More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1147 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1147  peptide deformylase  100 
 
 		 217 aa  444  1.0000000000000001e-124  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0944  peptide deformylase  71.43 
 
 		 217 aa  333  1e-90  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29330  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  54.5 
 
 		 211 aa  215  4e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.272989  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0620  peptide deformylase  53.03 
 
 		 245 aa  195  4.0000000000000005e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0664  Peptide deformylase  50.69 
 
 		 223 aa  189  2.9999999999999997e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.106067  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2610  Peptide deformylase  52.58 
 
 		 230 aa  186  3e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3103  peptide deformylase  53.11 
 
 		 217 aa  182  3e-45  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1935  peptide deformylase  46.38 
 
 		 226 aa  173  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000939667 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2193  peptide deformylase  45.58 
 
 		 226 aa  171  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00150941  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3916  peptide deformylase  41.3 
 
 		 208 aa  141  6e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.511454  normal  0.0468935 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1371  peptide deformylase  45.51 
 
 		 191 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009356  OSTLU_35850  Peptide deformylase, mitochondrial  42.08 
 
 		 274 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12740  N-formylmethionyl-tRNA deformylase  48 
 
 		 240 aa  109  4.0000000000000004e-23  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.869353  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  40.51 
 
 		 180 aa  107  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_002950  PG2201  peptide deformylase  38.85 
 
 		 189 aa  99  5e-20  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0693  peptide deformylase  39.49 
 
 		 184 aa  95.9  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  36.31 
 
 		 168 aa  95.5  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0915  peptide deformylase  34.21 
 
 		 190 aa  95.5  6e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0780  peptide deformylase  34.32 
 
 		 177 aa  94.4  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.667825  normal  0.561124 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1473  peptide deformylase  33.95 
 
 		 190 aa  94  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  35.67 
 
 		 168 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2078  peptide deformylase  34.34 
 
 		 181 aa  92.8  3e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0049  peptide deformylase  38 
 
 		 178 aa  92.4  5e-18  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.84969  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00801  peptide deformylase  30.62 
 
 		 201 aa  92  6e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.876685  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0954  peptide deformylase  37.58 
 
 		 170 aa  91.7  8e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.265871  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5067  formylmethionine deformylase  33.33 
 
 		 179 aa  90.9  1e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.456433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00791  peptide deformylase  32.4 
 
 		 201 aa  90.9  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.503942  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  39.61 
 
 		 177 aa  90.9  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1466  peptide deformylase  34.59 
 
 		 177 aa  91.3  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  36.94 
 
 		 168 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  0.00000000000000447721 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0049  peptide deformylase  36.54 
 
 		 186 aa  90.5  2e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.451864 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0070  peptide deformylase  32.58 
 
 		 201 aa  90.1  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.805375  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1340  peptide deformylase  36.46 
 
 		 192 aa  90.5  2e-17  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.457747  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0639  peptide deformylase  39.26 
 
 		 174 aa  89.7  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000242683  normal  0.990188 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19041  peptide deformylase  35.26 
 
 		 181 aa  89.7  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.175105 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  35.15 
 
 		 188 aa  89.7  3e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2532  peptide deformylase  38.27 
 
 		 196 aa  88.6  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2314  peptide deformylase  36.99 
 
 		 164 aa  88.6  7e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.566498  hitchhiker  0.000541845 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1679  peptide deformylase  34.16 
 
 		 185 aa  88.6  7e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  34.39 
 
 		 168 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000267775  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5431  peptide deformylase  36.88 
 
 		 190 aa  88.6  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.898432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2132  formylmethionine deformylase  36.77 
 
 		 204 aa  88.2  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  4.8462e-16  decreased coverage  0.0000656702 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06160  peptide deformylase  37.04 
 
 		 196 aa  87.4  1e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00771  peptide deformylase  32 
 
 		 203 aa  87.8  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0342378  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  36.94 
 
 		 168 aa  87.8  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  0.00000133405 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  36.31 
 
 		 168 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  0.00000040176 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  35.22 
 
 		 175 aa  87.4  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3323  peptide deformylase  34.55 
 
 		 182 aa  87  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  36.31 
 
 		 168 aa  87  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4508  peptide deformylase  33.72 
 
 		 178 aa  86.3  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0488  peptide deformylase  32.93 
 
 		 199 aa  86.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5119  peptide deformylase  33.33 
 
 		 191 aa  86.7  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.267223 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0854  peptide deformylase  37.16 
 
 		 215 aa  86.3  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000749472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09890  peptide deformylase  38.99 
 
 		 154 aa  86.3  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0204  peptide deformylase  35.19 
 
 		 196 aa  86.7  3e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1062  polypeptide deformylase  36.9 
 
 		 181 aa  85.9  4e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0662  peptide deformylase  36.13 
 
 		 158 aa  85.9  4e-16  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  32.48 
 
 		 168 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1399  peptide deformylase  36.48 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1273  peptide deformylase  39.39 
 
 		 177 aa  85.5  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.15052 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1337  peptide deformylase  39.39 
 
 		 177 aa  85.1  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2184  peptide deformylase  35.2 
 
 		 194 aa  85.5  6e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0808  peptide deformylase  32.58 
 
 		 187 aa  85.5  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0147  peptide deformylase  36.71 
 
 		 170 aa  85.5  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.48044  normal  0.567274 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4446  peptide deformylase  33.14 
 
 		 178 aa  85.1  7e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2912  peptide deformylase  37.74 
 
 		 168 aa  85.1  8e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000305712  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3612  peptide deformylase  36.6 
 
 		 186 aa  84.7  9e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.303714  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0666  hypothetical protein  39.23 
 
 		 229 aa  84.7  0.000000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  37.11 
 
 		 172 aa  84  0.000000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0651  peptide deformylase  32.47 
 
 		 177 aa  84  0.000000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.321715  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  33.12 
 
 		 168 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1168  peptide deformylase  36.6 
 
 		 164 aa  83.6  0.000000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00145163  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4052  peptide deformylase  38.51 
 
 		 194 aa  83.6  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000087086 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3241  peptide deformylase  33.95 
 
 		 170 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00399502  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0372  peptide deformylase  34.44 
 
 		 169 aa  83.2  0.000000000000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  36.13 
 
 		 174 aa  83.2  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2590  peptide deformylase  35.26 
 
 		 179 aa  83.2  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.232767 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4287  peptide deformylase  40.51 
 
 		 170 aa  83.2  0.000000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  36.36 
 
 		 188 aa  82.8  0.000000000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1130  peptide deformylase  36.6 
 
 		 164 aa  82.8  0.000000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000143546  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5353  peptide deformylase  33.75 
 
 		 176 aa  82.8  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  33.12 
 
 		 184 aa  82.4  0.000000000000004  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3013  peptide deformylase  33.33 
 
 		 181 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000829932  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_10790  peptide deformylase  36.71 
 
 		 191 aa  82  0.000000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.00525841  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  33.76 
 
 		 176 aa  82  0.000000000000007  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  35 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  33.33 
 
 		 168 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  35 
 
 		 187 aa  81.6  0.000000000000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1788  peptide deformylase  31.68 
 
 		 188 aa  81.6  0.000000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0975  peptide deformylase  32.91 
 
 		 182 aa  81.6  0.000000000000009  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.000624614  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  36.05 
 
 		 170 aa  81.3  0.000000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3599  peptide deformylase  32.94 
 
 		 185 aa  81.3  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000726362  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1083  hypothetical protein  32.47 
 
 		 172 aa  80.9  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1061  hypothetical protein  30.38 
 
 		 172 aa  81.3  0.00000000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1477  peptide deformylase  36.22 
 
 		 173 aa  80.9  0.00000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  33.97 
 
 		 171 aa  80.9  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  36.73 
 
 		 174 aa  80.9  0.00000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  0.00000672564 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3433  peptide deformylase  32.18 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  35.44 
 
 		 177 aa  81.3  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2056  peptide deformylase  34.64 
 
 		 177 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.302964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>