20 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1187 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1187  hypothetical protein  100 
 
 		 312 aa  605  9.999999999999999e-173  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08310  membrane protein  42.49 
 
 		 360 aa  220  3e-56  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.229987 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1002  protein of unknown function DUF6 transmembrane  38.94 
 
 		 315 aa  190  2.9999999999999997e-47  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0595  integral membrane protein  34.19 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.437392  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0609  hypothetical protein  33.01 
 
 		 322 aa  175  9e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0941  hypothetical protein  29.26 
 
 		 343 aa  106  5e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000102128  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2074  integral membrane protein  26.69 
 
 		 336 aa  102  6e-21  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0975  putative choline transport or trimethylamine permease  26.19 
 
 		 346 aa  93.2  5e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  3.4103099999999997e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2349  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.64 
 
 		 342 aa  86.7  5e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3288  hypothetical protein  26.22 
 
 		 359 aa  84.3  0.000000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3285  hypothetical protein  25.23 
 
 		 362 aa  84  0.000000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1354  hypothetical protein  25.43 
 
 		 365 aa  73.6  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.189044  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1460  lic-1 operon protein (LicB)  27 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.717026  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1412  membrane spanning protein  26.47 
 
 		 338 aa  67.4  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_14730  hypothetical protein  25.65 
 
 		 370 aa  64.3  0.000000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000357479 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1367  transmembrane protein MttP  26.86 
 
 		 348 aa  56.2  0.0000006  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  unclonable  0.0000000000000313497  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2432  hypothetical protein  22.34 
 
 		 369 aa  47.8  0.0002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1504  trimethylamine permease  25 
 
 		 348 aa  47.4  0.0003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0142032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0996  hypothetical protein  27.14 
 
 		 274 aa  43.1  0.006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.31188  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2311  trimethylamine transporter  24.82 
 
 		 347 aa  42.7  0.008  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0501876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>