More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0339 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0339  tRNA nucleotidyltransferase  100 
 
 		 253 aa  521  1e-147  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1031  ribonuclease PH  86.11 
 
 		 258 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1062  ribonuclease PH  65.69 
 
 		 262 aa  335  5.999999999999999e-91  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08370  RNAse PH  64.71 
 
 		 254 aa  321  8e-87  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1326  ribonuclease PH  65.64 
 
 		 257 aa  319  3e-86  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.777119  hitchhiker  0.000286825 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3763  ribonuclease PH  67.4 
 
 		 248 aa  315  4e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0335688 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2734  ribonuclease PH  66.67 
 
 		 279 aa  313  1.9999999999999998e-84  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0760609  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_20050  RNAse PH  62.76 
 
 		 252 aa  313  1.9999999999999998e-84  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.274511  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2313  ribonuclease PH  64.61 
 
 		 252 aa  309  2e-83  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000000980644 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2581  ribonuclease PH  64.58 
 
 		 252 aa  305  3e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0057942  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2365  ribonuclease PH  64.02 
 
 		 239 aa  300  1e-80  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0385  ribonuclease PH  64.02 
 
 		 239 aa  299  3e-80  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0971657  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0942  ribonuclease PH  62.5 
 
 		 247 aa  293  2e-78  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.485263  normal  0.641045 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4389  ribonuclease PH  62.29 
 
 		 247 aa  292  4e-78  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000316498  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7553  ribonuclease PH  64.14 
 
 		 243 aa  290  2e-77  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.477374 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1684  ribonuclease PH  58.75 
 
 		 240 aa  285  7e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00193197  hitchhiker  0.00000164125 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3488  ribonuclease PH  61.92 
 
 		 237 aa  284  8e-76  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2474  ribonuclease PH  59.17 
 
 		 242 aa  284  8e-76  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1971  ribonuclease PH  59.24 
 
 		 251 aa  282  4.0000000000000003e-75  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.402894  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1323  ribonuclease PH  61.32 
 
 		 242 aa  282  5.000000000000001e-75  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1294  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 260 aa  279  3e-74  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1020  ribonuclease PH  59.17 
 
 		 254 aa  278  5e-74  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.625327  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1546  ribonuclease PH  63.29 
 
 		 241 aa  278  5e-74  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.760762  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3604  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0352  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.666936 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3777  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 237 aa  278  5e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4256  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 237 aa  278  6e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2705  tRNA nucleotidyltransferase  59.07 
 
 		 241 aa  276  3e-73  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0456  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 237 aa  275  4e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0320  ribonuclease PH  59.24 
 
 		 237 aa  275  4e-73  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6110  ribonuclease PH  56.9 
 
 		 239 aa  275  5e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.229557  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3844  ribonuclease PH  59 
 
 		 237 aa  275  6e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09950  RNAse PH  59.31 
 
 		 288 aa  275  7e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.296895  normal  0.201234 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2256  ribonuclease PH  57.08 
 
 		 238 aa  274  9e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000012272  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70420  ribonuclease PH  56.49 
 
 		 239 aa  273  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11370  ribonuclease PH  59.66 
 
 		 259 aa  273  2.0000000000000002e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.358864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5547  ribonuclease PH  57.14 
 
 		 240 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376694 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1734  tRNA nucleotidyltransferase  62.61 
 
 		 238 aa  272  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.636855 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04048  ribonuclease PH  57.74 
 
 		 237 aa  272  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0903  ribonuclease PH  58.58 
 
 		 246 aa  272  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.398117  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0319  ribonuclease PH  58.82 
 
 		 237 aa  273  3e-72  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4287  ribonuclease PH  59.07 
 
 		 260 aa  272  3e-72  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.240289 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2446  ribonuclease PH  58.4 
 
 		 238 aa  271  6e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.354995 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4361  ribonuclease PH  57.56 
 
 		 239 aa  271  7e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.889932  hitchhiker  0.00892611 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4386  ribonuclease PH  56.54 
 
 		 239 aa  271  7e-72  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0782226 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4282  ribonuclease PH  57.98 
 
 		 237 aa  271  1e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.887311  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5650  ribonuclease PH  63.83 
 
 		 260 aa  270  1e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal  0.887184 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0077  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 240 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0213  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 240 aa  270  2e-71  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2030  ribonuclease PH  56.12 
 
 		 244 aa  270  2e-71  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_02850  ribonuclease PH  57.14 
 
 		 239 aa  269  2.9999999999999997e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3270  ribonuclease PH  61.34 
 
 		 241 aa  268  5e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15390  ribonuclease PH  56.3 
 
 		 246 aa  268  5.9999999999999995e-71  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.547924  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1339  ribonuclease PH  56.07 
 
 		 243 aa  268  5.9999999999999995e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.478927  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3087  ribonuclease PH  57.74 
 
 		 246 aa  268  7e-71  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.775447  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4568  ribonuclease PH  60.25 
 
 		 237 aa  268  7e-71  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000188043 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3851  ribonuclease PH  57.74 
 
 		 238 aa  268  8e-71  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.92407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1104  ribonuclease PH  60.67 
 
 		 241 aa  268  8.999999999999999e-71  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.97035 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0994  ribonuclease PH  60.25 
 
 		 241 aa  267  1e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.128051 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1977  ribonuclease PH  58.12 
 
 		 242 aa  267  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.87042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2343  ribonuclease PH  58.12 
 
 		 242 aa  267  1e-70  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00648  ribonuclease PH  56.67 
 
 		 240 aa  267  1e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0923  ribonuclease PH  57.38 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0027923 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0112  ribonuclease PH  57.32 
 
 		 237 aa  266  2e-70  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0858  ribonuclease PH  57.38 
 
 		 244 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0870  ribonuclease PH  62.61 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_29110  ribonuclease PH  61.09 
 
 		 258 aa  266  2e-70  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.900543 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4325  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 243 aa  266  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0667  ribonuclease PH  58.23 
 
 		 246 aa  266  2e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.500053  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1960  ribonuclease PH  56.49 
 
 		 238 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0244748  normal  0.445772 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0453  tRNA nucleotidyltransferase  57.98 
 
 		 239 aa  266  2.9999999999999995e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2960  ribonuclease PH  55.42 
 
 		 239 aa  266  2.9999999999999995e-70  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.552332  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2280  ribonuclease PH  55.65 
 
 		 238 aa  265  4e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.865381 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2684  ribonuclease PH  56.12 
 
 		 245 aa  265  4e-70  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0123009  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001827  ribonuclease PH  56.9 
 
 		 238 aa  265  5.999999999999999e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0308379  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3865  ribonuclease PH  58.16 
 
 		 239 aa  264  8e-70  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0179  ribonuclease PH  55.46 
 
 		 240 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.308415  hitchhiker  0.00000767641 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0006  ribonuclease PH  53.97 
 
 		 239 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.105449 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0705  ribonuclease PH  56.15 
 
 		 241 aa  263  2e-69  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.531661 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0378  ribonuclease PH  59 
 
 		 237 aa  263  3e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000579905 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0395  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000781282 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0852  ribonuclease PH  55.88 
 
 		 238 aa  263  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0159871  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0381  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.128151 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1292  ribonuclease PH  55.42 
 
 		 238 aa  263  3e-69  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0523013  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0370  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0369  ribonuclease PH  60.5 
 
 		 237 aa  262  3e-69  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3836  ribonuclease PH  59.41 
 
 		 237 aa  262  4e-69  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3579  ribonuclease PH  57.98 
 
 		 253 aa  262  4e-69  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.114203  normal  0.335877 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5342  ribonuclease PH  55.46 
 
 		 240 aa  261  4.999999999999999e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.452896  normal  0.0235575 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02369  ribonuclease PH  58.4 
 
 		 241 aa  261  6e-69  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5294  ribonuclease PH  55.04 
 
 		 240 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.475514 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5202  ribonuclease PH  55.04 
 
 		 240 aa  261  8e-69  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  0.399595 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0869  ribonuclease PH  56.96 
 
 		 246 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2646  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3051  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0957  ribonuclease PH  56.96 
 
 		 246 aa  260  1e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.88797  normal  0.461387 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1701  ribonuclease PH  57.14 
 
 		 246 aa  260  1e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.17915  normal  0.276629 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1966  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.211424  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0973  ribonuclease PH  56.61 
 
 		 238 aa  261  1e-68  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0813  ribonuclease PH  56.72 
 
 		 243 aa  261  1e-68  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.696355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>