More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0264 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0264  ribosomal L5P C-terminal domain protein  100 
 
 		 190 aa  392  1e-108  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1719  50S ribosomal protein L5  89.47 
 
 		 190 aa  357  4e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2634  50S ribosomal protein L5  70.81 
 
 		 191 aa  285  2.9999999999999996e-76  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.043764  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0639  ribosomal protein L5  71.43 
 
 		 191 aa  281  4.0000000000000003e-75  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.103103  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0599  ribosomal protein L5  72.04 
 
 		 187 aa  279  2e-74  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.975222  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2647  ribosomal protein L5  71.05 
 
 		 190 aa  278  2e-74  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3893  50S ribosomal protein L5  70.21 
 
 		 198 aa  275  2e-73  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3131  ribosomal protein L5  70.05 
 
 		 199 aa  273  1.0000000000000001e-72  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4309  ribosomal protein L5  66.84 
 
 		 189 aa  272  2.0000000000000002e-72  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.183927  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29620  LSU ribosomal protein L5P  71.11 
 
 		 189 aa  271  3e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.787751 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5136  ribosomal protein L5  68.48 
 
 		 191 aa  269  2e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.429386 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1334  50S ribosomal protein L5  67.91 
 
 		 188 aa  269  2e-71  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000410283  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2963  50S ribosomal protein L5  70.59 
 
 		 193 aa  268  2.9999999999999997e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0318633  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20750  LSU ribosomal protein L5P  70.95 
 
 		 192 aa  267  8e-71  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.995416 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1098  50S ribosomal protein L5  67.36 
 
 		 194 aa  266  1e-70  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0564211 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0574  50S ribosomal protein L5  66.67 
 
 		 189 aa  265  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0318  50S ribosomal protein L5  67.04 
 
 		 196 aa  266  2e-70  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00374414 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0943  ribosomal protein L5  65.08 
 
 		 190 aa  263  1e-69  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.125126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2675  50S ribosomal protein L5  68.45 
 
 		 193 aa  262  2e-69  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1197  50S ribosomal protein L5  67.57 
 
 		 192 aa  259  2e-68  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0484723 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6602  ribosomal protein L5  71.11 
 
 		 187 aa  256  1e-67  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17040  LSU ribosomal protein L5P  64.74 
 
 		 191 aa  256  1e-67  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  hitchhiker  0.000000390944  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0700  ribosomal protein L5  68.45 
 
 		 189 aa  256  2e-67  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3419  ribosomal protein L5  72.07 
 
 		 187 aa  251  4.0000000000000004e-66  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23680  LSU ribosomal protein L5P  65.26 
 
 		 189 aa  251  4.0000000000000004e-66  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0282632  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4495  ribosomal protein L5  67.25 
 
 		 184 aa  251  4.0000000000000004e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1135  ribosomal protein L5  67.37 
 
 		 192 aa  251  4.0000000000000004e-66  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.738574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4303  50S ribosomal protein L5  66.31 
 
 		 189 aa  251  5.000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.434837  normal  0.0111876 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04100  LSU ribosomal protein L5P  72.07 
 
 		 189 aa  251  5.000000000000001e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3911  50S ribosomal protein L5  66.31 
 
 		 189 aa  251  6e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.312917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10730  50S ribosomal protein L5  65.36 
 
 		 187 aa  251  6e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.443484 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5035  50S ribosomal protein L5  67.91 
 
 		 188 aa  248  3e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  hitchhiker  0.0000622365  normal  0.531992 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1027  50S ribosomal protein L5  69.27 
 
 		 187 aa  244  4e-64  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  hitchhiker  0.00000321161  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1056  50S ribosomal protein L5  69.27 
 
 		 187 aa  244  4e-64  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  hitchhiker  0.000356409  normal  0.261922 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1044  50S ribosomal protein L5  69.27 
 
 		 187 aa  244  4e-64  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.0000979581  normal  0.131307 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6037  50S ribosomal protein L5  67.2 
 
 		 189 aa  243  1.9999999999999999e-63  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.138153 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09880  LSU ribosomal protein L5P  63.13 
 
 		 180 aa  240  1e-62  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00169364  hitchhiker  0.0000180186 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_23350  LSU ribosomal protein L5P  60.56 
 
 		 181 aa  234  7e-61  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000205512  hitchhiker  0.000000148901 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2166  ribosomal protein L5  62.92 
 
 		 183 aa  232  2.0000000000000002e-60  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.0216676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3711  ribosomal protein L5  64.17 
 
 		 192 aa  231  5e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0594  50S ribosomal protein L5  68.89 
 
 		 199 aa  230  7.000000000000001e-60  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1159  50S ribosomal protein L5  59.56 
 
 		 183 aa  224  4e-58  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.000000883476  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0385  50S ribosomal protein L5  60 
 
 		 183 aa  223  1e-57  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0410  ribosomal protein L5  57.63 
 
 		 189 aa  222  2e-57  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1149  ribosomal protein L5  57.78 
 
 		 186 aa  222  2e-57  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.000000871662  hitchhiker  0.000556767 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2143  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 		 180 aa  223  2e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0613  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 179 aa  223  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  decreased coverage  0.00554021  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0385  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 179 aa  222  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.000000334346  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1238  50S ribosomal protein L5  55.87 
 
 		 220 aa  222  3e-57  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.467467  hitchhiker  0.000847503 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0393  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 179 aa  222  3e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.00978346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2806  50S ribosomal protein L5  57.06 
 
 		 192 aa  220  9e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.452001  normal  0.44759 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2915  50S ribosomal protein L5  56.42 
 
 		 182 aa  219  1.9999999999999999e-56  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0879  50S ribosomal protein L5  56.57 
 
 		 179 aa  219  1.9999999999999999e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.273914  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3305  50S ribosomal protein L5  56.74 
 
 		 180 aa  218  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000419375  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0731  50S ribosomal protein L5  57.95 
 
 		 179 aa  218  6e-56  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00207885  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2313  50S ribosomal protein L5  55.68 
 
 		 179 aa  217  7.999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.000920139  normal  0.393546 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2699  ribosomal protein L5  54.24 
 
 		 179 aa  216  1e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0768  50S ribosomal protein L5  55.06 
 
 		 180 aa  216  2e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0251429  normal  0.0345896 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0279  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 		 187 aa  216  2e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000257313  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2321  50S ribosomal protein L5  55.11 
 
 		 178 aa  215  2.9999999999999998e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000058995  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04509  50S ribosomal protein L5  55.11 
 
 		 180 aa  214  4e-55  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.00526127  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1923  50S ribosomal protein L5  53.11 
 
 		 180 aa  215  4e-55  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.360867 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0727  ribosomal protein L5  55.06 
 
 		 184 aa  215  4e-55  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3326  50S ribosomal protein L5  57.39 
 
 		 179 aa  215  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00000159394  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1261  50S ribosomal protein L5  56.5 
 
 		 193 aa  215  4e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.479244  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3655  50S ribosomal protein L5  56 
 
 		 179 aa  215  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000538083  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1783  50S ribosomal protein L5  55.61 
 
 		 186 aa  215  4e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0286744  normal  0.0861525 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3167  50S ribosomal protein L5  55.68 
 
 		 180 aa  214  5e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000061863  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1733  ribosomal protein L5  54.8 
 
 		 180 aa  214  7e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000736649  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0854  ribosomal protein L5  56.5 
 
 		 191 aa  214  8e-55  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1727  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 186 aa  213  9e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.208294  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0119  50S ribosomal protein L5  53.67 
 
 		 179 aa  213  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3012  50S ribosomal protein L5  55.87 
 
 		 180 aa  213  9.999999999999999e-55  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0815277  hitchhiker  0.00971192 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0373  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 186 aa  213  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.924655  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0225  50S ribosomal protein L5  54.8 
 
 		 179 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000033393  unclonable  0.00000847343 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0779  50S ribosomal protein L5  54.75 
 
 		 183 aa  213  1.9999999999999998e-54  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000000663663  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0331  50S ribosomal protein L5  57.39 
 
 		 179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  2.86209e-22  unclonable  0.0000000514338 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0638  50S ribosomal protein L5  52.84 
 
 		 179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000002891  hitchhiker  0.0000000142331 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2676  50S ribosomal protein L5  55.43 
 
 		 179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.365679  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2448  50S ribosomal protein L5  55.06 
 
 		 180 aa  212  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0261  50S ribosomal protein L5  55.68 
 
 		 179 aa  212  1.9999999999999998e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00011988  hitchhiker  0.00419611 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0770  50S ribosomal protein L5  55.62 
 
 		 180 aa  212  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000253341  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2390  50S ribosomal protein L5  55.37 
 
 		 180 aa  213  1.9999999999999998e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000832727  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0993  50S ribosomal protein L5  55.68 
 
 		 179 aa  213  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.188772  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1934  50S ribosomal protein L5  56.91 
 
 		 185 aa  212  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.562319  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0846  50S ribosomal protein L5  56 
 
 		 179 aa  212  2.9999999999999995e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.85914  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0487  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 179 aa  211  3.9999999999999995e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000728696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0185  50S ribosomal protein L5  56.42 
 
 		 181 aa  211  3.9999999999999995e-54  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.2944 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1626  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 185 aa  211  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317826  normal  0.302656 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2162  50S ribosomal protein L5  53.11 
 
 		 179 aa  211  4.9999999999999996e-54  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000313261  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2607  50S ribosomal protein L5  56.04 
 
 		 182 aa  211  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00000613532  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1512  ribosomal protein L5  52.81 
 
 		 183 aa  211  4.9999999999999996e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.527961  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2827  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 179 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000925898  normal  0.276949 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0326  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 179 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000464858  decreased coverage  0.00283063 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3632  50S ribosomal protein L5  54.55 
 
 		 179 aa  211  5.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000391784  decreased coverage  0.00000000000159528 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0123  50S ribosomal protein L5  53.67 
 
 		 179 aa  211  7e-54  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1945  50S ribosomal protein L5  51.98 
 
 		 180 aa  211  7e-54  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0298  ribosomal protein L5  55.06 
 
 		 180 aa  211  7e-54  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000255601  normal  0.102158 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1934  50S ribosomal protein L5  51.98 
 
 		 180 aa  211  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2030  50S ribosomal protein L5  51.98 
 
 		 180 aa  211  7e-54  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0708246  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>