More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4564 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4564  AMP-dependent synthetase and ligase  100 
 
 
386 aa  721    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.517085  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07270  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  53.93 
 
 
394 aa  268  1e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.617796  normal  0.114189 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1052  AMP-dependent synthetase and ligase  50.6 
 
 
372 aa  259  4e-68  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03040  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  49.05 
 
 
392 aa  258  1e-67  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2405  AMP-dependent synthetase and ligase  47.07 
 
 
382 aa  253  3e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000618801  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2727  AMP-dependent synthetase and ligase  50.77 
 
 
383 aa  252  6e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.796759  normal  0.107189 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0508  AMP-dependent synthetase and ligase  50.76 
 
 
333 aa  247  2e-64  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  decreased coverage  0.000453063  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0937  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  49.28 
 
 
345 aa  246  6.999999999999999e-64  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.24401  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0726  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  52.94 
 
 
354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.141439  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0740  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  52.94 
 
 
354 aa  243  3.9999999999999997e-63  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.104942 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6700  AMP-dependent synthetase and ligase  50.86 
 
 
353 aa  240  4e-62  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0720  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  53.13 
 
 
354 aa  239  5e-62  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.324133  normal  0.368954 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0033  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  48.88 
 
 
361 aa  237  3e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.648797  normal  0.336703 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0704  AMP-dependent synthetase and ligase  48.11 
 
 
381 aa  234  2.0000000000000002e-60  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1408  putative ortho-succinylbenzoate-CoA synthetase  51.86 
 
 
391 aa  230  3e-59  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2568  AMP-dependent synthetase and ligase  48.68 
 
 
444 aa  227  3e-58  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.087074 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3078  AMP-dependent synthetase and ligase  43.96 
 
 
396 aa  225  9e-58  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10553  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  47.4 
 
 
362 aa  224  2e-57  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.288871  normal  0.216027 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1706  AMP-dependent synthetase and ligase  48.11 
 
 
381 aa  219  7e-56  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3284  AMP-dependent synthetase and ligase  43.57 
 
 
385 aa  212  7e-54  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0940  AMP-dependent synthetase and ligase  46.28 
 
 
434 aa  210  3e-53  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.673976  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0451  AMP-dependent synthetase and ligase  43.12 
 
 
428 aa  202  6e-51  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.543908  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17900  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  51.31 
 
 
393 aa  197  3e-49  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0637  AMP-dependent synthetase and ligase  48.41 
 
 
394 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.170359  hitchhiker  0.000367137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4018  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II-like protein  48.05 
 
 
391 aa  194  3e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.443755  normal  0.0433462 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0528  AMP-dependent synthetase and ligase  39 
 
 
366 aa  182  9.000000000000001e-45  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.0161843 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24190  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  42.51 
 
 
435 aa  169  7e-41  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2248  O-succinylbenzoate-CoA ligase  40.54 
 
 
513 aa  167  2.9999999999999998e-40  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.2585 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3247  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  51.19 
 
 
392 aa  163  6e-39  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.757671  normal  0.304338 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0392  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.58 
 
 
498 aa  159  8e-38  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.172525  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24160  acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  39.01 
 
 
384 aa  157  4e-37  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.907665  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0571  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  34.08 
 
 
490 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1774  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.24 
 
 
528 aa  139  8.999999999999999e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1211  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.33 
 
 
527 aa  139  1e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2796  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30.26 
 
 
492 aa  138  2e-31  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00173359  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5720  AMP-dependent synthetase and ligase  36.8 
 
 
490 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.788062  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0280  Acyl-CoA synthetase (AMP-forming)/AMP-acid ligase II  27.91 
 
 
484 aa  137  3.0000000000000003e-31  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2822  AMP-dependent synthetase and ligase  36.87 
 
 
430 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1628  AMP-dependent synthetase and ligase  38.18 
 
 
395 aa  134  3e-30  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_2021  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  30 
 
 
479 aa  134  3e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3555  AMP-dependent synthetase and ligase  35.69 
 
 
561 aa  134  3e-30  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.779432  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1864  AMP-dependent synthetase and ligase  33.72 
 
 
506 aa  132  1.0000000000000001e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1920  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.21 
 
 
510 aa  132  1.0000000000000001e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0473  O-succinylbenzoate-CoA ligase  29.43 
 
 
453 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0829722  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2447  AMP-dependent synthetase and ligase  32.38 
 
 
505 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1229  O-succinylbenzoate-CoA ligase  30.18 
 
 
500 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3463  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  31.85 
 
 
477 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3788  acyl-CoA synthetase  31.62 
 
 
523 aa  130  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0176  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.34 
 
 
478 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0279  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.73 
 
 
515 aa  129  6e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.384875  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3968  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.78 
 
 
487 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.117282  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1883  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.64 
 
 
492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6815  AMP-dependent synthetase and ligase  33.43 
 
 
526 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1847  O-succinylbenzoate-CoA ligase  27.64 
 
 
492 aa  129  1.0000000000000001e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4178  acyl-CoA synthetase  30.7 
 
 
520 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3565  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  33.24 
 
 
526 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.011282  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  34.1 
 
 
512 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0739056  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0023  O-succinylbenzoate-CoA ligase  37.17 
 
 
494 aa  128  2.0000000000000002e-28  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.692894  normal  0.83419 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0175  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.46 
 
 
470 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00288334  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4160  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.71 
 
 
475 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0896552  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1358  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  26.47 
 
 
474 aa  127  4.0000000000000003e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0273591  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4291  O-succinylbenzoate-CoA ligase  33.83 
 
 
475 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0973895  normal  0.0104756 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2810  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  32.49 
 
 
453 aa  127  4.0000000000000003e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4129  AMP-dependent synthetase and ligase  31.55 
 
 
497 aa  126  5e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.706043 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1867  AMP-dependent synthetase and ligase  34.78 
 
 
507 aa  126  5e-28  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0910  AMP-dependent synthetase and ligase  29.9 
 
 
501 aa  125  9e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.860065 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3843  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.57 
 
 
491 aa  125  1e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.364848  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0255  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.71 
 
 
482 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000679638  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3514  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  34.38 
 
 
525 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.270509  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0206  O-succinylbenzoate-CoA ligase  31.46 
 
 
504 aa  125  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00226035  decreased coverage  0.00000242009 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3770  O-succinylbenzoate-CoA ligase  34.42 
 
 
491 aa  125  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.128502  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4694  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.56 
 
 
481 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0888  O-succinylbenzoate-CoA ligase  28.83 
 
 
473 aa  124  2e-27  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4219  O-succinylbenzoate-CoA ligase  36.98 
 
 
491 aa  124  3e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.121755 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1660  AMP-dependent synthetase and ligase  30.62 
 
 
523 aa  124  3e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.104845  normal  0.559317 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3566  AMP-dependent synthetase and ligase  40.89 
 
 
489 aa  123  4e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.281044  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4982  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.72 
 
 
482 aa  124  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5012  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.17 
 
 
481 aa  123  5e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4965  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.44 
 
 
482 aa  123  5e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4585  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.44 
 
 
482 aa  123  5e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1869  acyl-CoA synthetase  31.32 
 
 
520 aa  123  5e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.895381  normal  0.153581 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4616  AMP-dependent synthetase and ligase  33.52 
 
 
518 aa  123  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.892742  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5763  AMP-dependent synthetase and ligase  31.75 
 
 
500 aa  123  5e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0959  AMP-dependent synthetase and ligase  27.58 
 
 
530 aa  123  5e-27  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.866447  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3828  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 
504 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1159  O-succinylbenzoate-CoA ligase  35.19 
 
 
486 aa  123  6e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.498459  hitchhiker  0.000208098 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3902  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 
504 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3814  AMP-dependent synthetase and ligase  31.56 
 
 
504 aa  123  6e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.143375 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4747  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.41 
 
 
482 aa  122  7e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5108  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  29.41 
 
 
481 aa  122  8e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003081  long-chain-fatty-acid--CoA ligase  28.12 
 
 
513 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000326821  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3490  O-succinylbenzoic acid--CoA ligase  28.9 
 
 
481 aa  122  8e-27  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3550  AMP-dependent synthetase and ligase  31.86 
 
 
520 aa  122  8e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2625  acyl-CoA synthetase  31.59 
 
 
521 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.425719  normal  0.937702 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1330  AMP-dependent synthetase and ligase  30.48 
 
 
502 aa  122  9.999999999999999e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.982491 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6217  AMP-dependent synthetase and ligase  31.61 
 
 
546 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.158197  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2709  AMP-dependent synthetase and ligase  32.42 
 
 
531 aa  121  1.9999999999999998e-26  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0786644  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5438  AMP-dependent synthetase and ligase  31.65 
 
 
515 aa  121  1.9999999999999998e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.427259  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2079  O-succinylbenzoate-CoA ligase  32.48 
 
 
482 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.359284 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1101  malonyl-CoA synthase  33.14 
 
 
530 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>