174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0618 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0618  dinuclear metal center protein, YbgI family  100 
 
 		 294 aa  603  1.0000000000000001e-171  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0737  hypothetical protein  52.79 
 
 		 306 aa  322  4e-87  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.698842  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2085  protein of unknown function DUF34  41.84 
 
 		 290 aa  221  1.9999999999999999e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.046547  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14940  conserved hypothetical protein TIGR00486  43.4 
 
 		 318 aa  217  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.234394 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1498  protein of unknown function DUF34  42.71 
 
 		 296 aa  209  5e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.855921  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2905  protein of unknown function DUF34  41.54 
 
 		 287 aa  193  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0994154 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2444  hypothetical protein  36.77 
 
 		 310 aa  188  7e-47  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.111119  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2193  protein of unknown function DUF34  36.08 
 
 		 307 aa  182  5.0000000000000004e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000022092 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1675  protein of unknown function DUF34  41.86 
 
 		 268 aa  181  1e-44  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0332721  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16660  hypothetical protein  35.63 
 
 		 294 aa  175  9e-43  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.101676  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6817  protein of unknown function DUF34  39.31 
 
 		 278 aa  173  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.304888  normal  0.0490159 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1955  hypothetical protein  36.64 
 
 		 278 aa  172  5.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2313  hypothetical protein  38.95 
 
 		 286 aa  171  1e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.919298  normal  0.328132 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06980  conserved hypothetical protein TIGR00486  36.59 
 
 		 269 aa  169  4e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.625612  normal  0.0282972 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3336  protein of unknown function DUF34  41.02 
 
 		 299 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.139302  normal  0.206128 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12090  conserved hypothetical protein TIGR00486  33.33 
 
 		 287 aa  167  2e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.397733  normal  0.178862 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3463  protein of unknown function DUF34  38.28 
 
 		 273 aa  166  2.9999999999999998e-40  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.807621  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5891  protein of unknown function DUF34  38.55 
 
 		 279 aa  165  1.0000000000000001e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3597  hypothetical protein  36.46 
 
 		 290 aa  158  1e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000159335 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3357  hypothetical protein  34.03 
 
 		 290 aa  157  3e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3276  protein of unknown function DUF34  39.01 
 
 		 286 aa  149  6e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000173418  hitchhiker  0.000776053 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4817  hypothetical protein  37.1 
 
 		 275 aa  138  1e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.203194  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09470  conserved hypothetical protein TIGR00486  33.33 
 
 		 309 aa  137  2e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5076  hypothetical protein  37.17 
 
 		 318 aa  131  1.0000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.839992  normal  0.0147635 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2941  protein of unknown function DUF34  32.44 
 
 		 259 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00948562  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1210  hypothetical protein  30.77 
 
 		 279 aa  115  6.9999999999999995e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.571993 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0497  hypothetical protein  35.62 
 
 		 262 aa  114  2.0000000000000002e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000247624  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1111  protein of unknown function DUF34  31.51 
 
 		 255 aa  110  2.0000000000000002e-23  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0879  protein of unknown function DUF34  42.86 
 
 		 380 aa  110  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0544  protein of unknown function DUF34  32.74 
 
 		 264 aa  109  5e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.220535  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2143  protein of unknown function DUF34  42.86 
 
 		 395 aa  108  1e-22  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.454619  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1110  hypothetical protein  27.27 
 
 		 265 aa  106  4e-22  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.562425  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0747  hypothetical protein  27.88 
 
 		 274 aa  103  2e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2712  protein of unknown function DUF34  42.28 
 
 		 373 aa  102  7e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.163591  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1436  hypothetical protein  42.86 
 
 		 346 aa  100  2e-20  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.14453  normal  0.0780457 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1828  protein of unknown function DUF34  38.58 
 
 		 384 aa  99.8  4e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  hitchhiker  0.00918722  normal  0.0357547 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1133  protein of unknown function DUF34  25.35 
 
 		 256 aa  99  8e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000108925  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4191  hypothetical protein  37.61 
 
 		 373 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000743156  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4029  NIF3-like protein  37.61 
 
 		 373 aa  96.7  4e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00007027  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4512  hypothetical protein  37.61 
 
 		 373 aa  97.1  4e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000424182  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4423  conserved hypothetical protein TIGR00486  33.12 
 
 		 373 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4311  conserved hypothetical protein TIGR00486  37.61 
 
 		 373 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.3364399999999999e-45 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4039  NIF3-like protein  36.75 
 
 		 373 aa  96.3  5e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0149626  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0900  hypothetical protein  39.02 
 
 		 393 aa  96.3  5e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  decreased coverage  0.00277153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0771  hypothetical protein  24.31 
 
 		 261 aa  95.9  7e-19  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.149762  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4369  hypothetical protein  32.48 
 
 		 373 aa  95.9  8e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00198592  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0892  hypothetical protein  36.07 
 
 		 368 aa  95.9  8e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0194369  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0258  hypothetical protein  32.72 
 
 		 246 aa  94.7  1e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.94449  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4406  conserved hypothetical protein TIGR00486  31.21 
 
 		 373 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00277064  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1250  protein of unknown function DUF34  30.77 
 
 		 264 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009043  PICST_71247  predicted protein  24.37 
 
 		 274 aa  94.4  2e-18  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.0950178  normal  0.769643 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0025  protein of unknown function DUF34  38.76 
 
 		 365 aa  93.6  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.459063  normal  0.55748 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4876  hypothetical protein  25.89 
 
 		 263 aa  94  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.276153  hitchhiker  0.00000161362 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1972  hypothetical protein  27.27 
 
 		 262 aa  94  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0200095  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0830  hypothetical protein TIGR00486  31.21 
 
 		 373 aa  94  3e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000172023  hitchhiker  1.68837e-16 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2261  NIF3 family protein  27.62 
 
 		 262 aa  93.2  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.586771  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3818  hypothetical protein  27.14 
 
 		 263 aa  91.7  1e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.863222  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3016  hypothetical protein  36.07 
 
 		 373 aa  92  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.097716  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4141  hypothetical protein  35.9 
 
 		 373 aa  91.7  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  unclonable  0.000000770541  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0774  protein of unknown function DUF34  30.32 
 
 		 255 aa  91.3  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.245788  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0014  hypothetical protein  31.34 
 
 		 249 aa  88.6  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  hitchhiker  0.0039713  normal  0.167021 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2013  hypothetical protein  40.94 
 
 		 377 aa  88.6  1e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.124677  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0285  hypothetical protein  29.15 
 
 		 240 aa  88.6  1e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.000000517518  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1619  protein of unknown function DUF34  29.77 
 
 		 366 aa  87.8  2e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.15807  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3096  protein of unknown function DUF34  38.4 
 
 		 379 aa  88.2  2e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0247011  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12390  conserved hypothetical protein TIGR00486  30.53 
 
 		 372 aa  86.7  4e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0226405  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1624  hypothetical protein  29.78 
 
 		 246 aa  86.7  4e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0444  hypothetical protein  28.18 
 
 		 240 aa  86.3  6e-16  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.427722  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1317  hypothetical protein  33.93 
 
 		 371 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00297001  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1217  protein of unknown function DUF34  32.54 
 
 		 373 aa  84.3  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00000145347  hitchhiker  0.00320087 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3123  protein of unknown function DUF34  32.84 
 
 		 366 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1050  hypothetical protein  28.51 
 
 		 246 aa  84  0.000000000000002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.277421  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1125  hypothetical protein  35.2 
 
 		 366 aa  83.6  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00107465  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0646  hypothetical protein  30.58 
 
 		 371 aa  83.6  0.000000000000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.0000133352  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1001  conserved hypothetical protein (NIF3 domain protein)  27.39 
 
 		 241 aa  83.6  0.000000000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.561476  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0753  hypothetical protein  30.7 
 
 		 254 aa  84  0.000000000000003  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0434961  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2459  hypothetical protein  32.77 
 
 		 371 aa  83.2  0.000000000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0399  hypothetical protein  33.07 
 
 		 372 aa  82.4  0.000000000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.399804  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2043  hypothetical protein  32.52 
 
 		 364 aa  81.6  0.00000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000126917 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0683  protein of unknown function DUF34  32.56 
 
 		 388 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0626  hypothetical protein  32.8 
 
 		 370 aa  81.3  0.00000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.743702  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1542  protein of unknown function DUF34  30.23 
 
 		 365 aa  81.3  0.00000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0986735  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5147  protein of unknown function DUF34  31.82 
 
 		 366 aa  80.1  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.660499  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1805  hypothetical protein  34.17 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0668481  normal  0.832459 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1227  hypothetical protein  24.54 
 
 		 262 aa  78.2  0.0000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12259  hypothetical protein  35.76 
 
 		 379 aa  78.6  0.0000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0896  hypothetical protein  28.44 
 
 		 246 aa  78.6  0.0000000000001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1438  hypothetical protein  26.34 
 
 		 240 aa  77.8  0.0000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.127976  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3085  hypothetical protein  33.07 
 
 		 375 aa  77.4  0.0000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1202  hypothetical protein  26.03 
 
 		 262 aa  77.4  0.0000000000003  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3302  hypothetical protein  30.71 
 
 		 377 aa  77  0.0000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.53977  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3620  hypothetical protein  33.99 
 
 		 374 aa  77  0.0000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.381663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1174  hypothetical protein  25.45 
 
 		 257 aa  77  0.0000000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.171309  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1617  hypothetical protein  32 
 
 		 366 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00640299  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1651  hypothetical protein  32 
 
 		 366 aa  77  0.0000000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0212562  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0478  protein of unknown function DUF34  31.5 
 
 		 372 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.763164  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1841  protein of unknown function DUF34  29.49 
 
 		 381 aa  75.9  0.0000000000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1046  hypothetical protein  24.77 
 
 		 240 aa  75.9  0.0000000000008  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2677  hypothetical protein  32 
 
 		 374 aa  75.1  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3406  hypothetical protein  49.37 
 
 		 379 aa  75.5  0.000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.172214 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>