27 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0760 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0760  CRISPR system CASCADE complex protein CasA  100 
 
 		 556 aa  1151    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0334414 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1600  CRISPR-associated Cse1 family protein  27.07 
 
 		 555 aa  140  4.999999999999999e-32  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.214237  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2680  CRISPR-associated protein, Cse1 family  24.35 
 
 		 561 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00401114  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3054  CRISPR-associated protein, Cse1 family  23.98 
 
 		 555 aa  117  6e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.044999  decreased coverage  0.000092711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2573  CRISPR-associated Cse1 family protein  24.87 
 
 		 560 aa  116  8.999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00155149 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1535  Cse1 family CRISPR-associated protein  24.48 
 
 		 568 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3909  CRISPR-associated protein, Cse1 family  21.86 
 
 		 1540 aa  111  4.0000000000000004e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0587749  normal  0.0865606 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1281  CRISPR-associated protein, Cse1 family  25.54 
 
 		 573 aa  104  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1896  CRISPR-associated protein, Cse1 family  27.67 
 
 		 533 aa  90.5  8e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.189081  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_17350  CRISPR-associated protein, Cse1 family  25.06 
 
 		 567 aa  85.5  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0988  CRISPR-associated protein, Cse1 family  26.2 
 
 		 540 aa  83.2  0.00000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2630  CRISPR-associated Cse1 family protein  27.1 
 
 		 573 aa  81.6  0.00000000000004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2825  CRISPR-associated Cse1 family protein  28.76 
 
 		 517 aa  80.1  0.0000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17180  hypothetical protein  27.27 
 
 		 516 aa  76.6  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0018  hypothetical protein  27.61 
 
 		 550 aa  74.7  0.000000000004  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.830051  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3760  CRISPR-associated Cse1 family protein  25 
 
 		 525 aa  75.1  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.33895 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0911  CRISPR-associated protein, Cse1 family  36.13 
 
 		 507 aa  66.6  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2439  CRISPR-associated protein, Cse1 family  22.86 
 
 		 525 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2671  CRISPR-associated protein, Cse1 family  28.16 
 
 		 507 aa  61.2  0.00000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0923  CRISPR-associated protein, Cse1 family  30.37 
 
 		 540 aa  58.5  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2342  CRISPR-associated Cse1 family protein  25.24 
 
 		 506 aa  58.9  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1230  CRISPR-associated protein, Cse1 family  25.57 
 
 		 561 aa  58.2  0.0000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  unclonable  0.00000214368  normal  0.502097 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3019  Cse1 family CRISPR-associated protein  20.72 
 
 		 516 aa  57.4  0.0000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000306277  normal  0.0835975 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0942  CRISPR-associated protein, Cse1 family  23.22 
 
 		 722 aa  54.3  0.000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1972  CRISPR-associated Cse1 family protein  21.58 
 
 		 495 aa  53.1  0.00001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.355127  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4093  CRISPR-associated protein, Cse1 family  21.55 
 
 		 518 aa  50.8  0.00006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0827  CRISPR-associated Cse1 family protein  25.2 
 
 		 545 aa  46.6  0.001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>