More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0847 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0847  YjeF domain protein  100 
 
 
383 aa  779    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0523  hypothetical protein  42.21 
 
 
587 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2910  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.39 
 
 
504 aa  185  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.899807  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29270  predicted sugar kinase  42.68 
 
 
576 aa  178  1e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.627334  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3074  carbohydrate kinase, YjeF related protein  40.96 
 
 
526 aa  163  4.0000000000000004e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.582011  normal  0.45239 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2602  carbohydrate kinase, YjeF related protein  42.41 
 
 
495 aa  162  1e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.62445  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2619  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.93 
 
 
536 aa  155  1e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0949888 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07370  yjeF-like protein, hydroxyethylthiazole kinase-related  38.89 
 
 
500 aa  142  9.999999999999999e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0789751  normal  0.250374 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0670  YjeF-family domain protein  39.92 
 
 
558 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0917591  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4463  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.74 
 
 
485 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13470  hypothetical protein  34.51 
 
 
473 aa  120  4.9999999999999996e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000625106 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0626  YjeF-family domain protein  38.37 
 
 
526 aa  119  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.000297999  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1482  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.16 
 
 
470 aa  115  8.999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0345  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.43 
 
 
495 aa  113  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.256389  normal  0.0299797 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0899  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.86 
 
 
459 aa  112  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1171  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.27 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.248327 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1144  hypothetical protein  35.27 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1161  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.27 
 
 
485 aa  112  1.0000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.814108 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0877  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36 
 
 
471 aa  110  5e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0986  carbohydrate kinase, YjeF related protein  34.92 
 
 
487 aa  110  5e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577615 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5185  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.95 
 
 
497 aa  108  1e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4936  carbohydrate kinase, YjeF related protein  36.14 
 
 
473 aa  107  4e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.947599 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4268  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.71 
 
 
494 aa  102  1e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1710  carbohydrate kinase, YjeF related protein  35.74 
 
 
483 aa  102  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.338664  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6012  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.21 
 
 
511 aa  100  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0524001  normal  0.189514 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0608  carbohydrate kinase, YjeF-like protein  28.31 
 
 
497 aa  99.4  9e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.723842 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23170  yjeF-like protein, hydroxyethylthiazole kinase-related  32.81 
 
 
532 aa  99  1e-19  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.941587  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1189  carbohydrate kinase, YjeF related protein  32.27 
 
 
480 aa  99  1e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1140  YjeF-like protein  33.74 
 
 
533 aa  98.6  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.023582  normal  0.362209 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1015  carbohydrate kinase YjeF related protein  34.66 
 
 
476 aa  92.8  9e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00295738 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2608  hypothetical protein  31.58 
 
 
490 aa  92.4  1e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.518872  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04570  yjeF-like protein, hydroxyethylthiazole kinase-related  33.92 
 
 
481 aa  92.4  1e-17  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.0993142 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1902  hypothetical protein  31.66 
 
 
499 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.92371  normal  0.382809 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16730  yjeF-like protein, hydroxyethylthiazole kinase-related  34.6 
 
 
525 aa  90.1  6e-17  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0726  carbohydrate kinase, YjeF related protein  33.23 
 
 
480 aa  88.6  2e-16  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00728237  normal  0.260492 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0086  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.84 
 
 
523 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1586  carbohydrate kinase  27.12 
 
 
508 aa  86.7  6e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_369  carbohydrate kinase  32.17 
 
 
512 aa  85.5  0.000000000000001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136231  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0083  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.66 
 
 
524 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.452837 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4707  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.51 
 
 
298 aa  84.3  0.000000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.214257 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0621  hypothetical protein  28.16 
 
 
534 aa  84  0.000000000000005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0172288  normal  0.797481 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2232  hypothetical protein  31.5 
 
 
499 aa  83.6  0.000000000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.282439  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_19611  fused sugar kinase/uncharacterized domain-containing protein  27.47 
 
 
533 aa  82.8  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0831835 
 
 
-
 
NC_002936  DET0427  carbohydrate kinase family protein  32.17 
 
 
512 aa  81.6  0.00000000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00841365  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5173  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.15 
 
 
298 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.235734  normal  0.234925 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1011  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.45 
 
 
504 aa  79.7  0.00000000000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.311341  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4248  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.27 
 
 
499 aa  79.3  0.00000000000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.380487  normal  0.0166005 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1309  carbohydrate kinase, YjeF related protein  31.2 
 
 
528 aa  79.3  0.00000000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.303647  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0962  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.94 
 
 
510 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2378  hypothetical protein  30.68 
 
 
493 aa  77.4  0.0000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.946699  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3858  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.71 
 
 
501 aa  77  0.0000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.409041 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2660  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.63 
 
 
513 aa  75.1  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00741118  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4579  hypothetical protein  35.9 
 
 
499 aa  75.5  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.17787  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3313  carbohydrate kinase, YjeF related protein  48.42 
 
 
499 aa  74.3  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00644  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.57 
 
 
499 aa  74.3  0.000000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2388  hypothetical protein  29.02 
 
 
499 aa  73.9  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.400185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2191  carbohydrate kinase, YjeF related protein  43.94 
 
 
522 aa  73.6  0.000000000006  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.636409 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0648  carbohydrate kinase, YjeF related protein  30.88 
 
 
518 aa  73.2  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1583  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.19 
 
 
512 aa  73.2  0.000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0797204 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3063  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.63 
 
 
508 aa  72.8  0.00000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.099293  normal  0.0195061 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2927  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.61 
 
 
516 aa  72.4  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.449906  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4773  hypothetical protein  29.23 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0676995 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2560  hypothetical protein  47.37 
 
 
519 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.40713 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4623  hypothetical protein  29.23 
 
 
514 aa  71.6  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2235  hypothetical protein  27.17 
 
 
312 aa  72  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2899  hypothetical protein  47.37 
 
 
499 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.109338 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2331  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.89 
 
 
511 aa  71.6  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4752  hypothetical protein  29.23 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0825058  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4633  hypothetical protein  29.23 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000149389  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4638  hypothetical protein  28.4 
 
 
510 aa  71.2  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000291773  normal  0.0355337 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4716  hypothetical protein  29.23 
 
 
514 aa  71.2  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0539354  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0350  hypothetical protein  28.97 
 
 
508 aa  69.3  0.0000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00103587  hitchhiker  0.0000473112 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0742  carbohydrate kinase, YjeF related protein  39.13 
 
 
296 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2696  carbohydrate kinase, YjeF related protein  25.5 
 
 
515 aa  68.9  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.590974  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04034  predicted carbohydrate kinase  28.29 
 
 
515 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00166005  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_13371  fused sugar kinase/uncharacterized domain-containing protein  30.35 
 
 
524 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.873266  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03996  hypothetical protein  28.29 
 
 
515 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000718963  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0304  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.11 
 
 
533 aa  68.6  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.734599  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1617  carbohydrate kinase, YjeF related protein  26.34 
 
 
514 aa  68.6  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.865669  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2162  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.69 
 
 
465 aa  68.6  0.0000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3826  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.29 
 
 
515 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000026579  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2229  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.82 
 
 
538 aa  68.2  0.0000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.355484 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4724  hypothetical protein  28.29 
 
 
515 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000041383  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4408  hypothetical protein  28.29 
 
 
515 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000123487  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1786  YjeF-related protein-like  29.84 
 
 
468 aa  67.8  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1519  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.56 
 
 
556 aa  67.8  0.0000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.025545 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1850  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.25 
 
 
518 aa  67.8  0.0000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.114808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4698  hypothetical protein  28.29 
 
 
515 aa  67.4  0.0000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000112402  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1905  carbohydrate kinase, YjeF related protein  25.91 
 
 
511 aa  67.4  0.0000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0197843  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3846  hypothetical protein  28.29 
 
 
510 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000000624619  hitchhiker  0.00000292473 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5683  hypothetical protein  28.29 
 
 
510 aa  67.4  0.0000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000899207  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1387  carbohydrate kinase, YjeF related protein  41.75 
 
 
490 aa  67.4  0.0000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.470651  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0878  hypothetical protein  28.57 
 
 
507 aa  67  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0404  carbohydrate kinase, YjeF related protein  29.72 
 
 
512 aa  66.6  0.0000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.0534144  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3924  hypothetical protein  29.2 
 
 
510 aa  66.6  0.0000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00146397  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4181  carbohydrate kinase, YjeF related protein  27.65 
 
 
567 aa  66.2  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3726  hypothetical protein  30 
 
 
514 aa  66.6  0.0000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3237  carbohydrate kinase, YjeF related protein  28.4 
 
 
546 aa  66.2  0.0000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.271613 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0802  YjeF-related protein-like protein  29.76 
 
 
507 aa  66.2  0.0000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0947  hypothetical protein  28.35 
 
 
515 aa  65.9  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>