42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0706 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0706  hypothetical protein  100 
 
 
811 aa  1650    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.778922 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1977  hypothetical protein  45.95 
 
 
853 aa  682    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3265  hypothetical protein  26.48 
 
 
859 aa  233  1e-59  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2505  hypothetical protein  26.2 
 
 
862 aa  231  3e-59  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.937281  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_36260  hypothetical protein  27.78 
 
 
872 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3323  hypothetical protein  26.18 
 
 
801 aa  199  2.0000000000000003e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.991041  normal  0.789259 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3454  hypothetical protein  26.17 
 
 
873 aa  188  3e-46  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.0261651 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4032  integral membrane protein  27.29 
 
 
916 aa  183  1e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8950  integral membrane protein-like protein  27.01 
 
 
793 aa  178  3e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2430  hypothetical protein  25.55 
 
 
843 aa  167  5.9999999999999996e-40  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.0000163867  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5132  hypothetical protein  25.74 
 
 
803 aa  143  9.999999999999999e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1560  hypothetical protein  28.14 
 
 
792 aa  142  3e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.596723  normal  0.0176466 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1204  hypothetical protein  24.6 
 
 
795 aa  140  7.999999999999999e-32  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10596  integral membrane protein  24.54 
 
 
795 aa  123  9.999999999999999e-27  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3430  hypothetical protein  26.83 
 
 
783 aa  115  3e-24  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.011046  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1576  hypothetical protein  25.85 
 
 
809 aa  112  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.299952  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1950  integral membrane protein  25.28 
 
 
773 aa  110  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.298583  normal  0.0915506 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7814  hypothetical protein  24.11 
 
 
854 aa  108  3e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0898  hypothetical protein  24.7 
 
 
787 aa  102  4e-20  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.272517  hitchhiker  0.00789103 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0909  hypothetical protein  24.55 
 
 
787 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0892  hypothetical protein  24.55 
 
 
787 aa  99.4  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0229028  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3255  hypothetical protein  23.1 
 
 
313 aa  59.3  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.153938 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3856  hypothetical protein  26.44 
 
 
329 aa  55.1  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.213587  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0580  hypothetical protein  44.64 
 
 
329 aa  53.5  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.236014  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0828  hypothetical protein  40.51 
 
 
339 aa  53.9  0.00001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.175071  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2924  hypothetical protein  43.86 
 
 
293 aa  53.5  0.00002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1298  hypothetical protein  40.43 
 
 
342 aa  53.1  0.00002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3520  hypothetical protein  34.83 
 
 
339 aa  52.8  0.00003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3500  hypothetical protein  45.45 
 
 
346 aa  52.8  0.00003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2596  hypothetical protein  32.08 
 
 
247 aa  51.6  0.00005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4203  hypothetical protein  50.82 
 
 
374 aa  52  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0586399  normal  0.529559 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1614  hypothetical protein  50.91 
 
 
320 aa  51.2  0.00007  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3061  hypothetical protein  41.82 
 
 
345 aa  50.4  0.0001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.41699  normal  0.49585 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2417  hypothetical protein  41.82 
 
 
345 aa  50.1  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.486324 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5628  integral membrane protein-like protein  24.26 
 
 
442 aa  50.4  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.110231  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0352  hypothetical protein  52.17 
 
 
396 aa  47  0.001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1703  hypothetical protein  36.99 
 
 
335 aa  47  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0917  hypothetical protein  22.41 
 
 
447 aa  46.2  0.003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.394263  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2438  protein of unknown function DUF470  33.33 
 
 
862 aa  45.4  0.004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.298386  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0771  hypothetical protein  40.74 
 
 
348 aa  44.7  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0597  hypothetical protein  51.28 
 
 
392 aa  45.1  0.006  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.729747  hitchhiker  0.00000000000000683959 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4483  hypothetical protein  31.07 
 
 
392 aa  44.7  0.007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.325308  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>