More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0278 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0278  ribosomal protein L17  100 
 
 		 144 aa  286  5.0000000000000004e-77  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1734  50S ribosomal protein L17  90.76 
 
 		 183 aa  224  4e-58  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20580  LSU ribosomal protein L17P  71.85 
 
 		 268 aa  201  3e-51  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.69658 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2625  ribosomal protein L17  71.11 
 
 		 168 aa  201  4e-51  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3112  50S ribosomal protein L17  70.97 
 
 		 197 aa  191  4e-48  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.785173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0614  ribosomal protein L17  66.43 
 
 		 181 aa  190  7e-48  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0655  ribosomal protein L17  69.35 
 
 		 178 aa  189  1e-47  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.929452  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0716  ribosomal protein L17  67.18 
 
 		 202 aa  188  2e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.237056 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4478  ribosomal protein L17  64.89 
 
 		 229 aa  181  2.0000000000000003e-45  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0807204  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0594  50S ribosomal protein L17  72.13 
 
 		 190 aa  178  2e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.30992 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4285  50S ribosomal protein L17  62.94 
 
 		 190 aa  175  2e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.106968  hitchhiker  0.00521298 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4289  ribosomal protein L17  67.5 
 
 		 169 aa  174  3e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2939  50S ribosomal protein L17  67.41 
 
 		 196 aa  172  9.999999999999999e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75004  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04280  LSU ribosomal protein L17P  60.69 
 
 		 189 aa  172  1.9999999999999998e-42  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.3407  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3894  50S ribosomal protein L17  62.24 
 
 		 190 aa  171  2.9999999999999996e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16890  LSU ribosomal protein L17P  61.48 
 
 		 242 aa  171  2.9999999999999996e-42  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1119  50S ribosomal protein L17  66.12 
 
 		 176 aa  170  6.999999999999999e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.808416  normal  0.809899 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2617  50S ribosomal protein L17  59.46 
 
 		 172 aa  169  7.999999999999999e-42  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0335  50S ribosomal protein L17P  60.71 
 
 		 222 aa  168  2e-41  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.194907  decreased coverage  0.000408041 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3874  50S ribosomal protein L17P  64.41 
 
 		 202 aa  168  3e-41  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23520  LSU ribosomal protein L17P  64.57 
 
 		 164 aa  166  8e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1173  ribosomal protein L17  64.41 
 
 		 219 aa  166  9e-41  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.813608  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2654  50S ribosomal protein L17  68.5 
 
 		 190 aa  166  1e-40  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29450  LSU ribosomal protein L17P  57.86 
 
 		 180 aa  166  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0149004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6582  ribosomal protein L17  59.86 
 
 		 196 aa  166  1e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.252016  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5153  ribosomal protein L17  67.24 
 
 		 179 aa  165  2e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.186095 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1114  50S ribosomal protein L17  55.32 
 
 		 195 aa  163  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1143  50S ribosomal protein L17  55.32 
 
 		 195 aa  163  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.25464 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1131  50S ribosomal protein L17  55.32 
 
 		 195 aa  163  6.9999999999999995e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3668  ribosomal protein L17  56.94 
 
 		 203 aa  163  8e-40  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1218  50S ribosomal protein L17  63.56 
 
 		 170 aa  162  1.0000000000000001e-39  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0965  50S ribosomal protein L17  57.25 
 
 		 176 aa  159  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.537634  normal  0.269592 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0611  50S ribosomal protein L17  63.91 
 
 		 206 aa  155  1e-37  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.595155  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13493  50S ribosomal protein L17  59.32 
 
 		 180 aa  153  7e-37  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00579097  normal  0.26683 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1437  50S ribosomal protein L17  59.32 
 
 		 202 aa  153  7e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.831815  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3381  ribosomal protein L17  54.41 
 
 		 233 aa  148  2e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6021  50S ribosomal protein L17  62.68 
 
 		 195 aa  138  1.9999999999999998e-32  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.79372  normal  0.0972683 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4969  50S ribosomal protein L17  57.63 
 
 		 199 aa  137  3.9999999999999997e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392078  normal  0.37487 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01460  ribosomal protein L17  56.36 
 
 		 114 aa  128  3e-29  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000310561  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0873  50S ribosomal protein L17P  52.99 
 
 		 126 aa  127  3e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000802536  normal  0.0321624 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1583  ribosomal protein L17  46.53 
 
 		 151 aa  125  1.0000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.296544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0707  50S ribosomal protein L17  52.94 
 
 		 127 aa  126  1.0000000000000001e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000000951753  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1869  50S ribosomal protein L17  48.44 
 
 		 141 aa  124  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0723  50S ribosomal protein L17  45.07 
 
 		 141 aa  124  5e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.556575  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0729  50S ribosomal protein L17  47.97 
 
 		 155 aa  122  2e-27  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2830  50S ribosomal protein L17  47.26 
 
 		 175 aa  120  5e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.215711  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0654  50S ribosomal protein L17  50.43 
 
 		 178 aa  120  5e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.686686  hitchhiker  0.0000313712 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0734  50S ribosomal protein L17  51.33 
 
 		 208 aa  120  5e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1011  50S ribosomal protein L17  47.97 
 
 		 141 aa  120  5e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.264601 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1639  50S ribosomal protein L17  49.57 
 
 		 137 aa  120  6e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0620252  normal  0.0662611 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1770  50S ribosomal protein L17P  48.72 
 
 		 140 aa  120  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.44833  normal  0.342107 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1653  50S ribosomal protein L17P  48 
 
 		 143 aa  119  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1455  50S ribosomal protein L17  46.88 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.026202  normal  0.30678 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1357  50S ribosomal protein L17  46.09 
 
 		 140 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.139721  normal  0.527206 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2127  50S ribosomal protein L17P  48.33 
 
 		 121 aa  117  6e-26  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0812324  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1093  50S ribosomal protein L17  47.2 
 
 		 184 aa  115  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01460  ribosomal protein L17  45.3 
 
 		 247 aa  116  9.999999999999999e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.186143  normal  0.514697 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0310  50S ribosomal protein L17  47.29 
 
 		 138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.43624 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2040  50S ribosomal protein L17  42.96 
 
 		 140 aa  115  1.9999999999999998e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.631241  normal  0.819045 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1981  50S ribosomal protein L17  46.96 
 
 		 142 aa  114  3e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1208  50S ribosomal protein L17  46.96 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.178196  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1171  50S ribosomal protein L17  46.96 
 
 		 142 aa  115  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.198804  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1374  50S ribosomal protein L17  50 
 
 		 124 aa  114  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00863011  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2991  50S ribosomal protein L17  46.15 
 
 		 141 aa  115  3e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0631685  normal  0.808566 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2992  50S ribosomal protein L17  46.09 
 
 		 142 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.40506 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0785  50S ribosomal protein L17  48.44 
 
 		 140 aa  114  3.9999999999999997e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.694499  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1933  50S ribosomal protein L17  42.96 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0721548  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2663  50S ribosomal protein L17  50 
 
 		 140 aa  114  6e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0402474  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0896  50S ribosomal protein L17  50.45 
 
 		 112 aa  113  6.9999999999999995e-25  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000178462  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0427  ribosomal protein L17  46.9 
 
 		 118 aa  113  7.999999999999999e-25  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.75518  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1921  50S ribosomal protein L17  48.18 
 
 		 146 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.195833  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1716  50S ribosomal protein L17  50.93 
 
 		 113 aa  112  1.0000000000000001e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000574886  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1495  ribosomal protein L17  50.93 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.882002  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0328  50S ribosomal protein L17  43.18 
 
 		 138 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.997979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0280  50S ribosomal protein L17  45.11 
 
 		 141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.39249 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19700  ribosomal protein L17  42.86 
 
 		 169 aa  111  3e-24  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00763987  normal  0.431624 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2761  ribosomal protein L17  41.26 
 
 		 139 aa  111  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.336822 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3300  ribosomal protein L17  50 
 
 		 168 aa  111  4.0000000000000004e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0299881 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1570  50S ribosomal protein L17  46.96 
 
 		 138 aa  110  5e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.207942  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1506  ribosomal protein L17  50 
 
 		 136 aa  108  2.0000000000000002e-23  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000952918 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2430  50S ribosomal protein L17  48.15 
 
 		 112 aa  108  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1389  50S ribosomal protein L17  46.09 
 
 		 138 aa  107  4.0000000000000004e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.814135  normal  0.354425 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2684  50S ribosomal protein L17  49.55 
 
 		 113 aa  108  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2369  50S ribosomal protein L17  49.55 
 
 		 113 aa  108  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0521735  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0244  50S ribosomal protein L17  48.15 
 
 		 112 aa  107  5e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2046  50S ribosomal protein L17  50 
 
 		 164 aa  107  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0786511  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0618  50S ribosomal protein L17  44.88 
 
 		 138 aa  107  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1918  50S ribosomal protein L17  50 
 
 		 162 aa  106  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4773  50S ribosomal protein L17  46.3 
 
 		 140 aa  106  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000039604 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3423  50S ribosomal protein L17  42.28 
 
 		 135 aa  106  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.108892 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3135  50S ribosomal protein L17  45.32 
 
 		 156 aa  106  1e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0512545  normal  0.850986 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0961  ribosomal protein L17  52.58 
 
 		 144 aa  105  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.463077  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2320  50S ribosomal protein L17  43.48 
 
 		 138 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.116353  normal  0.244368 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3159  50S ribosomal protein L17  42.97 
 
 		 136 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.286053  normal  0.4337 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2803  ribosomal protein L17  41.18 
 
 		 195 aa  105  2e-22  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000866699  hitchhiker  0.000000348253 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1939  50S ribosomal protein L17  49.09 
 
 		 168 aa  104  3e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2201  50S ribosomal protein L17  43.1 
 
 		 151 aa  104  4e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0373281  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2138  50S ribosomal protein L17  43.22 
 
 		 138 aa  104  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.968449 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0420  50S ribosomal protein L17  44.44 
 
 		 127 aa  104  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0484  50S ribosomal protein L17P  47.41 
 
 		 137 aa  103  5e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>