More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1069 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1069  SsrA-binding protein  100 
 
 		 165 aa  340  5e-93  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.439427 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0938  SsrA-binding protein  79.49 
 
 		 158 aa  258  3e-68  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0538951  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1038  SsrA-binding protein  68.92 
 
 		 177 aa  208  2e-53  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.102132  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_25160  SsrA-binding protein  61.39 
 
 		 176 aa  197  5e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0867  SsrA-binding protein  64.14 
 
 		 176 aa  195  2.0000000000000003e-49  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.609087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2766  SsrA-binding protein  64 
 
 		 177 aa  192  2e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.277216 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3779  SsrA-binding protein  60.9 
 
 		 156 aa  191  3e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.735326 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10450  SsrA-binding protein  63.7 
 
 		 167 aa  191  5e-48  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.668094  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1247  SsrA-binding protein  62.42 
 
 		 158 aa  189  1e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2476  SsrA-binding protein  60.62 
 
 		 160 aa  185  3e-46  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.472283  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0795  SsrA-binding protein  60 
 
 		 160 aa  180  6e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.387755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1272  SsrA-binding protein  64.34 
 
 		 159 aa  180  9.000000000000001e-45  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.352347  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1455  SmpB protein  57.14 
 
 		 155 aa  174  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.773196 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20300  SsrA-binding protein  56.38 
 
 		 168 aa  174  5e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.493678  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3721  SsrA-binding protein  56.29 
 
 		 154 aa  171  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.516097  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1236  SsrA-binding protein  57.43 
 
 		 158 aa  172  2.9999999999999996e-42  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.114649  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4003  SsrA-binding protein  57.14 
 
 		 162 aa  171  3.9999999999999995e-42  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_07720  SsrA-binding protein  55.41 
 
 		 160 aa  170  9e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1409  SsrA-binding protein  58.04 
 
 		 161 aa  169  2e-41  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.000709702  normal  0.191273 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0801  SsrA-binding protein  56.67 
 
 		 159 aa  169  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2662  SsrA-binding protein  58.44 
 
 		 156 aa  169  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0252069  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0920  SsrA-binding protein  54.94 
 
 		 159 aa  168  3e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.624021  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07630  SsrA-binding protein  60 
 
 		 171 aa  168  3e-41  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0947  SsrA-binding protein  57.53 
 
 		 161 aa  166  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1728  SsrA-binding protein  56.08 
 
 		 159 aa  166  1e-40  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0984  SsrA-binding protein  55.41 
 
 		 159 aa  166  2e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.458725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1916  SsrA-binding protein  54.78 
 
 		 165 aa  164  4e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0329726  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1613  SsrA-binding protein  56.64 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1584  SsrA-binding protein  56.64 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1638  SsrA-binding protein  56.64 
 
 		 168 aa  162  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.223466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4446  SsrA-binding protein  52.87 
 
 		 165 aa  160  6e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1679  SsrA-binding protein  51.85 
 
 		 167 aa  160  9e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00257797  normal  0.468754 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13117  SsrA-binding protein  53.95 
 
 		 160 aa  160  1e-38  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2397  SsrA-binding protein  57.53 
 
 		 158 aa  158  3e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.013671 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1869  SsrA-binding protein  53.64 
 
 		 159 aa  158  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0315571  normal  0.12343 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3020  SsrA-binding protein  50.68 
 
 		 159 aa  158  3e-38  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.631512  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3451  SsrA-binding protein  52.67 
 
 		 157 aa  157  4e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0771  SsrA-binding protein  50 
 
 		 161 aa  154  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0749395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5790  SsrA-binding protein  59.33 
 
 		 158 aa  154  5.0000000000000005e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.84107  normal  0.636421 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3124  SsrA-binding protein  49.67 
 
 		 155 aa  151  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0691  SsrA-binding protein  50.33 
 
 		 161 aa  151  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0822  SsrA-binding protein  52.05 
 
 		 154 aa  150  7e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0806  SsrA-binding protein  52.05 
 
 		 154 aa  150  7e-36  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.737429  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1869  SsrA-binding protein  54.55 
 
 		 158 aa  149  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155972  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0451  SsrA-binding protein  52.74 
 
 		 156 aa  149  2e-35  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0847  SsrA-binding protein  52.41 
 
 		 158 aa  147  5e-35  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.744704 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3672  SsrA-binding protein  48.37 
 
 		 155 aa  147  9e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.35402  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4955  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000000570818  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4806  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000144098  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4817  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561916  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5332  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000321328  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5242  SsrA-binding protein  48.37 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.275752  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5212  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0002  SsrA-binding protein  49.02 
 
 		 155 aa  145  2.0000000000000003e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.185549  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5231  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  3e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0395  SsrA-binding protein  47.13 
 
 		 157 aa  145  3e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.269893  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5277  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  145  3e-34  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000417052  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2865  SsrA-binding protein  48.05 
 
 		 154 aa  145  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000473081  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0256  SsrA-binding protein  50.32 
 
 		 153 aa  145  3e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00851918  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15720  SsrA-binding protein  46.71 
 
 		 155 aa  144  4.0000000000000006e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000205152  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1506  SsrA-binding protein  46.67 
 
 		 172 aa  143  1e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.000124278  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2954  SsrA-binding protein  46.41 
 
 		 155 aa  143  1e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000670079  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4920  SsrA-binding protein  47.71 
 
 		 155 aa  142  2e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00075072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1709  SsrA-binding protein  50.68 
 
 		 153 aa  142  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0149731  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1646  SsrA-binding protein  48.67 
 
 		 172 aa  142  2e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.281559  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3929  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 152 aa  142  2e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000169272  normal  0.790907 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1444  SsrA-binding protein  50 
 
 		 160 aa  142  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2083  SsrA-binding protein  49.32 
 
 		 151 aa  142  2e-33  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1092  SsrA-binding protein  54.35 
 
 		 152 aa  142  3e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1088  SsrA-binding protein  49.34 
 
 		 155 aa  142  3e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.469803  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1296  SsrA-binding protein  46 
 
 		 182 aa  142  3e-33  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  unclonable  0.000000000870079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1253  SsrA-binding protein  46.45 
 
 		 157 aa  141  4e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3008  SsrA-binding protein  47.06 
 
 		 159 aa  141  4e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0189  SsrA-binding protein  50 
 
 		 158 aa  141  5e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.000399646  normal  0.0189188 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0771  SsrA-binding protein  46.85 
 
 		 147 aa  140  6e-33  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.401658  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2697  SsrA-binding protein  47.83 
 
 		 162 aa  140  6e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2748  SsrA-binding protein  51.75 
 
 		 154 aa  140  7e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000119247  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2153  SsrA-binding protein  49.32 
 
 		 154 aa  140  7e-33  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0806  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 151 aa  140  7e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.747303  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2620  SsrA-binding protein  51.92 
 
 		 157 aa  140  9e-33  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4350  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 158 aa  140  9e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.08512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2631  SsrA-binding protein  51.02 
 
 		 157 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0750238  normal  0.108359 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1965  SsrA-binding protein  48.65 
 
 		 155 aa  139  1.9999999999999998e-32  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1582  SsrA-binding protein  50 
 
 		 156 aa  139  1.9999999999999998e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0563704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2045  SsrA-binding protein  49.36 
 
 		 155 aa  138  3e-32  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.524843 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1280  ssrA binding protein (smpB)  46 
 
 		 154 aa  138  3e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000661775  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0516  SsrA-binding protein  50.34 
 
 		 160 aa  138  3.9999999999999997e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.760363 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0962  SsrA-binding protein  50 
 
 		 157 aa  138  3.9999999999999997e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2863  SsrA-binding protein  50.64 
 
 		 165 aa  137  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.643018  normal  0.0844663 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1493  SsrA-binding protein  50.68 
 
 		 150 aa  138  3.9999999999999997e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0661081  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2231  SsrA-binding protein  51.72 
 
 		 155 aa  137  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.589723  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2169  SsrA-binding protein  51.72 
 
 		 155 aa  137  6e-32  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1824  SsrA-binding protein  47.33 
 
 		 150 aa  137  7e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.00000000470623  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1314  SsrA-binding protein  46.67 
 
 		 152 aa  137  7e-32  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00672101  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1464  SsrA-binding protein  45.89 
 
 		 154 aa  137  7.999999999999999e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4582  SsrA-binding protein  48.25 
 
 		 160 aa  137  7.999999999999999e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.307442 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0748  SsrA-binding protein  47.65 
 
 		 157 aa  137  7.999999999999999e-32  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.107528  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4692  SsrA-binding protein  50 
 
 		 157 aa  137  7.999999999999999e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0948548 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1508  SsrA-binding protein  45.52 
 
 		 149 aa  137  8.999999999999999e-32  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2642  SsrA-binding protein  51.35 
 
 		 157 aa  136  1e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.122546  hitchhiker  0.0029074 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>