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
419 aa  91.3  3e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.182746  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1118  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 
400 aa  89.4  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.0000000704817  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1120  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  27.32 
 
 
419 aa  89  1e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000383609  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2958  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 
410 aa  82.4  0.00000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.347864  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3841  extracellular solute-binding protein  26.98 
 
 
419 aa  82.4  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000013033  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4563  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
439 aa  81.6  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1181  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 
413 aa  82  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000595288  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2135  maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein MalE  27.41 
 
 
410 aa  80.9  0.00000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.905565  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3183  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 
411 aa  80.9  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.641192  normal  0.908857 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1170  extracellular solute-binding protein family 1  26.73 
 
 
397 aa  79.7  0.00000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.441465  normal  0.43389 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4064  maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein, putative  26.12 
 
 
419 aa  79  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0421403  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3754  maltose-maltodextrin ABC-related solute binding protein  26.55 
 
 
419 aa  79  0.0000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000542287  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1321  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 
410 aa  78.2  0.0000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4138  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  26.55 
 
 
419 aa  77.8  0.0000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00348898  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4119  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  26.72 
 
 
419 aa  78.2  0.0000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000674051  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3922  maltosaccharide ABC transporter maltosaccharide-binding protein  26.46 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0134813  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3770  maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  26.46 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000087749  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4229  maltosaccharide ABC transporter maltosaccharide-binding protein  26.46 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.749727  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4032  putative maltosaccharide ABC transporter, maltosaccharide-binding protein  26.46 
 
 
419 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0914  maltose/maltodextrin ABC transporter, periplasmic maltose/maltodextrin-binding protein  26.45 
 
 
411 aa  75.1  0.000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.459005  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  24.69 
 
 
427 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0968  extracellular solute-binding protein  26.29 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.155665  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3883  maltose/maltodextrin ABC transporter periplasmic maltose/maltodextrin-binding protein  26.29 
 
 
411 aa  72.8  0.00000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.265603 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2652  putative maltose/maltodextrin ABC transporter, maltose/maltodextrin-binding protein  25.84 
 
 
408 aa  70.1  0.00000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1276  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
417 aa  68.9  0.0000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000485827  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1055  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
418 aa  67.4  0.0000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.404897  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  25.8 
 
 
420 aa  67  0.0000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3995  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.6  0.0000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0495972  normal  0.57528 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03906  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3962  extracellular solute-binding protein family 1  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03866  hypothetical protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2338  maltose-binding periplasmic protein precursor  26 
 
 
408 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4274  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4586  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4496  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5515  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.4 
 
 
396 aa  66.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.241432  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.94 
 
 
406 aa  65.5  0.000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16190  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 
401 aa  65.1  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00305219  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  25.06 
 
 
433 aa  65.1  0.000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 
433 aa  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  23.34 
 
 
429 aa  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  20.51 
 
 
406 aa  63.9  0.000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000403753  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 
392 aa  62.4  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  24.38 
 
 
392 aa  61.6  0.00000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.59 
 
 
427 aa  61.6  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  22.95 
 
 
423 aa  61.2  0.00000003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  24.77 
 
 
435 aa  60.8  0.00000004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0238  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.47 
 
 
396 aa  60.5  0.00000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.941451 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2574  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
401 aa  59.3  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000602333  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0199  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
423 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.136897  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0205  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 
423 aa  59.7  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4572  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.12 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0168981 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4571  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.12 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.552535  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4421  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.12 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00100315 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4486  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.12 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4623  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.12 
 
 
396 aa  58.9  0.0000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.108824 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0694  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
415 aa  58.5  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.333505 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4472  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.16 
 
 
397 aa  58.5  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0832  multiple sugar transport system substrate-binding protein  25.38 
 
 
416 aa  57.8  0.0000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.669088  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1617  extracellular solute-binding protein  22.44 
 
 
460 aa  57.4  0.0000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 
422 aa  57.4  0.0000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0306  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.04 
 
 
403 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000110695  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3914  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.04 
 
 
403 aa  57  0.0000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0378  maltose ABC transporter periplasmic protein  23.04 
 
 
403 aa  57  0.0000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5891  extracellular solute-binding protein family 1  23.51 
 
 
402 aa  56.6  0.0000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.403986 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  27.17 
 
 
422 aa  56.6  0.0000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0659  extracellular solute-binding protein family 1  22.93 
 
 
425 aa  56.2  0.0000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.579585  normal  0.728331 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0854  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
398 aa  56.2  0.000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.124504  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12290  maltose-binding periplasmic protein  23.69 
 
 
422 aa  55.1  0.000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0134652  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3325  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.53 
 
 
422 aa  55.1  0.000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.264788 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3808  extracellular solute-binding protein family 1  31.08 
 
 
427 aa  55.1  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.750227 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0897  extracellular solute-binding protein family 1  25.06 
 
 
446 aa  54.3  0.000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0316444  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1453  extracellular solute-binding protein  23 
 
 
415 aa  54.7  0.000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0104666  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  24.35 
 
 
470 aa  54.3  0.000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.1 
 
 
415 aa  54.7  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4267  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
400 aa  54.7  0.000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4289  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 
400 aa  54.3  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4136  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.44 
 
 
400 aa  53.9  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  27.22 
 
 
424 aa  53.9  0.000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  24.35 
 
 
452 aa  53.5  0.000006  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3132  maltose ABC transporter periplasmic protein  24.93 
 
 
395 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0559599  normal  0.0111617 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1438  extracellular solute-binding protein  23.95 
 
 
400 aa  53.5  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.000000172655  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  22.36 
 
 
431 aa  52.8  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6584  ABC transporter sugar binding protein  25.79 
 
 
437 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 
414 aa  52.4  0.00001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5151  extracellular solute-binding protein family 1  23.37 
 
 
400 aa  52.8  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.385349  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1865  extracellular solute-binding protein  23.27 
 
 
454 aa  52  0.00002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 
391 aa  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  24.16 
 
 
395 aa  51.6  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  22.05 
 
 
391 aa  51.6  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>