88 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0153 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0153  thiamine biosynthesis lipoprotein, ApbE family  100 
 
 		 349 aa  722    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.191913 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1526  membrane-associated lipoprotein for thiamine biosynthesis  34.31 
 
 		 348 aa  207  2e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2154  ApbE family lipoprotein  29.08 
 
 		 287 aa  127  3e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.401831  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1291  ApbE family lipoprotein  30.94 
 
 		 285 aa  123  6e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.710022  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2360  ApbE family lipoprotein  29.14 
 
 		 290 aa  112  8.000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000706086 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2627  hypothetical protein  29.71 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.39465  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2128  ApbE family lipoprotein  22.87 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4425  ApbE family lipoprotein  26.34 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.205443  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4057  ApbE family lipoprotein  22.86 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.807087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4169  ApbE family lipoprotein  22.86 
 
 		 346 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2592  ApbE family lipoprotein  23.26 
 
 		 302 aa  60.1  0.00000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2601  ApbE family lipoprotein  30.09 
 
 		 304 aa  59.7  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4919  membrane-associated ApbE-like lipoprotein  23.57 
 
 		 340 aa  59.7  0.00000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0104223 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2491  ApbE family protein  25.27 
 
 		 342 aa  55.8  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5388  ApbE-like lipoprotein  27.24 
 
 		 329 aa  55.5  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1127  ApbE family lipoprotein  29.38 
 
 		 298 aa  55.1  0.000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.390448  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0214  ApbE family protein  25.91 
 
 		 325 aa  54.7  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2333  ApbE family lipoprotein  31.45 
 
 		 319 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00261528  normal  0.177607 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2093  ApbE family lipoprotein  28 
 
 		 333 aa  53.9  0.000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  3.11656e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0234  ApbE family protein  25.91 
 
 		 325 aa  53.5  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0166965  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1366  thiamine biosynthesis APBE transmembrane protein  23.7 
 
 		 340 aa  53.1  0.000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1956  thiamine biosynthesis lipoprotein  22.41 
 
 		 363 aa  52.4  0.00001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1575  ApbE-like lipoprotein  25.73 
 
 		 350 aa  51.6  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.121916  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4966  ApbE family lipoprotein  23.75 
 
 		 335 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.475076  normal  0.736011 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3829  ApbE family lipoprotein  24.55 
 
 		 313 aa  51.6  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2215  ApbE family lipoprotein  26.11 
 
 		 330 aa  51.2  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0332053  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0752  ApbE family lipoprotein  24.05 
 
 		 344 aa  50.8  0.00004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0542  ApbE family lipoprotein  22.98 
 
 		 313 aa  50.1  0.00005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.206913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1803  thiamine biosynthesis lipoprotein  24.09 
 
 		 349 aa  50.1  0.00006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1565  ApbE family lipoprotein  22.12 
 
 		 277 aa  50.1  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1597  ApbE family lipoprotein  23.65 
 
 		 305 aa  49.7  0.00007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.727207 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1073  ApbE family lipoprotein  24.88 
 
 		 331 aa  48.9  0.0001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.651926  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1182  ApbE family lipoprotein  25.9 
 
 		 298 aa  48.9  0.0001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00699622  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0458  ApbE-like lipoprotein  21.95 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0510  ApbE family lipoprotein  21.05 
 
 		 353 aa  48.1  0.0002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00242012  hitchhiker  0.000000000324218 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12123  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE precursor  25.18 
 
 		 334 aa  48.1  0.0002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  decreased coverage  0.000732987  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1063  ApbE family lipoprotein  20.4 
 
 		 362 aa  48.1  0.0002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0237  ApbE family lipoprotein  23.39 
 
 		 335 aa  48.1  0.0002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1569  ApbE family protein  22.39 
 
 		 306 aa  48.5  0.0002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.339212  normal  0.0160978 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1835  ApbE family lipoprotein  22.22 
 
 		 310 aa  48.1  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3437  ApbE family lipoprotein  22.87 
 
 		 327 aa  47.8  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0181711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0976  ApbE family lipoprotein  25.24 
 
 		 346 aa  47.8  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.402435  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1664  ApbE family lipoprotein  21.37 
 
 		 328 aa  47.8  0.0003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.517464 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1611  ApbE family lipoprotein  28.57 
 
 		 331 aa  47.4  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1893  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 301 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000770435  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1919  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 301 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000213083  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1926  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 301 aa  47.4  0.0004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0099815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5054  ApbE family lipoprotein  26.9 
 
 		 362 aa  47.4  0.0004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.288464  normal  0.124828 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2400  ApbE family lipoprotein  33.98 
 
 		 302 aa  47  0.0005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00541927  hitchhiker  0.00229612 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0673  ApbE family lipoprotein  20.8 
 
 		 345 aa  46.6  0.0006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.38992  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2614  ApbE family protein  22.74 
 
 		 371 aa  46.2  0.0008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1461  ApbE family lipoprotein  27.5 
 
 		 345 aa  45.8  0.001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3928  ApbE family lipoprotein  22.26 
 
 		 299 aa  45.4  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3233  ApbE family lipoprotein  22.52 
 
 		 344 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000188784  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1925  ApbE family lipoprotein  23.63 
 
 		 349 aa  45.8  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1142  ApbE family lipoprotein  20.08 
 
 		 362 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0809507  normal  0.548232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3099  ApbE family lipoprotein  23.23 
 
 		 320 aa  45.4  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3497  thiamine biosynthesis lipoprotein ApbE  21.56 
 
 		 349 aa  45.4  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.891995  n/a   
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5381  ApbE family lipoprotein  22.71 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2084  ApbE family lipoprotein  35.87 
 
 		 275 aa  45.1  0.002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.107249  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0693  ApbE family lipoprotein  24.35 
 
 		 379 aa  45.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1846  ApbE family lipoprotein  22.71 
 
 		 282 aa  44.7  0.002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000243371 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2787  apbE family protein  28.67 
 
 		 305 aa  45.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.778889  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2151  ApbE family lipoprotein  33.01 
 
 		 300 aa  44.7  0.003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0607428  normal  0.340699 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1826  ApbE family lipoprotein  33.01 
 
 		 300 aa  44.3  0.003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000850306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25360  putative thiamine biosynthesis lipoprotein  26.38 
 
 		 342 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2624  ApbE family lipoprotein  25.64 
 
 		 323 aa  44.7  0.003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.53738  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1216  ApbE family lipoprotein  23.87 
 
 		 349 aa  44.3  0.003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4089  ApbE family lipoprotein  25.21 
 
 		 327 aa  44.3  0.003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.224372 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1825  ApbE family lipoprotein  23.59 
 
 		 336 aa  43.9  0.004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14650  thiamine biosynthesis lipoprotein  23.05 
 
 		 337 aa  43.9  0.004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2771  ApbE family lipoprotein  21.17 
 
 		 354 aa  43.9  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2150  ApbE family lipoprotein  24.64 
 
 		 332 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  0.0417056 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3425  ApbE family lipoprotein  22.93 
 
 		 338 aa  43.5  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2727  ApbE-like lipoprotein  22.57 
 
 		 355 aa  43.5  0.005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.619342  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2363  putative thiamin biosynthesis lipoprotein ApbE  22.73 
 
 		 343 aa  43.5  0.005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1954  ApbE family lipoprotein  22.86 
 
 		 337 aa  43.5  0.005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.355281  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3592  ApbE family lipoprotein  25.12 
 
 		 332 aa  43.5  0.005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.481358 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1278  ApbE family lipoprotein  26.09 
 
 		 389 aa  43.5  0.006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1826  ApbE-like lipoprotein  27.08 
 
 		 351 aa  43.1  0.006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5164  ApbE-like lipoprotein  26.94 
 
 		 327 aa  43.1  0.006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2110  thiamine biosynthesis lipoprotein  23.38 
 
 		 382 aa  43.5  0.006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1239  ApbE family lipoprotein  23.1 
 
 		 349 aa  43.5  0.006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0226  ApbE family lipoprotein  21.31 
 
 		 305 aa  43.1  0.007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.965789  normal  0.907816 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2103  apbE family protein  34.78 
 
 		 275 aa  43.1  0.007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2606  ApbE family lipoprotein  21.89 
 
 		 323 aa  43.1  0.008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.636226  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1601  ApbE family lipoprotein  22.42 
 
 		 341 aa  43.1  0.008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0279572  normal  0.0160847 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2585  ApbE-like lipoprotein  25.86 
 
 		 350 aa  42.7  0.009  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.501359  normal  0.267301 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>