243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_4080 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_4080  putative oxidoreductase  100 
 
 
387 aa  743    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.161097  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0624  putative oxidoreductase  45.11 
 
 
369 aa  248  2e-64  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.86627  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1116  hypothetical protein  38.22 
 
 
369 aa  231  1e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0131047 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4365  glucose sorbosone dehydrogenase  34.69 
 
 
381 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.34785  normal  0.0470149 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1463  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  46.3 
 
 
407 aa  215  9.999999999999999e-55  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.843339  normal  0.476592 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1224  hypothetical protein  38.96 
 
 
398 aa  213  2.9999999999999995e-54  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.303019  normal  0.552765 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2824  glucose sorbosone dehydrogenase  38.98 
 
 
406 aa  202  6e-51  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8062  Quinoprotein glucose dehydrogenase  40.95 
 
 
360 aa  200  3e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3428  glucose sorbosone dehydrogenase  37.92 
 
 
389 aa  197  3e-49  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.143685  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4560  glucose sorbosone dehydrogenase  41.49 
 
 
381 aa  197  3e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.321101  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3557  glucose sorbosone dehydrogenase  39.18 
 
 
374 aa  195  1e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0194162  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3697  glucose sorbosone dehydrogenase  37.37 
 
 
335 aa  192  6e-48  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0686118  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5794  glucose sorbosone dehydrogenase  38.32 
 
 
388 aa  192  6e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.937217 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4646  glucose sorbosone dehydrogenase  37.5 
 
 
405 aa  182  9.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1240  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  35.04 
 
 
809 aa  179  1e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00167459 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2231  putative oxidoreductase  37.03 
 
 
388 aa  176  7e-43  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.13844  hitchhiker  0.00253224 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_30370  glucose/sorbosone dehydrogenase  37.2 
 
 
407 aa  173  3.9999999999999995e-42  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.218061 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4374  glucose sorbosone dehydrogenase  35.95 
 
 
343 aa  172  1e-41  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.169886  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08770  hypothetical protein  36.15 
 
 
385 aa  168  1e-40  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1322  glucose sorbosone dehydrogenase  39.21 
 
 
399 aa  169  1e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0828348  normal  0.2304 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6029  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  37.53 
 
 
385 aa  167  2e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0845  glucose sorbosone dehydrogenase  39.82 
 
 
401 aa  166  6.9999999999999995e-40  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3278  glucose sorbosone dehydrogenase  35.47 
 
 
394 aa  162  8.000000000000001e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2543  glucose sorbosone dehydrogenase  36.16 
 
 
377 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0277395  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2766  glucose sorbosone dehydrogenase  34.04 
 
 
357 aa  161  2e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4242  LppZ  35.8 
 
 
362 aa  159  6e-38  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.508363 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1903  LppZ  37.14 
 
 
391 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.261148  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1949  LppZ  37.14 
 
 
391 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1883  LppZ  37.14 
 
 
391 aa  158  2e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.24433  normal  0.198327 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3368  glucose sorbosone dehydrogenase  36.53 
 
 
353 aa  157  3e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2119  LppZ  35.8 
 
 
363 aa  156  5.0000000000000005e-37  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2732  glucose sorbosone dehydrogenase  34.41 
 
 
442 aa  150  2e-35  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0504  glucose sorbosone dehydrogenase  35.95 
 
 
367 aa  150  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0965  glucose sorbosone dehydrogenase  34.2 
 
 
404 aa  146  7.0000000000000006e-34  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.654597  normal  0.211646 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3465  coagulation factor 5/8 type domain protein  33.33 
 
 
729 aa  144  2e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.552807  hitchhiker  0.00639075 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13021  lipoprotein lppZ  34.48 
 
 
394 aa  144  3e-33  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.172036 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1715  hypothetical protein  27.49 
 
 
394 aa  142  9.999999999999999e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.296099  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2870  hypothetical protein  32.93 
 
 
408 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0474  glucose/sorbosone dehydrogenase  27.23 
 
 
369 aa  140  3e-32  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0509  glucose sorbosone dehydrogenase  35.61 
 
 
385 aa  140  3.9999999999999997e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.760601  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0538  glucose sorbosone dehydrogenase  36.01 
 
 
385 aa  140  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0542  glucose sorbosone dehydrogenase  36.01 
 
 
385 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2868  hypothetical protein  38.32 
 
 
372 aa  134  3e-30  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3234  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  32.22 
 
 
365 aa  132  1.0000000000000001e-29  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0552  glucose sorbosone dehydrogenase  31.04 
 
 
360 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  hitchhiker  0.0000617979  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2919  Quinoprotein glucose dehydrogenase  29.02 
 
 
365 aa  119  7e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000852444 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1561  glucose sorbosone dehydrogenase  28.03 
 
 
363 aa  115  8.999999999999998e-25  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32310  glucose/sorbosone dehydrogenase  32.24 
 
 
400 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.196723 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2369  hypothetical protein  31.72 
 
 
384 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.265208  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0371  glucose sorbosone dehydrogenase  27.87 
 
 
410 aa  103  5e-21  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4543  glucose sorbosone dehydrogenase  32.68 
 
 
412 aa  102  1e-20  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1030  glucose sorbosone dehydrogenase  28.17 
 
 
410 aa  101  2e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.881804  normal  0.777838 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0139  hypothetical protein  28.33 
 
 
382 aa  99.4  1e-19  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0846  glucose sorbosone dehydrogenase  30.28 
 
 
366 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0395822 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2982  hypothetical protein  29.94 
 
 
382 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.548293  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0825  glucose sorbosone dehydrogenase  29.11 
 
 
405 aa  94.4  3e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4905  glucose sorbosone dehydrogenase  28.21 
 
 
428 aa  93.2  6e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.562045  normal  0.994161 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4441  glucose sorbosone dehydrogenase  27.93 
 
 
428 aa  92  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16890  hypothetical protein  30.29 
 
 
378 aa  90.9  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2193  glucose sorbosone dehydrogenase  26.06 
 
 
375 aa  90.1  5e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.104643  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3844  glucose sorbosone dehydrogenase  26.92 
 
 
407 aa  89.7  8e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0663  glucose sorbosone dehydrogenase  31.35 
 
 
367 aa  89  1e-16  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2329  glucose sorbosone dehydrogenase  27.62 
 
 
469 aa  88.2  2e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.485013 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4955  glucose sorbosone dehydrogenase  28.25 
 
 
432 aa  87  5e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.166983 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0465  glucose sorbosone dehydrogenase  28.25 
 
 
366 aa  86.7  7e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0760  glucose sorbosone dehydrogenase  28.95 
 
 
387 aa  86.3  9e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0733756  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2315  glucose/sorbosone dehydrogenase  26.36 
 
 
412 aa  86.3  0.000000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.702038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1774  putative glucose dehydrogenase B  28.89 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.212256  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0421  glucose sorbosone dehydrogenase  28.89 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.464809  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1774  glucose sorbosone dehydrogenase  29.82 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.490744  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2304  glucose sorbosone dehydrogenase  28.97 
 
 
443 aa  84.3  0.000000000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50010  putative dehydrogenase  26.19 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0339518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3307  glucose sorbosone dehydrogenase  26.13 
 
 
408 aa  83.2  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3189  glucose sorbosone dehydrogenase  26.27 
 
 
381 aa  83.2  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0411882 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2041  glucose sorbosone dehydrogenase  26.54 
 
 
387 aa  82.4  0.00000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4807  glucose sorbosone dehydrogenase  24.4 
 
 
392 aa  82.4  0.00000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.916412  normal  0.104055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2740  glucose sorbosone dehydrogenase  26.27 
 
 
379 aa  81.3  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3426  glucose sorbosone dehydrogenase  25.29 
 
 
382 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1224  glucose sorbosone dehydrogenase  28.57 
 
 
465 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.414589 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3000  glucose sorbosone dehydrogenase  26.87 
 
 
380 aa  82  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0518762  normal  0.592053 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4259  soluble aldose sugar dehydrogenase YliI (Asd)  26.61 
 
 
383 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2198  glucose sorbosone dehydrogenase  25.81 
 
 
381 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1678  glucose sorbosone dehydrogenase  24.71 
 
 
388 aa  80.1  0.00000000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0214207  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1796  glucose sorbosone dehydrogenase  29.43 
 
 
392 aa  80.1  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.10437  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0897  soluble aldose sugar dehydrogenase yliI  25.37 
 
 
373 aa  80.1  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5245  glucose/sorbosone dehydrogenases-like protein  29.06 
 
 
585 aa  79  0.0000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3771  hypothetical protein  26.18 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.185303 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1010  PKD domain-containing protein  28.68 
 
 
342 aa  78.6  0.0000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.740866  normal  0.234047 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3539  glucose sorbosone dehydrogenase  25.51 
 
 
381 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1608  hypothetical protein  25.29 
 
 
387 aa  78.2  0.0000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.931098  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2602  glucose sorbosone dehydrogenase  27.46 
 
 
418 aa  77.8  0.0000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.436161  normal  0.21704 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2236  glucose sorbosone dehydrogenase  26.95 
 
 
396 aa  77.8  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.060795  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1822  glucose sorbosone dehydrogenase  24.93 
 
 
383 aa  77  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.221224  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1142  glucose sorbosone dehydrogenase  27.84 
 
 
382 aa  76.6  0.0000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.320436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2262  glucose dehydrogenase  25.66 
 
 
384 aa  76.6  0.0000000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00578  Glucose dehydrogenase, putative  26.8 
 
 
389 aa  76.3  0.0000000000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3593  glucose sorbosone dehydrogenase  24.44 
 
 
395 aa  75.9  0.000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1315  glucose sorbosone dehydrogenase  28.77 
 
 
374 aa  75.1  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.986351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5339  glucose sorbosone dehydrogenase  26.92 
 
 
413 aa  75.5  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.384177  normal  0.194322 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4125  glucose sorbosone dehydrogenase  27.12 
 
 
388 aa  74.7  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.285901  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>