More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0213 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  61.7 
 
 
786 aa  920    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  69.23 
 
 
744 aa  972    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  69.11 
 
 
791 aa  992    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  63.41 
 
 
775 aa  934    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  62.8 
 
 
773 aa  946    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  66.9 
 
 
735 aa  942    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  93.91 
 
 
913 aa  1417    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.72 
 
 
792 aa  709    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.94 
 
 
767 aa  953    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.86 
 
 
735 aa  984    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  63.3 
 
 
759 aa  914    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.56 
 
 
729 aa  902    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  65.66 
 
 
750 aa  952    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  62.96 
 
 
825 aa  911    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.3 
 
 
785 aa  918    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.99 
 
 
759 aa  935    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.59 
 
 
752 aa  928    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.56 
 
 
770 aa  937    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  69.88 
 
 
744 aa  1021    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  62.19 
 
 
729 aa  897    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  68.78 
 
 
744 aa  999    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.71 
 
 
842 aa  991    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.99 
 
 
753 aa  944    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.49 
 
 
754 aa  939    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.39 
 
 
750 aa  934    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
926 aa  1863    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.95 
 
 
823 aa  939    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.99 
 
 
759 aa  935    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.48 
 
 
737 aa  971    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.83 
 
 
747 aa  948    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  65.37 
 
 
762 aa  938    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.93 
 
 
756 aa  938    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.51 
 
 
773 aa  942    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  67.72 
 
 
746 aa  978    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.98 
 
 
746 aa  961    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.53 
 
 
752 aa  958    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000130923 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  63.69 
 
 
753 aa  948    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.66 
 
 
782 aa  908    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  65.63 
 
 
742 aa  981    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  66.99 
 
 
759 aa  935    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.7 
 
 
714 aa  581  1e-164  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.08 
 
 
714 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.72 
 
 
703 aa  575  1.0000000000000001e-162  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.14 
 
 
705 aa  570  1e-161  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.41 
 
 
746 aa  570  1e-161  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.49 
 
 
747 aa  571  1e-161  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.22 
 
 
705 aa  571  1e-161  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.35 
 
 
700 aa  566  1e-160  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.89 
 
 
714 aa  569  1e-160  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.66 
 
 
723 aa  567  1e-160  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.02 
 
 
712 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.21 
 
 
712 aa  568  1e-160  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.25 
 
 
733 aa  568  1e-160  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.38 
 
 
755 aa  562  1.0000000000000001e-159  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.92 
 
 
692 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.02 
 
 
713 aa  565  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.75 
 
 
714 aa  565  1.0000000000000001e-159  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.92 
 
 
690 aa  563  1.0000000000000001e-159  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.63 
 
 
715 aa  564  1.0000000000000001e-159  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0382  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  43.85 
 
 
714 aa  562  1.0000000000000001e-159  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.320403  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.12 
 
 
710 aa  561  1e-158  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.58 
 
 
712 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.72 
 
 
718 aa  560  1e-158  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.85 
 
 
747 aa  560  1e-158  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2170  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.52 
 
 
714 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0402548  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.01 
 
 
740 aa  557  1e-157  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.32 
 
 
714 aa  558  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.14 
 
 
761 aa  556  1e-157  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5581  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.52 
 
 
715 aa  556  1e-157  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.298486  normal  0.0925755 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.28 
 
 
735 aa  558  1e-157  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1696  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.18 
 
 
699 aa  556  1e-157  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00000649299  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  45.1 
 
 
741 aa  558  1e-157  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.96 
 
 
704 aa  556  1e-157  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1641  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.06 
 
 
715 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0365038  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1024  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.48 
 
 
715 aa  558  1e-157  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.547998 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.95 
 
 
722 aa  558  1e-157  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.29 
 
 
720 aa  558  1e-157  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.62 
 
 
703 aa  558  1e-157  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2291  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.52 
 
 
714 aa  558  1e-157  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0701506  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2253  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.06 
 
 
715 aa  557  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.529509  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.63 
 
 
700 aa  556  1e-157  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.76 
 
 
732 aa  555  1e-156  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.46 
 
 
712 aa  554  1e-156  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.42 
 
 
712 aa  553  1e-156  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0693  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.34 
 
 
706 aa  555  1e-156  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0464736  normal  0.106902 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.34 
 
 
712 aa  553  1e-156  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0339212  normal  0.44313 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.2 
 
 
713 aa  554  1e-156  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00845594  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.52 
 
 
718 aa  555  1e-156  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3260  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.72 
 
 
707 aa  553  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.38 
 
 
722 aa  553  1e-156  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.73 
 
 
686 aa  554  1e-156  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2277  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.14 
 
 
715 aa  555  1e-156  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000289568  normal  0.091907 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3446  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 
714 aa  555  1e-156  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.16 
 
 
730 aa  549  1e-155  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.8 
 
 
715 aa  549  1e-155  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.03 
 
 
718 aa  549  1e-155  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1430  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.92 
 
 
713 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.42 
 
 
717 aa  550  1e-155  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1285  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  44.92 
 
 
713 aa  550  1e-155  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.42 
 
 
712 aa  552  1e-155  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>