More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0509 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0509  putative transposase InsK for insertion sequence IS150  100 
 
 
244 aa  515  1.0000000000000001e-145  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0218144 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1750  integrase catalytic subunit  51.26 
 
 
462 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0339  integrase catalytic subunit  50.25 
 
 
515 aa  213  2.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.389244 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1529  integrase catalytic subunit  51.46 
 
 
505 aa  211  7e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.544255  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1532  integrase catalytic subunit  51.46 
 
 
505 aa  211  7e-54  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5143  integrase catalytic subunit  49.75 
 
 
512 aa  210  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.1652 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1110  integrase catalytic region  51.53 
 
 
512 aa  209  4e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2672  integrase catalytic region  50.75 
 
 
512 aa  208  5e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.226674  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2991  integrase catalytic subunit  50.75 
 
 
512 aa  208  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4798  integrase catalytic region  48.77 
 
 
512 aa  208  6e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.285753  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3050  integrase catalytic subunit  49.25 
 
 
512 aa  208  6e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.985644 
 
 
-
 
NC_009140  SNSL254_pSN254_0156  transposase InsG for insertion sequence IS1353  50 
 
 
514 aa  207  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.298801  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5652  integrase catalytic region  51.02 
 
 
512 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5758  integrase catalytic region  51.02 
 
 
512 aa  207  1e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3440  integrase catalytic region  49.01 
 
 
533 aa  207  2e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.623196  normal  0.257291 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4442  integrase catalytic region  50.51 
 
 
512 aa  204  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0181  Integrase catalytic region  48.26 
 
 
385 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1303  integrase catalytic subunit  48.02 
 
 
510 aa  199  3.9999999999999996e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0806  putative transposase IS3/IS911  47.06 
 
 
548 aa  184  7e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.665244  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1714  putative transposase  47.24 
 
 
513 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0026  transposase  40.49 
 
 
269 aa  166  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4363  transposase  42.29 
 
 
215 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0267789  hitchhiker  2.99756e-22 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1280  integrase core domain protein  41.46 
 
 
270 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.613069  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4383  integrase core domain protein  41.46 
 
 
270 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.364071  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1018  integrase core domain protein  41.46 
 
 
270 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00171596  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1432  integrase catalytic subunit  38.05 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0298  integrase catalytic subunit  38.05 
 
 
270 aa  164  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3662  integrase core domain protein  40 
 
 
265 aa  163  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0307  transposase orfB, IS150-related  39.51 
 
 
269 aa  162  4.0000000000000004e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1362  integrase catalytic subunit  40.69 
 
 
252 aa  161  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0397787 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1055  integrase catalytic subunit  40.69 
 
 
252 aa  161  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1091  integrase catalytic subunit  40.69 
 
 
252 aa  161  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1478  integrase catalytic subunit  40.69 
 
 
252 aa  161  7e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.168577  normal  0.117043 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3620  transposase  39.51 
 
 
265 aa  161  7e-39  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0498053  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0124  ISPsy8, transposase OrfB  40.2 
 
 
259 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0450  ISPsy8, transposase OrfB  40.2 
 
 
259 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0516  ISPsy8, transposase OrfB  40.2 
 
 
259 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.390784  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5509  ISPsy8, transposase OrfB  40.2 
 
 
259 aa  161  9e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.359281  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5066  ISPsy8, transposase OrfB  40.2 
 
 
259 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.552725  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0392  integrase catalytic subunit  40.49 
 
 
252 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.231863  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0717  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.558663  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0748  integrase catalytic subunit  40.49 
 
 
252 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.401665  normal  0.472913 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0848  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.283499  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1577  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.279406  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2077  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.74373  normal  0.201044 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2412  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.714231 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2437  integrase catalytic subunit  41.62 
 
 
261 aa  160  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1975  integrase catalytic subunit  39.71 
 
 
268 aa  159  3e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.259629 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0997  transposase  42.36 
 
 
522 aa  159  4e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0170218  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1359  transposase  43.06 
 
 
278 aa  159  5e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00136296  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4860  integrase catalytic subunit  39.22 
 
 
268 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.434054  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2654  integrase catalytic subunit  39.22 
 
 
268 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.596052  normal  0.523017 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3317  integrase catalytic subunit  39.22 
 
 
268 aa  157  1e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.817536  normal  0.265115 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0006  IS3 family transposase  39.8 
 
 
261 aa  156  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149374 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1459  IS3 family transposase  39.8 
 
 
261 aa  157  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000914872  normal  0.0630219 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1788  IS3 family transposase  39.8 
 
 
261 aa  156  2e-37  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3880  IS150 transposase orfB  39.51 
 
 
283 aa  157  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.636384  normal 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0194  transposase  40.3 
 
 
253 aa  156  3e-37  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.501333  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00620  IS150 putative transposase  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02200  YadA protein  38.05 
 
 
279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.618356  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03409  IS150 putative transposase  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04283  IS150 putative transposase  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04284  IS150 putative transposase  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04289  transposase  38.05 
 
 
279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0153  Integrase catalytic region  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1527  IS861, transposase OrfB  40.58 
 
 
277 aa  155  5.0000000000000005e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.019488  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02160  hypothetical protein  38.05 
 
 
279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.604012  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03360  hypothetical protein  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02377  hypothetical protein  38.05 
 
 
279 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00609  hypothetical protein  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3760  IS150, transposase orfB  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02652  hypothetical protein  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03577  hypothetical protein  39.51 
 
 
283 aa  155  5.0000000000000005e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1068  IS861, transposase OrfB  40.58 
 
 
277 aa  155  6e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  decreased coverage  0.000365841  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1436  isrso11-transposase orfb protein  37.07 
 
 
278 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2265  isrso11-transposase orfb protein  37.07 
 
 
269 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.654109  normal  0.311626 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3089  isrso11-transposase orfb protein  37.07 
 
 
278 aa  154  1e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1074  IS150 transposase orfB  39.02 
 
 
283 aa  154  1e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.274968 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2408  isrso11-transposase orfb protein  37.07 
 
 
278 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.915903  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0729  Integrase catalytic region  40.89 
 
 
544 aa  152  5.9999999999999996e-36  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7482  integrase catalytic region  48.63 
 
 
191 aa  151  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1128  IS3 family transposase OrfB  38.05 
 
 
267 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00657543  n/a   
 
 
-
 
NC_005707  BCE_A0056  IS3 family transposase OrfB  38.05 
 
 
267 aa  150  2e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1071  Integrase catalytic region  40.39 
 
 
544 aa  150  2e-35  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.296403  hitchhiker  0.000000028101 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1197  IS3-family transposase, OrfB  38.05 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000397952  n/a   
 
 
-
 
NC_011655  BCAH187_C0109  IS3-family transposase, OrfB  38.05 
 
 
249 aa  150  2e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0514465  hitchhiker  0.00000245789 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2945  Integrase catalytic region  37.56 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0817746  normal  0.460878 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_03230  transposase  43.16 
 
 
209 aa  147  2.0000000000000003e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.330594  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0974  Integrase catalytic region  37.56 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.109209 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3208  Integrase catalytic region  37.56 
 
 
277 aa  147  2.0000000000000003e-34  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.928461 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1564  integrase catalytic subunit  36.59 
 
 
278 aa  146  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.403634  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5018  ISPsy9, transposase OrfB  38.73 
 
 
278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0814  integrase catalytic subunit  37.56 
 
 
278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1446  integrase catalytic subunit  37.56 
 
 
278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.129999  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2564  integrase catalytic subunit  37.56 
 
 
278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.95917  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2714  integrase catalytic subunit  37.56 
 
 
278 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6205  integrase catalytic subunit  37.56 
 
 
260 aa  145  4.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.346125  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1176  integrase catalytic subunit  38.24 
 
 
278 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.155999  normal  0.139612 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4616  integrase catalytic subunit  38.24 
 
 
278 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.698457  normal  0.616074 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4680  integrase catalytic subunit  38.24 
 
 
278 aa  145  6e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>