More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0852 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0852  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
436 aa  912    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0581  coproporphyrinogen III oxidase  56.9 
 
 
469 aa  530  1e-149  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.496412  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2199  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.94 
 
 
448 aa  391  1e-107  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.186673  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1553  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.8 
 
 
423 aa  389  1e-107  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2215  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  46.15 
 
 
412 aa  380  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.892548  normal  0.0148235 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2239  coproporphyrinogen III oxidase  47.8 
 
 
409 aa  370  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.167009  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13360  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  45.65 
 
 
418 aa  371  1e-101  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.186133  normal  0.0883125 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17330  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  46.96 
 
 
389 aa  358  9.999999999999999e-98  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.395345  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1976  coproporphyrinogen III oxidase  45.48 
 
 
409 aa  352  5.9999999999999994e-96  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000234846 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11650  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  43.46 
 
 
411 aa  348  2e-94  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0627344  normal  0.396756 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3411  coproporphyrinogen III oxidase  43.46 
 
 
401 aa  346  6e-94  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.102052 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1148  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.96 
 
 
403 aa  336  3.9999999999999995e-91  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.61254 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0781  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  44.63 
 
 
400 aa  332  8e-90  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.41975  normal  0.123732 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1745  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.19 
 
 
405 aa  330  2e-89  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.911119 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12400  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  43.34 
 
 
426 aa  328  2.0000000000000001e-88  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00807664  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3255  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.03 
 
 
403 aa  320  3e-86  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00582345  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12840  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  42.55 
 
 
422 aa  315  8e-85  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1263  coproporphyrinogen III oxidase  41.9 
 
 
411 aa  315  9e-85  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.0206083 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2108  coproporphyrinogen III oxidase  41.11 
 
 
409 aa  313  2.9999999999999996e-84  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2285  Coproporphyrinogen dehydrogenase  41.91 
 
 
403 aa  313  2.9999999999999996e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.617284 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7063  coproporphyrinogen III oxidase  40.23 
 
 
408 aa  312  7.999999999999999e-84  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.405832  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1898  coproporphyrinogen III oxidase  41.97 
 
 
426 aa  311  1e-83  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.133769  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5458  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.37 
 
 
406 aa  305  1.0000000000000001e-81  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1165  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  44.66 
 
 
415 aa  303  3.0000000000000004e-81  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.77099  normal  0.634386 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3165  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.34 
 
 
401 aa  300  3e-80  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2687  coproporphyrinogen III oxidase  38.59 
 
 
398 aa  300  4e-80  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.992517  normal  0.224392 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1636  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  42.62 
 
 
406 aa  298  9e-80  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.234243  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3855  coproporphyrinogen III oxidase  38.55 
 
 
394 aa  296  5e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.33965  normal  0.277651 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3838  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.72 
 
 
407 aa  292  8e-78  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.584028  hitchhiker  0.00877773 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0835  coproporphyrinogen III oxidase  44.27 
 
 
410 aa  289  6e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0697  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.48 
 
 
410 aa  288  9e-77  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.504316 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1240  coproporphyrinogen III oxidase  37.62 
 
 
404 aa  285  8e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.0000912695  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3473  coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
392 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0588926  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3536  coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
392 aa  285  9e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.15747  normal  0.866519 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3458  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.93 
 
 
407 aa  285  2.0000000000000002e-75  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.99275  normal  0.352624 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3486  coproporphyrinogen III oxidase  37.83 
 
 
392 aa  283  3.0000000000000004e-75  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12413  coproporphyrinogen III oxidase  37.71 
 
 
390 aa  281  2e-74  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000120339  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2770  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.86 
 
 
391 aa  278  2e-73  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.364803  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1569  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.29 
 
 
411 aa  265  1e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0883271  normal  0.0181268 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1363  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.71 
 
 
389 aa  220  3e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1980  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.43 
 
 
380 aa  219  6e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000136099  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2870  coproporphyrinogen III oxidase  32.78 
 
 
384 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0605644  normal  0.195461 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1304  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.17 
 
 
381 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.25 
 
 
378 aa  211  2e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.56 
 
 
385 aa  210  3e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1325  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  30.98 
 
 
380 aa  210  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2500  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.68 
 
 
378 aa  210  5e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000623828  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3639  coproporphyrinogen III oxidase  35.39 
 
 
414 aa  209  5e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1999  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.69 
 
 
388 aa  209  6e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.865362  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1582  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.7 
 
 
381 aa  209  8e-53  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000332518  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1516  coproporphyrinogen III oxidase  34.88 
 
 
405 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.493092  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2223  coproporphyrinogen III oxidase  32.07 
 
 
396 aa  207  4e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1001  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.47 
 
 
424 aa  207  4e-52  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2155  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34 
 
 
389 aa  206  5e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0078  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.22 
 
 
383 aa  206  6e-52  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0800  coproporphyrinogen III oxidase  30.41 
 
 
379 aa  206  8e-52  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000109269  hitchhiker  5.6543700000000005e-18 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4168  coproporphyrinogen III oxidase  32.04 
 
 
379 aa  206  9e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4339  coproporphyrinogen III oxidase  30.9 
 
 
378 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.26628e-29 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0241  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  32.7 
 
 
379 aa  206  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04915  coproporphyrinogen III oxidase  30.5 
 
 
376 aa  205  1e-51  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0630  coproporphyrinogen III oxidase  31.43 
 
 
393 aa  204  2e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.824124  normal  0.0911038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4216  coproporphyrinogen III oxidase  30.66 
 
 
379 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4064  coproporphyrinogen III oxidase  30.66 
 
 
379 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.659192  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4542  coproporphyrinogen III oxidase  30.66 
 
 
378 aa  204  2e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.3385  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4450  coproporphyrinogen III oxidase  30.41 
 
 
378 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000131876  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4054  coproporphyrinogen III oxidase  30.66 
 
 
379 aa  203  4e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.749761  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1228  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.98 
 
 
380 aa  203  4e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3225  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.63 
 
 
432 aa  204  4e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000826969  normal  0.0243619 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4436  coproporphyrinogen III oxidase  30.41 
 
 
379 aa  203  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000959102  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0013  coproporphyrinogen III oxidase  32.03 
 
 
394 aa  204  4e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0858  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  32.84 
 
 
378 aa  203  6e-51  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0560367  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0258  coproporphyrinogen III oxidase  32.12 
 
 
381 aa  202  9e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.148807 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3398  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.38 
 
 
402 aa  202  9.999999999999999e-51  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.217833 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0394  coproporphyrinogen III oxidase  31.77 
 
 
393 aa  202  9.999999999999999e-51  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0068  coproporphyrinogen III oxidase  32.46 
 
 
408 aa  202  9.999999999999999e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3559  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.52 
 
 
393 aa  202  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4398  coproporphyrinogen III oxidase  30.17 
 
 
378 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.601746  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4306  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35 
 
 
375 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0329595  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1675  coproporphyrinogen III oxidase  30.69 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.370593  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1641  coproporphyrinogen III oxidase  30.69 
 
 
374 aa  201  1.9999999999999998e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.905653  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3577  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  33.16 
 
 
381 aa  199  6e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0582  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  30.32 
 
 
388 aa  199  6e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12830  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  31.62 
 
 
385 aa  199  9e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.402755  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2063  coproporphyrinogen III oxidase  31.86 
 
 
384 aa  198  2.0000000000000003e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1290  Coproporphyrinogen dehydrogenase  35.59 
 
 
363 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.114072  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3306  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  29.98 
 
 
423 aa  198  2.0000000000000003e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.661128  normal  0.0726751 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0222  putative oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.77 
 
 
371 aa  197  3e-49  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3043  coproporphyrinogen III oxidase  32.95 
 
 
378 aa  197  3e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000458873  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1337  coproporphyrinogen III oxidase  30.58 
 
 
392 aa  197  3e-49  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2382  coproporphyrinogen III oxidase  34.36 
 
 
396 aa  197  4.0000000000000005e-49  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0342073 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2187  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  32.93 
 
 
390 aa  197  4.0000000000000005e-49  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000000177967  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2885  coproporphyrinogen III oxidase  31.81 
 
 
385 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0475  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase, putative  32.27 
 
 
376 aa  196  5.000000000000001e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0936  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  28 
 
 
383 aa  196  6e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0185  coproporphyrinogen III oxidase  31.11 
 
 
409 aa  196  6e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.867892  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2244  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  30.66 
 
 
384 aa  196  6e-49  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1224  coproporphyrinogen III oxidase  31.81 
 
 
385 aa  196  6e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2440  coproporphyrinogen III oxidase  31.05 
 
 
382 aa  196  7e-49  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000264436  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0901  coproporphyrinogen III oxidase  31.87 
 
 
409 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.482511  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1010  coproporphyrinogen III oxidase  33.42 
 
 
379 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>