More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_1034 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_1034  phosphoribosylamine--glycine ligase  100 
 
 		 423 aa  863    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0880  phosphoribosylamine--glycine ligase  71.56 
 
 		 422 aa  612  9.999999999999999e-175  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0058  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.08 
 
 		 420 aa  484  1e-136  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1601  phosphoribosylamine--glycine ligase  56.26 
 
 		 413 aa  471  1.0000000000000001e-131  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0043  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.25 
 
 		 421 aa  462  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0278  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.9 
 
 		 423 aa  430  1e-119  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0286  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.9 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0271  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.13 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0274  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.9 
 
 		 423 aa  423  1e-117  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0331  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.66 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0299  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.9 
 
 		 423 aa  422  1e-117  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0345  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.52 
 
 		 423 aa  421  1e-116  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0280  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.29 
 
 		 423 aa  420  1e-116  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0372  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.82 
 
 		 423 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0328  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.95 
 
 		 423 aa  412  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4975  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.06 
 
 		 423 aa  413  1e-114  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0264  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.65 
 
 		 430 aa  412  1e-114  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46971  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1140  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.47 
 
 		 430 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.88 
 
 		 429 aa  373  1e-102  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.65 
 
 		 432 aa  374  1e-102  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.09 
 
 		 429 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.54 
 
 		 430 aa  371  1e-101  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.13 
 
 		 428 aa  367  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.65 
 
 		 427 aa  365  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.39 
 
 		 429 aa  364  1e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.15 
 
 		 429 aa  364  2e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.84 
 
 		 428 aa  364  2e-99  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.77 
 
 		 430 aa  363  3e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.03 
 
 		 429 aa  363  3e-99  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.03 
 
 		 429 aa  363  4e-99  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.15 
 
 		 429 aa  363  4e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.03 
 
 		 429 aa  363  4e-99  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.03 
 
 		 429 aa  363  4e-99  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.31 
 
 		 427 aa  363  4e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2361  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.9 
 
 		 422 aa  363  4e-99  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  45.79 
 
 		 429 aa  362  6e-99  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.79 
 
 		 429 aa  362  6e-99  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  46.03 
 
 		 429 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  46.03 
 
 		 429 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.9 
 
 		 429 aa  362  7.0000000000000005e-99  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.15 
 
 		 429 aa  362  7.0000000000000005e-99  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  44 
 
 		 429 aa  362  8e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.95 
 
 		 432 aa  361  1e-98  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3665  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.31 
 
 		 428 aa  361  1e-98  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.92 
 
 		 429 aa  360  2e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1999  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.6 
 
 		 429 aa  360  2e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00638776  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.45 
 
 		 428 aa  360  2e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1442  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.43 
 
 		 426 aa  360  3e-98  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.577495  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0960  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.29 
 
 		 426 aa  360  3e-98  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0529  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.84 
 
 		 429 aa  359  6e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2843  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.13 
 
 		 430 aa  358  8e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.294227  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0784  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.65 
 
 		 422 aa  358  9.999999999999999e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.110869  normal  0.244609 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.26 
 
 		 430 aa  358  9.999999999999999e-98  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0026  phosphoribosylamine/glycine ligase  45.07 
 
 		 704 aa  358  9.999999999999999e-98  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3668  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.94 
 
 		 425 aa  357  1.9999999999999998e-97  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2552  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.58 
 
 		 426 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0177333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.53 
 
 		 429 aa  357  2.9999999999999997e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0414  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.07 
 
 		 427 aa  356  3.9999999999999996e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.31965  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.52 
 
 		 428 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.9 
 
 		 431 aa  355  5.999999999999999e-97  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.33 
 
 		 429 aa  355  5.999999999999999e-97  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0422  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.07 
 
 		 427 aa  355  6.999999999999999e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1156  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.84 
 
 		 415 aa  355  7.999999999999999e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1134  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.84 
 
 		 415 aa  355  7.999999999999999e-97  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23090  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.93 
 
 		 425 aa  355  1e-96  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.121893  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0805  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.31 
 
 		 430 aa  355  1e-96  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1419  phosphoribosylamine--glycine ligase  42.72 
 
 		 425 aa  354  2e-96  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0619  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.56 
 
 		 427 aa  353  2e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.374111  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0172  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.52 
 
 		 429 aa  352  7e-96  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0578  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.69 
 
 		 425 aa  352  8e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0348  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.35 
 
 		 422 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.6128 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 429 aa  351  1e-95  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1899  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.37 
 
 		 428 aa  351  1e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal  0.253787 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1704  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.37 
 
 		 428 aa  351  1e-95  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  44.16 
 
 		 430 aa  351  1e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1061  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.41 
 
 		 442 aa  351  2e-95  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3173  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.34 
 
 		 428 aa  351  2e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0826007  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1401  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.51 
 
 		 442 aa  351  2e-95  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0535  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.56 
 
 		 427 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.201111 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.63 
 
 		 429 aa  350  2e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2212  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.65 
 
 		 426 aa  351  2e-95  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.09 
 
 		 431 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5622  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.41 
 
 		 425 aa  350  3e-95  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2065  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.46 
 
 		 425 aa  350  4e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.19426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  44.86 
 
 		 431 aa  350  4e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1300  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.12 
 
 		 432 aa  349  4e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.617554  normal  0.088058 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0983  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.65 
 
 		 425 aa  350  4e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0720926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.33 
 
 		 431 aa  348  8e-95  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2333  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.65 
 
 		 426 aa  348  9e-95  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0928506  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.56 
 
 		 431 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2191  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.77 
 
 		 422 aa  348  1e-94  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.22 
 
 		 428 aa  348  1e-94  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  43.22 
 
 		 428 aa  348  1e-94  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.56 
 
 		 430 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3260  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.12 
 
 		 432 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.207571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0997  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.64 
 
 		 430 aa  348  1e-94  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2389  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.31 
 
 		 422 aa  347  2e-94  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0617  phosphoribosylamine--glycine ligase  45.24 
 
 		 425 aa  347  2e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4180  phosphoribosylamine/glycine ligase  43.12 
 
 		 435 aa  346  3e-94  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.94163  normal  0.510323 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2871  phosphoribosylamine/glycine ligase  45.65 
 
 		 449 aa  347  3e-94  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0927595 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>