More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1289 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1289  ABC transporter, permease protein  100 
 
 
303 aa  616  1e-175  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_15080  ABC-type sugar transport system, permease component  56.18 
 
 
274 aa  289  3e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.316794  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20610  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.76 
 
 
273 aa  214  9.999999999999999e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2735  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.61 
 
 
268 aa  208  9e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.146401  normal  0.117975 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2724  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.97 
 
 
290 aa  206  5e-52  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.191447  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1636  sugar ABC transporter, permease  38.82 
 
 
277 aa  205  8e-52  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0043  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.56 
 
 
270 aa  203  3e-51  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1901  sugar ABC transporter, permease protein  37.94 
 
 
277 aa  199  3e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.682079  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2464  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.49 
 
 
270 aa  199  5e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.668515  normal  0.267306 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2917  ABC-type sugar transport system, permease component  42.69 
 
 
273 aa  197  2.0000000000000003e-49  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3420  proteophosphoglycan ppg4  41.5 
 
 
272 aa  196  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.257772  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3228  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.5 
 
 
272 aa  196  5.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00685083  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0956  monosaccharide-transporting ATPase  37.45 
 
 
277 aa  193  4e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0922285  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0831  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.55 
 
 
310 aa  192  6e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2616  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39 
 
 
294 aa  191  9e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.000583333  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.31 
 
 
273 aa  191  1e-47  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3639  monosaccharide-transporting ATPase  36.29 
 
 
292 aa  191  1e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.09 
 
 
269 aa  190  2.9999999999999997e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0478  ABC transporter, permease protein  34.78 
 
 
275 aa  189  7e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2601  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.06 
 
 
275 aa  188  8e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.260696  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.93 
 
 
284 aa  188  1e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.354053  normal  0.174244 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1317  MalG-type ABC sugar transport system permease component  79.25 
 
 
238 aa  188  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000354335  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3148  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.62 
 
 
311 aa  187  2e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00417428  n/a   
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.73 
 
 
278 aa  187  2e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1524  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
298 aa  186  5e-46  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2023  Monosaccharide-transporting ATPase  38.17 
 
 
295 aa  186  5e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000143411  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2243  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.29 
 
 
307 aa  185  7e-46  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.556058 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05110  carbohydrate ABC transporter membrane protein  35.74 
 
 
295 aa  184  2.0000000000000003e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.32 
 
 
276 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0827234 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3981  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.34 
 
 
274 aa  183  3e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.270796  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1101  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
280 aa  183  3e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1881  monosaccharide-transporting ATPase  35.79 
 
 
297 aa  182  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.39074 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2199  monosaccharide-transporting ATPase  40 
 
 
269 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.139368  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2079  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.41 
 
 
280 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.697078  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4035  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
275 aa  182  6e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06290  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.25 
 
 
291 aa  182  7e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3806  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
300 aa  181  1e-44  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2572  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.94 
 
 
281 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
299 aa  181  2e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21170  carbohydrate ABC transporter membrane protein  36.95 
 
 
302 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.281989  normal  0.140209 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3574  Monosaccharide-transporting ATPase  42.04 
 
 
290 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.156852  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.88 
 
 
301 aa  180  2.9999999999999997e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2216  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.52 
 
 
301 aa  179  2.9999999999999997e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2167  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.55 
 
 
295 aa  179  4e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18870  carbohydrate ABC transporter membrane protein  30.79 
 
 
319 aa  179  4.999999999999999e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.858818  normal  0.355174 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3989  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
324 aa  179  4.999999999999999e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.74 
 
 
315 aa  179  5.999999999999999e-44  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0205  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
279 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.67338  normal  0.16615 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3123  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
274 aa  178  8e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.610741  hitchhiker  0.000350702 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7904  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.83 
 
 
271 aa  178  1e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04290  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.78 
 
 
297 aa  177  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.08 
 
 
276 aa  177  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0775264  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4881  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
295 aa  177  2e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.48115  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2313  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.02 
 
 
280 aa  177  2e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0326071  normal  0.242877 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.69 
 
 
279 aa  177  2e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000188602  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3568  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
315 aa  177  2e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0512  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.94 
 
 
298 aa  177  3e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2894  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.39 
 
 
297 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.341182  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1314  ABC transporter, permease protein  36.53 
 
 
273 aa  176  3e-43  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2800  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.73 
 
 
272 aa  176  4e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0183721  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
278 aa  175  7e-43  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00882  L-arabinose transport system permease protein AraQ  33.59 
 
 
278 aa  175  7e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0407955  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29030  carbohydrate ABC transporter membrane protein  34.46 
 
 
275 aa  175  8e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2135  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
296 aa  175  8e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0554  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.03 
 
 
296 aa  175  9e-43  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0552972  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.5 
 
 
280 aa  175  9.999999999999999e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4623  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
285 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3122  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.11 
 
 
305 aa  175  9.999999999999999e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.290341 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7693  putative transmembrane permease component of ABC transporter  36.21 
 
 
286 aa  175  9.999999999999999e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.673988 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2366  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.07 
 
 
288 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.125554  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2861  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.87 
 
 
294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.68182  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.05 
 
 
309 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0903437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2681  Monosaccharide-transporting ATPase  35.34 
 
 
278 aa  174  1.9999999999999998e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.515759  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.11 
 
 
275 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0946  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.19 
 
 
273 aa  173  2.9999999999999996e-42  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5332  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.9 
 
 
297 aa  173  2.9999999999999996e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.195165  normal  0.550162 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0717  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
279 aa  172  5e-42  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.62 
 
 
275 aa  172  7.999999999999999e-42  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2510  ABC sugar transporter inner membrane binding protein  34.48 
 
 
278 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.686515 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1700  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
293 aa  171  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3031  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
277 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2729  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.58 
 
 
293 aa  171  1e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1924  sugar ABC transporter, permease protein  34.87 
 
 
271 aa  171  2e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.444482  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2586  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.09 
 
 
294 aa  171  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000948808  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2040  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.35 
 
 
305 aa  170  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.00998336  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5763  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  38.07 
 
 
350 aa  170  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.411796  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0396  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.36 
 
 
722 aa  170  2e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0626826  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0289  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.27 
 
 
276 aa  170  2e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.61 
 
 
298 aa  171  2e-41  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0337575  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1529  carbohydrate ABC transporter permease  36.7 
 
 
274 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1734  carbohydrate ABC transporter permease  36.7 
 
 
274 aa  170  3e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000519488 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1636  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.7 
 
 
274 aa  170  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3564  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.79 
 
 
297 aa  169  4e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0358856  normal  0.0688869 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4196  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
292 aa  169  4e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12076  sugar ABC transporter membrane protein  35.87 
 
 
280 aa  169  5e-41  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0692  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.72 
 
 
390 aa  169  6e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0401  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.22 
 
 
277 aa  169  7e-41  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.000000000457855  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4633  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.45 
 
 
275 aa  169  7e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.326622  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.97 
 
 
283 aa  168  9e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0788706  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11620  ABC-type sugar transport system, permease component  32 
 
 
306 aa  167  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  decreased coverage  0.00242068  normal  0.0915178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>