More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1217 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1217  transcription termination/antitermination factor NusG  100 
 
 		 298 aa  595  1e-169  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    unclonable  0.000000000707521 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1622  transcription antiterminator  68.9 
 
 		 297 aa  391  1e-108  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000761547  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29880  transcription antitermination protein nusG  46.79 
 
 		 273 aa  224  2e-57  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.574847  normal  0.380825 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0575  NusG antitermination factor  51.46 
 
 		 273 aa  207  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.603721  hitchhiker  0.00747859 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0611  NusG antitermination factor  53.27 
 
 		 265 aa  202  4e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.837872  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17300  transcription termination/antitermination factor NusG  42.65 
 
 		 275 aa  202  6e-51  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03630  transcription antitermination protein nusG  48.43 
 
 		 267 aa  201  9e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4525  NusG antitermination factor  43.77 
 
 		 272 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2659  transcription antitermination protein NusG  50.46 
 
 		 250 aa  199  7e-50  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.208003  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2677  NusG antitermination factor  50.43 
 
 		 255 aa  197  1.0000000000000001e-49  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23990  transcription antitermination protein nusG  46.88 
 
 		 301 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160343  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5109  NusG antitermination factor  51.26 
 
 		 280 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.210055  normal  0.503084 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1068  Transcription antiterminator-like protein  45.64 
 
 		 266 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.740991 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0675  NusG antitermination factor  42.24 
 
 		 320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0814354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2995  NusG antitermination factor  50.51 
 
 		 287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21030  transcription antitermination protein nusG  46.29 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0843287  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2707  NusG antitermination factor  50.25 
 
 		 267 aa  193  4e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0283787 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6641  NusG antitermination factor  48.13 
 
 		 266 aa  192  4e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3162  NusG antitermination factor  45.63 
 
 		 259 aa  192  6e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.441346  normal  0.204879 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0568  transcription antitermination protein nusG  39.93 
 
 		 277 aa  190  2.9999999999999997e-47  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5117  transcription antitermination protein NusG  43.82 
 
 		 272 aa  190  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0741  NusG antitermination factor  40.36 
 
 		 276 aa  186  4e-46  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0537  NusG antitermination factor  46.44 
 
 		 246 aa  183  2.0000000000000003e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.472284  hitchhiker  0.00572765 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6062  NusG antitermination factor  47.47 
 
 		 273 aa  184  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.275139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4356  NusG antitermination factor  48.22 
 
 		 238 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1234  transcription antitermination protein NusG  42.55 
 
 		 266 aa  179  4e-44  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.329815 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1111  transcription termination/antitermination factor NusG  47.52 
 
 		 299 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.106729  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4330  NusG antitermination factor  44.08 
 
 		 242 aa  177  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0922  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0939  transcription antitermination protein NusG  43.43 
 
 		 270 aa  177  2e-43  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1013  NusG antitermination factor  39.39 
 
 		 306 aa  175  9.999999999999999e-43  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3938  transcription termination/antitermination factor NusG  47.8 
 
 		 242 aa  175  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0950  transcription antitermination protein NusG  46.53 
 
 		 271 aa  174  1.9999999999999998e-42  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0294  transcription antitermination protein nusG  44.73 
 
 		 228 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.620815 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10652  transcription antitermination protein NusG  43.64 
 
 		 238 aa  173  2.9999999999999996e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0333893 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5965  NusG antitermination factor  44.39 
 
 		 269 aa  171  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.981962 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2725  NusG antitermination factor  46.88 
 
 		 181 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0672465  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0695  transcription termination/antitermination factor NusG  43.5 
 
 		 317 aa  161  1e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0909  NusG antitermination factor  40.87 
 
 		 262 aa  160  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.269153  normal  0.196956 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0386  NusG antitermination factor  40.36 
 
 		 243 aa  157  2e-37  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2130  NusG antitermination factor  46.24 
 
 		 176 aa  156  5.0000000000000005e-37  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0645684  normal  0.768925 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09670  transcription antitermination protein nusG  47.54 
 
 		 178 aa  156  5.0000000000000005e-37  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00365981  hitchhiker  0.0000231337 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08690  transcription antitermination protein nusG  47.85 
 
 		 178 aa  154  1e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000619667  hitchhiker  0.000000019364 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1181  NusG antitermination factor  47.34 
 
 		 185 aa  150  3e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00327311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0180  transcription antitermination protein nusG  43.52 
 
 		 174 aa  148  1.0000000000000001e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  unclonable  0.0000000000000727534  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2473  transcription antitermination protein nusG  41.49 
 
 		 175 aa  146  4.0000000000000006e-34  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000147395  decreased coverage  0.00105272 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0405  NusG antitermination factor  45.41 
 
 		 175 aa  145  6e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000272103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0202  NusG antitermination factor  44.39 
 
 		 175 aa  143  4e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000100106  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1930  NusG antitermination factor  41.18 
 
 		 175 aa  142  5e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000062864  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1824  NusG antitermination factor  43.85 
 
 		 201 aa  142  6e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1175  NusG antitermination factor  40.32 
 
 		 181 aa  141  9.999999999999999e-33  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000364949  unclonable  0.0000000228976 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4681  transcription antitermination protein nusG  37.79 
 
 		 199 aa  142  9.999999999999999e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000131174  hitchhiker  0.00867825 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2347  NusG antitermination factor  38.1 
 
 		 203 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00861255  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0093  transcription antitermination protein NusG  43.75 
 
 		 177 aa  141  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01040  NusG antitermination factor  44.15 
 
 		 176 aa  141  1.9999999999999998e-32  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.9624500000000004e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0307  NusG antitermination factor  44.15 
 
 		 172 aa  140  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000155754  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3325  NusG antitermination factor  42.25 
 
 		 194 aa  138  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0701558  normal  0.115804 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2687  NusG antitermination factor  45.74 
 
 		 185 aa  138  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00303522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2727  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 173 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.00000000231541  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2413  transcription antitermination protein NusG  38.38 
 
 		 173 aa  138  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  unclonable  0.000000000134964  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1477  NusG antitermination factor  38.71 
 
 		 187 aa  137  2e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0560518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4321  NusG antitermination factor  41.18 
 
 		 194 aa  137  2e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0895327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2167  transcription antitermination protein nusG  40.98 
 
 		 176 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0599696  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0210  NusG antitermination factor  39.15 
 
 		 178 aa  136  4e-31  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000666853  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2719  transcription antitermination protein nusG  39.79 
 
 		 177 aa  136  5e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00403072  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0854  transcription antitermination protein NusG  42.16 
 
 		 174 aa  135  6.0000000000000005e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000907525  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1056  NusG antitermination factor  41.53 
 
 		 175 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0446  transcription antitermination protein nusG  41.85 
 
 		 177 aa  133  5e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.144554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0307  transcription antitermination protein nusG  41.15 
 
 		 180 aa  132  6.999999999999999e-30  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  unclonable  0.0000000000000733893  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0689  transcription termination/antitermination factor NusG  41.53 
 
 		 177 aa  132  6.999999999999999e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  4.8031099999999993e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0273  NusG antitermination factor  40.86 
 
 		 175 aa  131  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000233733  hitchhiker  0.00819689 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0097  transcription antitermination protein NusG  44.27 
 
 		 177 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000931665  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3694  NusG antitermination factor  37.02 
 
 		 172 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000043421  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0191  NusG antitermination factor  37.84 
 
 		 191 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000382089  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2868  transcription antitermination protein NusG  40.98 
 
 		 175 aa  130  3e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.157482  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0355  transcription antiterminator  41.45 
 
 		 183 aa  130  3e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000436573 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1512  NusG antitermination factor  39.25 
 
 		 181 aa  130  3e-29  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.00000000324122  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4020  NusG antitermination factor  38.8 
 
 		 189 aa  129  4.0000000000000003e-29  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.579663  normal  0.523412 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0559  transcription antitermination protein  38.1 
 
 		 182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00288108  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0573  transcription antitermination protein  38.1 
 
 		 182 aa  129  4.0000000000000003e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000169093  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3597  NusG antitermination factor  40.49 
 
 		 202 aa  130  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.259347  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2954  NusG antitermination factor  37.44 
 
 		 198 aa  129  5.0000000000000004e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000249386  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0177  transcription termination/antitermination factor NusG  38.1 
 
 		 182 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0856403  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1587  transcription antitermination protein nusG  41.08 
 
 		 179 aa  129  5.0000000000000004e-29  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0835  transcription antitermination protein nusG  42.47 
 
 		 176 aa  129  5.0000000000000004e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000261776  normal  0.0934709 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1322  NusG antitermination factor  38.92 
 
 		 173 aa  129  6e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0283  NusG antitermination factor  35.83 
 
 		 191 aa  129  6e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000000819878  hitchhiker  0.00383281 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2226  NusG antitermination factor  41.62 
 
 		 179 aa  129  7.000000000000001e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0470266 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0121  NusG antitermination factor  40.11 
 
 		 188 aa  129  8.000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.978934  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5088  transcription antitermination protein NusG  35.83 
 
 		 185 aa  129  9.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.120932  normal  0.503676 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4442  transcription antitermination protein NusG  38.71 
 
 		 185 aa  128  1.0000000000000001e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0643  NusG antitermination factor  42.93 
 
 		 190 aa  128  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.313093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2276  NusG antitermination factor  41.08 
 
 		 179 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2364  NusG antitermination factor  41.08 
 
 		 179 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0318836  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0668  NusG antitermination factor  39.34 
 
 		 175 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.652128  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0921  NusG antitermination factor  39.34 
 
 		 175 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3340  NusG antitermination factor  39.34 
 
 		 175 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0014891 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0870  NusG antitermination factor  40 
 
 		 177 aa  127  2.0000000000000002e-28  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0697  NusG antitermination factor  39.01 
 
 		 176 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00804947  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2336  NusG antitermination factor  38.59 
 
 		 177 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.045954  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>