128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0450 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0450  DNA repair protein RecO  100 
 
 		 248 aa  508  1e-143  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.207169 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0118  DNA repair protein RecO  56.45 
 
 		 239 aa  263  2e-69  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.522104  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1539  DNA repair protein RecO  44.4 
 
 		 251 aa  194  1e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.379083  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2225  DNA repair protein RecO  45.87 
 
 		 256 aa  193  2e-48  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.412691  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1962  DNA repair protein RecO  45.45 
 
 		 250 aa  189  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000273379 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2177  DNA repair protein RecO  46.34 
 
 		 258 aa  188  5.999999999999999e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.571081  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2189  DNA repair protein RecO  42.74 
 
 		 243 aa  187  9e-47  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.577631  normal  0.126644 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13550  DNA replication and repair protein RecO  44.62 
 
 		 281 aa  186  4e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.179739 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1930  DNA repair protein RecO  41.53 
 
 		 244 aa  184  9e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17140  DNA replication and repair protein RecO  41.87 
 
 		 244 aa  182  6e-45  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.136708  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1663  DNA repair protein RecO  42.57 
 
 		 263 aa  180  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250893  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1176  DNA repair protein RecO  42.28 
 
 		 260 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1857  DNA repair protein RecO  40.71 
 
 		 248 aa  172  3.9999999999999995e-42  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00420864  normal  0.0151714 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0729  DNA repair protein RecO  41.46 
 
 		 243 aa  171  1e-41  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.181154  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2335  DNA replication and repair protein RecO  40.65 
 
 		 245 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.499354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1255  DNA repair protein RecO  39.84 
 
 		 250 aa  167  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.361247  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0852  DNA repair protein RecO  40.16 
 
 		 243 aa  166  2e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.352076  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13640  DNA repair protein RecO  39.27 
 
 		 283 aa  165  5.9999999999999996e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.461135  normal  0.670097 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1766  DNA repair protein RecO  42.11 
 
 		 243 aa  164  9e-40  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3375  DNA repair protein RecO  42.51 
 
 		 269 aa  161  1e-38  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.793475  normal  0.0597768 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7039  DNA repair protein RecO  38.65 
 
 		 243 aa  159  3e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1272  DNA repair protein RecO  40.8 
 
 		 243 aa  157  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.095491 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3232  DNA repair protein RecO  39.11 
 
 		 270 aa  157  1e-37  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0497306  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0795  DNA repair protein RecO  39.84 
 
 		 263 aa  157  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0913836 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3447  DNA repair protein RecO  41.27 
 
 		 279 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0180024 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2118  DNA repair protein RecO  37.75 
 
 		 262 aa  157  2e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3450  DNA repair protein RecO  37.9 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.156486  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3513  DNA repair protein RecO  37.9 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.834476  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3461  DNA repair protein RecO  37.9 
 
 		 276 aa  154  2e-36  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.660953  normal  0.163069 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11780  DNA replication and repair protein RecO  39.6 
 
 		 279 aa  153  2e-36  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.106558  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3153  DNA repair protein RecO  38.71 
 
 		 252 aa  153  2.9999999999999998e-36  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12388  DNA repair protein RecO  37.9 
 
 		 265 aa  152  5e-36  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0535706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3823  DNA repair protein RecO  36.69 
 
 		 284 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0140866  normal  0.769517 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2713  DNA repair protein RecO  37.1 
 
 		 273 aa  152  5.9999999999999996e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.825207 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3826  DNA repair protein RecO  40.16 
 
 		 300 aa  151  8.999999999999999e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.230334  normal  0.027192 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2040  DNA repair protein RecO  36.21 
 
 		 251 aa  145  5e-34  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.086646  normal  0.55194 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2757  DNA repair protein RecO  43.22 
 
 		 270 aa  140  1.9999999999999998e-32  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.143931  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12290  DNA replication and repair protein RecO  38.62 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0537049  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1504  DNA repair protein RecO  35.61 
 
 		 248 aa  109  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0430427  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1346  DNA repair protein RecO  28.29 
 
 		 248 aa  107  2e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000264775  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3103  DNA repair protein RecO  36.22 
 
 		 248 aa  101  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12480  DNA repair protein RecO  29.01 
 
 		 258 aa  101  9e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0801  DNA repair protein RecO  27.73 
 
 		 254 aa  99.4  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0790  DNA repair protein RecO  33.87 
 
 		 249 aa  97.4  2e-19  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000558246  normal  0.055878 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0483  DNA repair protein RecO  31.25 
 
 		 249 aa  95.1  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.392891  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0764  DNA repair protein RecO  30.86 
 
 		 251 aa  94.4  2e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.232991 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1657  DNA repair protein RecO  34.59 
 
 		 266 aa  92.8  4e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.887062  hitchhiker  0.0015865 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1558  DNA repair protein (recombination protein O)  25.82 
 
 		 250 aa  92.4  6e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0601  DNA replication and repair protein RecO  27.91 
 
 		 267 aa  91.7  1e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1264  DNA repair protein RecO  34.24 
 
 		 249 aa  91.3  1e-17  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1638  DNA repair protein RecO  29.77 
 
 		 256 aa  90.1  3e-17  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393403 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1301  DNA repair protein RecO  34.31 
 
 		 283 aa  89.4  5e-17  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1193  DNA repair protein RecO  34.34 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3062  DNA repair protein RecO  27.63 
 
 		 244 aa  87.4  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000268327  decreased coverage  0.0000000887022 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0647  DNA repair protein RecO  28.98 
 
 		 246 aa  87  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2708  DNA repair protein RecO  31.02 
 
 		 253 aa  86.7  3e-16  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00607294  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4273  DNA repair protein RecO  30.96 
 
 		 273 aa  82.8  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0729  DNA repair protein RecO  26.62 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.499146  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1066  DNA replication and repair protein RecO  29.79 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0929  DNA repair protein RecO  26.42 
 
 		 244 aa  78.6  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000628388  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0984  DNA repair protein RecO  26.28 
 
 		 266 aa  77.8  0.0000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.444728  normal  0.0717159 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3527  DNA repair protein RecO  26.28 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2590  DNA repair protein RecO  26.28 
 
 		 273 aa  77  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.466675  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4604  DNA repair protein RecO  28.28 
 
 		 288 aa  74.7  0.000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.643517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4149  DNA repair protein RecO  25.11 
 
 		 248 aa  75.1  0.000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0297878  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4415  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  73.6  0.000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000274955  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3024  DNA repair protein RecO  23.11 
 
 		 248 aa  72.8  0.000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.42951  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11770  DNA repair protein RecO  31.28 
 
 		 257 aa  72.4  0.000000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.0355162 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0978  DNA repair protein RecO  26.03 
 
 		 293 aa  72  0.000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.607803 
 
 
-
 
NC_002936  DET0580  recombination protein RecO  26.63 
 
 		 253 aa  72  0.000000000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4198  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4036  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000824167  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4046  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0418325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4522  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000535932  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4431  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000532421  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4320  DNA repair protein RecO  24.32 
 
 		 248 aa  72  0.000000000009  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.2531e-58 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2539  DNA repair protein RecO  25.91 
 
 		 302 aa  71.2  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.768911  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0553  DNA repair protein RecO  26.37 
 
 		 253 aa  71.6  0.00000000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0821  DNA repair protein RecO  23.87 
 
 		 248 aa  71.2  0.00000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000159175  decreased coverage  1.09268e-22 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0581  DNA repair protein RecO  29.63 
 
 		 250 aa  71.6  0.00000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_519  recombinational DNA repair protein (RecF pathway)  27.96 
 
 		 262 aa  70.5  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000908195  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2475  DNA repair protein RecO  25.19 
 
 		 256 aa  71.2  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000834216  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1709  DNA repair protein RecO  29.53 
 
 		 260 aa  70.1  0.00000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2800  DNA repair protein RecO  33.97 
 
 		 217 aa  70.1  0.00000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2832  DNA repair protein RecO  30.49 
 
 		 283 aa  69.7  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0818902 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4378  DNA repair protein RecO  23.87 
 
 		 248 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000495524  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2419  DNA repair protein RecO  25.7 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0577  DNA repair protein RecO  32.93 
 
 		 243 aa  67  0.0000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.663925  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1206  DNA repair protein RecO  26.88 
 
 		 257 aa  66.2  0.0000000005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0262183  normal  0.203633 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1031  DNA repair protein RecO  24.11 
 
 		 262 aa  64.7  0.000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1410  DNA repair protein RecO  39.6 
 
 		 217 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000007948 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1735  DNA repair protein RecO  29.21 
 
 		 246 aa  63.5  0.000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.219442  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2943  recombination protein O, RecO  31.71 
 
 		 244 aa  62.4  0.000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000661393  hitchhiker  0.00131296 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3482  recombination protein O, RecO  27.65 
 
 		 250 aa  61.2  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.531591  normal  0.121731 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2653  DNA repair protein RecO  34.55 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2557  DNA repair protein RecO  34.55 
 
 		 254 aa  60.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.105243  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1411  DNA repair protein RecO  24.19 
 
 		 244 aa  59.3  0.00000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000257171  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0406  DNA repair protein RecO  33.61 
 
 		 254 aa  58.9  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00000965492  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1733  putative recombination protein O  25.28 
 
 		 266 aa  58.9  0.00000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.615018  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1303  DNA replication and repair protein RecO  34.03 
 
 		 254 aa  58.5  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>