80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0391 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0391  tetratricopeptide repeat protein  100 
 
 
668 aa  1391    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1775  Tetratricopeptide repeats containing protein  44.95 
 
 
787 aa  327  4.0000000000000003e-88  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.44034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0934  hypothetical protein  36.34 
 
 
308 aa  191  4e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1351  hypothetical protein  32.93 
 
 
311 aa  180  5.999999999999999e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0214722  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3312  hypothetical protein  31.23 
 
 
307 aa  177  4e-43  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00100062  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_18270  hypothetical protein  34.49 
 
 
313 aa  174  5.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0390  TPR repeat-containing protein  24.51 
 
 
591 aa  172  2e-41  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0977  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 
1215 aa  80.5  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.153699  normal  0.773463 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1102  tetratricopeptide TPR_2  26.87 
 
 
1507 aa  75.1  0.000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3262  tetratricopeptide TPR_2  28.27 
 
 
919 aa  72  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.857288  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1245  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.32 
 
 
568 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0199548 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1215  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
568 aa  72  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3497  peptidase-like  26.86 
 
 
1328 aa  72  0.00000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0699  hypothetical protein  28.1 
 
 
356 aa  71.2  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.72272 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1855  hypothetical protein  26.32 
 
 
356 aa  70.5  0.00000000009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1746  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.91 
 
 
767 aa  70.5  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0166  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 
454 aa  70.5  0.0000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0362369  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0806  hypothetical protein  27.91 
 
 
407 aa  68.9  0.0000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1366  hypothetical protein  28.96 
 
 
825 aa  68.9  0.0000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6191  hypothetical protein  25.89 
 
 
367 aa  68.2  0.0000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4084  TPR repeat-containing protein  25.46 
 
 
843 aa  68.2  0.0000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4362  tetratricopeptide TPR_2  29.04 
 
 
725 aa  67.8  0.0000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.714509 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2528  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.45 
 
 
991 aa  67  0.0000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.122653  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1718  tetratricopeptide TPR_4  26.04 
 
 
799 aa  67  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1822  NB-ARC  33.96 
 
 
977 aa  66.6  0.000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.244157  normal  0.101864 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  32.17 
 
 
732 aa  66.6  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2968  kinesin light chain  25.94 
 
 
493 aa  66.6  0.000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.220917  normal  0.147814 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0416  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 
481 aa  66.2  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.80889 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2707  kinesin light chain  27.39 
 
 
311 aa  65.5  0.000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5180  hypothetical protein  24.31 
 
 
367 aa  64.3  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3708  hypothetical protein  26.02 
 
 
1039 aa  63.5  0.00000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1300  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.28 
 
 
771 aa  62.8  0.00000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1587  NB-ARC  25.08 
 
 
1044 aa  63.2  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.257434  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3983  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 
949 aa  61.6  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.808044  normal  0.937608 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17060  hypothetical protein  26.9 
 
 
343 aa  61.6  0.00000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0171953  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2040  TPR repeat-containing protein  24.13 
 
 
924 aa  60.1  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.962873  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1804  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.26 
 
 
1186 aa  60.5  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4441  hypothetical protein  25.3 
 
 
339 aa  60.5  0.0000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.0049757  decreased coverage  0.000185172 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1105  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
911 aa  60.1  0.0000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0238  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.01 
 
 
787 aa  59.7  0.0000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.463685  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3313  TPR repeat-containing protein  23.98 
 
 
272 aa  58.9  0.0000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000795793  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0357  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.27 
 
 
1424 aa  58.5  0.0000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00127061 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0446  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.61 
 
 
885 aa  58.9  0.0000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3866  NB-ARC domain protein  24.68 
 
 
680 aa  58.2  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.641069 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1773  NB-ARC domain protein  25.22 
 
 
672 aa  55.5  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3483  NB-ARC domain protein  22.78 
 
 
793 aa  55.1  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2765  TPR repeat-containing protein  32.2 
 
 
751 aa  54.7  0.000006  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2380  TPR repeat-containing protein  26.25 
 
 
785 aa  53.1  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2118  TPR repeat-containing protein  25.65 
 
 
1028 aa  53.1  0.00001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1169  TPR repeat-containing protein  27.31 
 
 
444 aa  53.1  0.00002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3695  Sel1 domain-containing protein  30.25 
 
 
1475 aa  52.8  0.00002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.909134 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3245  tetratricopeptide TPR_2  30.33 
 
 
212 aa  52.4  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1716  TPR repeat-containing protein  32.12 
 
 
162 aa  51.6  0.00005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5265  TPR repeat-containing protein  24.55 
 
 
284 aa  51.2  0.00006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.487256  n/a   
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_54602  predicted protein  24.12 
 
 
740 aa  50.8  0.00009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1583  tetratricopeptide TPR_4  25.21 
 
 
362 aa  50.4  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5289  TPR repeat-containing protein  24.88 
 
 
857 aa  49.3  0.0002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.752131  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0167  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 
190 aa  48.5  0.0004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0966  hypothetical protein  21.9 
 
 
2145 aa  48.1  0.0005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.360119 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2876  NB-ARC domain protein  23.17 
 
 
822 aa  48.1  0.0005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0820  hypothetical protein  23.39 
 
 
1212 aa  47.8  0.0006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.826533 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0969  hypothetical protein  26.61 
 
 
303 aa  48.1  0.0006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0136241 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3158  TPR repeat-containing protein  23.11 
 
 
814 aa  48.1  0.0006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.385095  n/a   
 
 
-
 
NC_009973  Haur_5149  TPR repeat-containing protein  24.28 
 
 
1105 aa  47.4  0.0008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.0000182587  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3796  tetratricopeptide TPR_2  22.43 
 
 
1040 aa  47.4  0.0009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1157  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  23.7 
 
 
1007 aa  47  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2533  TPR repeat-containing protein  32.39 
 
 
1025 aa  45.8  0.003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3272  hypothetical protein  30.33 
 
 
801 aa  45.4  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1368  hypothetical protein  27.85 
 
 
348 aa  45.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.801576  normal  0.161269 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2652  hypothetical protein  29.51 
 
 
919 aa  45.1  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  decreased coverage  0.00496775  normal  0.0664064 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0863  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 
991 aa  44.7  0.005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0963  hypothetical protein  22.03 
 
 
1550 aa  44.7  0.006  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.424465 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4175  TPR repeat-containing serine/threonin protein kinase  22.18 
 
 
854 aa  44.7  0.006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009974  Haur_5271  TPR repeat-containing protein  20.72 
 
 
953 aa  44.3  0.007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.650809  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2811  tetratricopeptide TPR_2  23.33 
 
 
782 aa  44.3  0.008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0319314  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  25.45 
 
 
626 aa  43.9  0.009  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1995  TPR repeat-containing protein  25.61 
 
 
443 aa  43.9  0.01  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.194004  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  25.45 
 
 
614 aa  43.9  0.01  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  25.45 
 
 
614 aa  43.9  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  25.45 
 
 
614 aa  43.9  0.01  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>