More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0163 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0163  efflux ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 444 aa  893    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1252  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  65.48 
 
 		 434 aa  565  1e-160  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.888586  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1514  permease domain protein  42.4 
 
 		 425 aa  349  4e-95  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00243073  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1869  ABC efflux pump, inner membrane subunit  37.7 
 
 		 418 aa  270  5e-71  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.431923  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2138  ABC transporter, permease protein  34.38 
 
 		 430 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2248  hypothetical protein  34.38 
 
 		 430 aa  250  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1786  protein of unknown function DUF214  32.81 
 
 		 429 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1388  hypothetical protein  32.59 
 
 		 429 aa  246  6.999999999999999e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0447  ABC transport permease protein  33.71 
 
 		 426 aa  235  1.0000000000000001e-60  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0527  ABC transport permease protein  34.16 
 
 		 414 aa  231  2e-59  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0117375  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0430  lipoprotein ABC transporter permease  31.91 
 
 		 430 aa  226  7e-58  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0396093  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3550  protein of unknown function DUF214  32.27 
 
 		 408 aa  219  7.999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0766  ABC transport permease protein  31.32 
 
 		 430 aa  215  9.999999999999999e-55  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0486768  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2806  hypothetical protein  35.98 
 
 		 429 aa  213  4.9999999999999996e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.398602  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1167  ABC transporter, permease protein  29.48 
 
 		 430 aa  210  5e-53  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.593788  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2021  ABC transporter, permease protein  30.29 
 
 		 429 aa  207  2e-52  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.18849  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1652  ABC transporter, permease protein  30.29 
 
 		 429 aa  207  4e-52  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1833  ABC transporter, permease protein  29.89 
 
 		 429 aa  202  8e-51  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.879571  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2135  lipoprotein ABC transporter permease  33.23 
 
 		 314 aa  173  6.999999999999999e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.142253 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1787  protein of unknown function DUF214  27.99 
 
 		 379 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2137  ABC transporter, permease protein  25.47 
 
 		 376 aa  132  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1389  hypothetical protein  26.92 
 
 		 379 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2247  hypothetical protein  25.53 
 
 		 393 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2805  hypothetical protein  23.54 
 
 		 393 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.201922  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1166  ABC transporter, permease protein  25.05 
 
 		 371 aa  107  3e-22  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0767  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  24.78 
 
 		 380 aa  104  3e-21  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.016013  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0446  integral membrane protein-permease component  23.95 
 
 		 373 aa  100  6e-20  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0429  hydrogenase 4 membrane subunit  23.62 
 
 		 380 aa  94.4  4e-18  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0100883  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1834  ABC transporter, permease protein  22.99 
 
 		 372 aa  93.6  7e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1653  ABC transporter, permease protein  24.02 
 
 		 372 aa  93.2  8e-18  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3549  protein of unknown function DUF214  24.27 
 
 		 386 aa  92.8  1e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0082  hypothetical protein  21.76 
 
 		 386 aa  90.5  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1553  hypothetical protein  22.83 
 
 		 386 aa  87.4  4e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_2022  ABC transporter, permease protein  22.34 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0164828  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1340  ABC transporter, permease protein  22.8 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3643  hypothetical protein  21.76 
 
 		 386 aa  83.2  0.000000000000009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1371  protein of unknown function DUF214  22.56 
 
 		 386 aa  82  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.381039  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0916  hypothetical protein  23.61 
 
 		 385 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2195  hypothetical protein  26.36 
 
 		 389 aa  81.3  0.00000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.264463 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2168  protein of unknown function DUF214  20.98 
 
 		 386 aa  77.4  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1251  SalY-type ABC antimicrobial peptide transport system permease component  21.83 
 
 		 407 aa  77.4  0.0000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.430375  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2054  protein of unknown function DUF214  21.24 
 
 		 386 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.01978e-17 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0528  integral membrane protein-permease component, involved in lipoprotein release  21.3 
 
 		 376 aa  76.6  0.0000000000009  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.284767  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1515  permease domain protein  22.32 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000964832  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1868  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25.95 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0545  protein of unknown function DUF214  22.73 
 
 		 386 aa  70.1  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1372  protein of unknown function DUF214  23.17 
 
 		 378 aa  66.2  0.000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.669142  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3466  hypothetical protein  24.05 
 
 		 399 aa  65.1  0.000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0367  ABC-type transport system, permease component  23.31 
 
 		 405 aa  65.9  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2636  hypothetical protein  26.64 
 
 		 843 aa  65.5  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.605081  normal  0.364549 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3715  protein of unknown function DUF214  27.38 
 
 		 852 aa  65.1  0.000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.713812  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0677  ABC transporter, permease protein, putative  21.95 
 
 		 387 aa  63.9  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.297561  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0193  hypothetical protein  23.22 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000006  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  hitchhiker  0.00183424  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD1229  hypothetical protein  22.67 
 
 		 409 aa  63.2  0.000000008  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.965608  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3762  protein of unknown function DUF214  34.55 
 
 		 452 aa  62  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2105  protein of unknown function DUF214  28.02 
 
 		 462 aa  62.4  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00482864  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3748  hypothetical protein  26.89 
 
 		 416 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.244082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3083  hypothetical protein  28.08 
 
 		 376 aa  62  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.262583  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0823  ABC transporter, permease protein  24.9 
 
 		 422 aa  60.8  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.395922  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4227  hypothetical protein  24.3 
 
 		 408 aa  60.5  0.00000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.405326  normal  0.650749 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0698  protein of unknown function DUF214  28.16 
 
 		 376 aa  60.1  0.00000008  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.112552 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3560  protein of unknown function DUF214  25.99 
 
 		 405 aa  60.1  0.00000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1942  protein of unknown function DUF214  32.73 
 
 		 443 aa  59.7  0.00000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2826  protein of unknown function DUF214  26.75 
 
 		 406 aa  59.3  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.663211  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1822  hypothetical protein  23.23 
 
 		 408 aa  59.7  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.368625  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0817  ABC transporter, permease protein  24.51 
 
 		 413 aa  59.3  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2283  permease, putative  29.91 
 
 		 412 aa  58.5  0.0000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.14949  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3411  ABC transporter, inner membrane subunit  25.99 
 
 		 405 aa  58.9  0.0000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.108471  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0049  hypothetical protein  18.92 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1671  macrolide transporter ATP-binding /permease protein  31.58 
 
 		 648 aa  57.8  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.942094 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1994  protein of unknown function DUF214  21.16 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.0259708 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1967  protein of unknown function DUF214  21.16 
 
 		 405 aa  57.8  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0394  ABC transporter related  26.86 
 
 		 652 aa  57.4  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0065  hypothetical protein  22.65 
 
 		 381 aa  57  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.395417  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0495  hypothetical protein  25.64 
 
 		 397 aa  57  0.0000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0758  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  21.93 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00020569  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0755  hypothetical protein  24.62 
 
 		 407 aa  55.8  0.000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.951595  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1915  hypothetical protein  36.23 
 
 		 414 aa  55.8  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2864  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  22.94 
 
 		 422 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.998701  normal  0.300269 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1870  protein of unknown function DUF214  25.77 
 
 		 398 aa  55.8  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0700  lipoprotein releasing system, transmembrane protein, LolC/E family  24.14 
 
 		 423 aa  55.1  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1796  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.48 
 
 		 439 aa  55.1  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.401704  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1864  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.81 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.172929  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0697  protein of unknown function DUF214  31.58 
 
 		 401 aa  55.5  0.000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0918  hypothetical protein  22.17 
 
 		 389 aa  55.5  0.000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3015  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  21.37 
 
 		 420 aa  55.8  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0708  hypothetical protein  25.11 
 
 		 383 aa  55.5  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0795  ABC transporter, permease protein  23.61 
 
 		 422 aa  55.1  0.000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.372785  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0636  ABC transporter related  33.33 
 
 		 648 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2395  hypothetical protein  29.92 
 
 		 404 aa  55.1  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.111806  normal  0.574816 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2993  protein of unknown function DUF214  24.41 
 
 		 375 aa  54.7  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0059  hypothetical protein  22.76 
 
 		 397 aa  55.1  0.000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0109  protein of unknown function DUF214  22.92 
 
 		 419 aa  55.1  0.000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2063  protein of unknown function DUF214  20.79 
 
 		 397 aa  55.1  0.000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4376  ABC efflux pump, inner membrane subunit  29.37 
 
 		 437 aa  55.1  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1041  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.9 
 
 		 427 aa  55.1  0.000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0901467  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1206  peptide ABC transporter permease  33.71 
 
 		 868 aa  54.7  0.000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0608  ABC transporter related  33.33 
 
 		 648 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4530  LolC/E family lipoprotein releasing system, transmembrane protein  23.08 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.947625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4486  putative ABC transporter, permease protein  25.53 
 
 		 391 aa  54.3  0.000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000433037 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>