More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0271 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0271  preprotein translocase, SecY subunit  100 
 
 
447 aa  910    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1727  preprotein translocase subunit SecY  83.15 
 
 
445 aa  750    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.0000416171  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2633  preprotein translocase, SecY subunit  58.94 
 
 
431 aa  527  1e-148  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0607  preprotein translocase, SecY subunit  59.72 
 
 
429 aa  527  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0598508  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29540  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  57.57 
 
 
429 aa  513  1e-144  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.498773  normal  0.844433 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0647  preprotein translocase, SecY subunit  57.8 
 
 
432 aa  511  1e-143  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3123  preprotein translocase, SecY subunit  58.28 
 
 
436 aa  506  9.999999999999999e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0708  preprotein translocase, SecY subunit  56.55 
 
 
438 aa  493  9.999999999999999e-139  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.274333 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23600  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  55.13 
 
 
434 aa  479  1e-134  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2956  preprotein translocase subunit SecY  54.82 
 
 
436 aa  461  9.999999999999999e-129  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.226026  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3885  preprotein translocase subunit SecY  53.29 
 
 
437 aa  459  9.999999999999999e-129  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2668  preprotein translocase subunit SecY  54.13 
 
 
436 aa  456  1e-127  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20670  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  52.05 
 
 
439 aa  457  1e-127  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0951  preprotein translocase, SecY subunit  53.39 
 
 
448 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.830582  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3903  preprotein translocase subunit SecY  51.69 
 
 
441 aa  451  1e-125  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.340332  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4295  preprotein translocase subunit SecY  51.24 
 
 
441 aa  447  1.0000000000000001e-124  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00554636 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1106  protein translocase subunit SecY/sec61 alpha  51.72 
 
 
438 aa  447  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.105713 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4301  preprotein translocase, SecY subunit  51.95 
 
 
432 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0326  preprotein translocase subunit SecY  52.61 
 
 
437 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000568003 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4487  preprotein translocase, SecY subunit  51.36 
 
 
436 aa  436  1e-121  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3686  preprotein translocase, SecY subunit  51.13 
 
 
441 aa  437  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  hitchhiker  0.000792509  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1046  preprotein translocase subunit SecY  49.66 
 
 
441 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.303562  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1062  preprotein translocase subunit SecY  49.66 
 
 
441 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.160681  normal  0.323313 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1074  preprotein translocase subunit SecY  49.66 
 
 
441 aa  434  1e-120  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6594  preprotein translocase subunit SecY  51.95 
 
 
436 aa  431  1e-119  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3397  preprotein translocase, SecY subunit  50.79 
 
 
439 aa  430  1e-119  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0582  preprotein translocase subunit SecY  50 
 
 
435 aa  425  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10746  preprotein translocase subunit SecY  50.22 
 
 
441 aa  427  1e-118  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.329828 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5022  preprotein translocase subunit SecY  50.55 
 
 
445 aa  426  1e-118  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.697019  normal  0.479008 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2626  preprotein translocase subunit SecY  49.89 
 
 
442 aa  423  1e-117  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.512513  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5144  preprotein translocase, SecY subunit  50.46 
 
 
437 aa  424  1e-117  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.552257 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04180  preprotein translocase subunit SecY  50.56 
 
 
435 aa  420  1e-116  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.132635  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6029  preprotein translocase subunit SecY  48.97 
 
 
430 aa  421  1e-116  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.175346 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1206  preprotein translocase SecY subunit  49.34 
 
 
457 aa  420  1e-116  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.533641  normal  0.0165275 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0602  preprotein translocase subunit SecY  49.2 
 
 
430 aa  417  9.999999999999999e-116  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.637505  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1147  preprotein translocase, SecY subunit  50.78 
 
 
445 aa  417  9.999999999999999e-116  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1053  preprotein translocase, SecY subunit  50.11 
 
 
449 aa  414  1e-114  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.112551  normal  0.615544 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1347  preprotein translocase subunit SecY  50.33 
 
 
445 aa  412  1e-114  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_16970  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  48.3 
 
 
435 aa  406  1.0000000000000001e-112  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0174147  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_3954  preprotein translocase, SecY subunit  46.44 
 
 
434 aa  397  1e-109  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0418  preprotein translocase, SecY subunit  42.92 
 
 
431 aa  355  8.999999999999999e-97  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1931  preprotein translocase subunit SecY  43.64 
 
 
445 aa  351  1e-95  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.776856  normal  0.537809 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3985  preprotein translocase, SecY subunit  45.24 
 
 
448 aa  349  7e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00342615  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0867  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  43.94 
 
 
442 aa  347  3e-94  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000152006  hitchhiker  0.00837403 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0718  preprotein translocase subunit SecY  40.32 
 
 
448 aa  342  7e-93  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.214912  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1360  preprotein translocase, SecY subunit  43.28 
 
 
423 aa  340  2.9999999999999998e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1575  preprotein translocase subunit SecY  43.68 
 
 
435 aa  340  2.9999999999999998e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0569624  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1926  preprotein translocase, SecY subunit  40.28 
 
 
449 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.796685  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2038  preprotein translocase subunit SecY  40.87 
 
 
447 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0728  preprotein translocase, SecY subunit  43.96 
 
 
429 aa  338  9.999999999999999e-92  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00054251  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1953  preprotein translocase subunit SecY  40.87 
 
 
447 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1926  preprotein translocase subunit SecY  40.64 
 
 
447 aa  337  1.9999999999999998e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.228643  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1384  preprotein translocase subunit SecY  40.86 
 
 
443 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.378018 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5050  preprotein translocase subunit SecY  40.83 
 
 
444 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.478224  normal  0.981585 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1565  preprotein translocase subunit SecY  40.63 
 
 
443 aa  337  3.9999999999999995e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.112443  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2315  preprotein translocase subunit SecY  41.74 
 
 
443 aa  335  1e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.775008  normal  0.296135 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3164  preprotein translocase subunit SecY  41.74 
 
 
443 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0194839  normal  0.509442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3647  preprotein translocase subunit SecY  41.74 
 
 
443 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3428  preprotein translocase subunit SecY  41.74 
 
 
443 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.452831  normal  0.23727 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2756  preprotein translocase, SecY subunit  41.8 
 
 
443 aa  333  5e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.373135  normal  0.477854 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1976  preprotein translocase subunit SecY  40.6 
 
 
446 aa  331  2e-89  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.923807  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1246  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  40.77 
 
 
463 aa  330  2e-89  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.031052  hitchhiker  0.00314824 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2837  preprotein translocase subunit SecY  41.01 
 
 
435 aa  330  3e-89  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1366  preprotein translocase subunit SecY  40.28 
 
 
437 aa  330  4e-89  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000833152  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2135  protein translocase subunit secY/sec61 alpha  41.76 
 
 
428 aa  329  5.0000000000000004e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.233384  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1213  preprotein translocase subunit SecY  40.14 
 
 
446 aa  328  9e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2986  preprotein translocase subunit SecY  40.42 
 
 
448 aa  328  1.0000000000000001e-88  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.135734  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0425  preprotein translocase subunit SecY  42.3 
 
 
437 aa  327  2.0000000000000001e-88  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.65116  normal  0.157207 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1176  preprotein translocase subunit SecY  40.14 
 
 
446 aa  328  2.0000000000000001e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0379017  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0721  preprotein translocase subunit SecY  41.38 
 
 
435 aa  328  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4778  preprotein translocase subunit SecY  41.8 
 
 
444 aa  328  2.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000420552 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09800  preprotein translocase, SecY subunit  41.93 
 
 
427 aa  327  2.0000000000000001e-88  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.141788  hitchhiker  0.0000395879 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0646  preprotein translocase subunit SecY  40.77 
 
 
435 aa  325  8.000000000000001e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00379524  hitchhiker  0.000000811889 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0333  preprotein translocase, SecY subunit  40.42 
 
 
445 aa  324  2e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.110878  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1863  preprotein translocase subunit SecY  40.14 
 
 
446 aa  324  2e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.271597  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1009  preprotein translocase subunit SecY  42.13 
 
 
439 aa  323  3e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00114462  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0953  preprotein translocase subunit SecY  40.6 
 
 
435 aa  323  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0415377  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3308  preprotein translocase subunit SecY  40.6 
 
 
435 aa  323  6e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000602472 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2198  preprotein translocase, SecY subunit  41.24 
 
 
448 aa  322  9.999999999999999e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0470035  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1086  preprotein translocase subunit SecY  41.42 
 
 
435 aa  321  1.9999999999999998e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.135642  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2668  preprotein translocase subunit SecY  41 
 
 
447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0347  preprotein translocase, SecY subunit  41.53 
 
 
443 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.742267  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2181  preprotein translocase, SecY subunit  40.32 
 
 
447 aa  320  3e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0517  preprotein translocase, SecY subunit  41.53 
 
 
443 aa  320  3e-86  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.120445  unclonable  0.0000000000266535 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2459  preprotein translocase, SecY subunit  40.32 
 
 
447 aa  320  3e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3318  preprotein translocase subunit SecY  42.05 
 
 
441 aa  320  3.9999999999999996e-86  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.150394  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2305  preprotein translocase subunit SecY  42.6 
 
 
453 aa  319  5e-86  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0325321  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00958  preprotein translocase subunit SecY  42.17 
 
 
434 aa  319  5e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.0058755  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1006  preprotein translocase subunit SecY  40.27 
 
 
446 aa  319  6e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.38875  hitchhiker  0.00669682 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0168  preprotein translocase subunit SecY  44.37 
 
 
446 aa  319  7e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.0000000114541  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0442  preprotein translocase subunit SecY  41.44 
 
 
429 aa  319  7e-86  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0099  preprotein translocase subunit SecY  41.57 
 
 
437 aa  318  7.999999999999999e-86  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0986849 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0190  preprotein translocase subunit SecY  42.82 
 
 
446 aa  318  9e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000711222  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0233  preprotein translocase subunit SecY  42.4 
 
 
446 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000181445  unclonable  0.0000105897 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1745  preprotein translocase subunit SecY  40.77 
 
 
437 aa  318  1e-85  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.261464  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0441  preprotein translocase subunit SecY  40.5 
 
 
443 aa  317  2e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2352  preprotein translocase subunit SecY  42.92 
 
 
441 aa  317  3e-85  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.299181  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0309  preprotein translocase subunit SecY  38.32 
 
 
443 aa  317  3e-85  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0197098  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0315  preprotein translocase subunit SecY  41.47 
 
 
437 aa  316  5e-85  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0598799  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0560  preprotein translocase, SecY subunit  39.95 
 
 
442 aa  316  5e-85  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>