53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0783 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0783  hypothetical protein  100 
 
 
456 aa  911    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0016  hypothetical protein  60.31 
 
 
486 aa  496  1e-139  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1677  protein of unknown function DUF349  45.07 
 
 
597 aa  305  1.0000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.21168  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1803  protein of unknown function DUF349  43.66 
 
 
569 aa  303  5.000000000000001e-81  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0809623  normal  0.0235589 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1361  protein of unknown function DUF349  41.84 
 
 
483 aa  295  9e-79  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.36759 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3046  protein of unknown function DUF349  42.27 
 
 
417 aa  283  6.000000000000001e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0729662  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_17600  protein of unknown function (DUF349)  41.5 
 
 
559 aa  276  6e-73  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0425938 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2001  protein of unknown function DUF349  40.29 
 
 
610 aa  270  2.9999999999999997e-71  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.381197  normal  0.0850448 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_14030  protein of unknown function (DUF349)  36.32 
 
 
599 aa  258  1e-67  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2394  hypothetical protein  39.36 
 
 
409 aa  254  3e-66  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.536257  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_27670  protein of unknown function (DUF349)  35.89 
 
 
445 aa  245  9.999999999999999e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.996062 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1442  protein of unknown function DUF349  37.81 
 
 
448 aa  241  2.9999999999999997e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2362  protein of unknown function DUF349  39.37 
 
 
414 aa  234  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15260  protein of unknown function (DUF349)  35.64 
 
 
565 aa  232  8.000000000000001e-60  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.119422  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2295  hypothetical protein  35.77 
 
 
557 aa  224  2e-57  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00478543  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2025  protein of unknown function DUF349  33.71 
 
 
521 aa  221  3e-56  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000837835 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1796  protein of unknown function DUF349  38.26 
 
 
448 aa  220  3.9999999999999997e-56  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6105  hypothetical protein  34.96 
 
 
416 aa  216  7e-55  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.264455  normal  0.525497 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2118  protein of unknown function DUF349  38.66 
 
 
412 aa  216  7e-55  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0210704  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12820  protein of unknown function (DUF349)  34.55 
 
 
512 aa  213  3.9999999999999995e-54  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.721918  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2088  hypothetical protein  35.25 
 
 
433 aa  211  2e-53  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.425987  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3985  protein of unknown function DUF349  33.5 
 
 
673 aa  207  4e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0275004  normal  0.0113989 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3965  hypothetical protein  36.45 
 
 
468 aa  206  6e-52  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2205  hypothetical protein  35.47 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.114265 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2159  hypothetical protein  35.47 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2146  hypothetical protein  35.47 
 
 
459 aa  201  1.9999999999999998e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00132257 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1401  hypothetical protein  34.9 
 
 
402 aa  200  3e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000317251 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4162  hypothetical protein  36.26 
 
 
425 aa  200  5e-50  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.177511  normal  0.331518 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2211  protein of unknown function DUF349  34.62 
 
 
469 aa  199  9e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.526181  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6156  hypothetical protein  36 
 
 
435 aa  199  9e-50  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.665559 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3910  protein of unknown function DUF349  31.72 
 
 
522 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1443  hypothetical protein  35.64 
 
 
402 aa  199  1.0000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.545712 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3092  protein of unknown function DUF349  32.46 
 
 
410 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.283256  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2431  hypothetical protein  34.12 
 
 
465 aa  194  3e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0436145 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2057  hypothetical protein  34.38 
 
 
415 aa  192  1e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.389032  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12744  hypothetical protein  33.11 
 
 
450 aa  191  2.9999999999999997e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.64322  normal  0.329555 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0461  hypothetical protein  32.92 
 
 
479 aa  185  1.0000000000000001e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.592182  normal  0.120209 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1486  hypothetical protein  29.95 
 
 
407 aa  146  7.0000000000000006e-34  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.904354  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1189  hypothetical protein  27.92 
 
 
626 aa  96.3  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0120  putative CheA signal transduction histidine kinase  31.1 
 
 
944 aa  85.5  0.000000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2639  hypothetical protein  27.6 
 
 
430 aa  77.4  0.0000000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2325  hypothetical protein  32.14 
 
 
292 aa  69.3  0.0000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2892  protein of unknown function DUF349  25.08 
 
 
757 aa  65.1  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.600773  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06725  hypothetical protein  27.8 
 
 
733 aa  64.3  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2587  hypothetical protein  23.39 
 
 
659 aa  63.5  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.864183  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0556  protein of unknown function DUF349  27.16 
 
 
634 aa  62.4  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.101314  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1772  hypothetical protein  23.9 
 
 
589 aa  62  0.00000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.200656  normal  0.0719166 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2566  hypothetical protein  25.71 
 
 
905 aa  55.8  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0173  protein of unknown function DUF349  23.85 
 
 
610 aa  54.3  0.000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.831825  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2871  hypothetical protein  27.22 
 
 
963 aa  54.7  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.893602  normal  0.450049 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2903  hypothetical protein  29.13 
 
 
948 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00602685 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1645  hypothetical protein  27.72 
 
 
932 aa  45.4  0.002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01264  hypothetical protein  29.67 
 
 
968 aa  44.3  0.005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.744228  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>