More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3954 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010816  BLD_1664  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  64.27 
 
 
913 aa  924    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.123997  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2132  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.5 
 
 
773 aa  1100    Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2221  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.61 
 
 
750 aa  1120    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000781302  normal  0.116464 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2083  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.59 
 
 
759 aa  1113    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.408201  normal  0.158604 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3583  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.65 
 
 
770 aa  1082    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_07100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.33 
 
 
753 aa  1060    Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0664507  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_09250  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.13 
 
 
842 aa  1123    Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4023  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.44 
 
 
756 aa  1106    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.688268  normal  0.0248792 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0784  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  72.94 
 
 
767 aa  1090    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  57.98 
 
 
792 aa  759    Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0213  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  65.37 
 
 
926 aa  941    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1381  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.68 
 
 
785 aa  1136    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.491374  normal  0.832187 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7876  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  78.09 
 
 
737 aa  1147    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.017282 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2164  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  76.33 
 
 
759 aa  1122    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  decreased coverage  0.00328934  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1439  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.24 
 
 
752 aa  1079    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000130923 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3324  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  73.58 
 
 
775 aa  1076    Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.109983  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3954  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  100 
 
 
762 aa  1526    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0796905  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1518  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.55 
 
 
744 aa  1060    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.734214  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1466  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.8 
 
 
746 aa  1072    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.859477  normal  0.095353 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3555  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.06 
 
 
729 aa  1065    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.50127 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5112  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.72 
 
 
825 aa  1092    Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.191033  normal  0.121153 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1738  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  77.58 
 
 
750 aa  1134    Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5823  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  79.42 
 
 
747 aa  1143    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.410349  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12796  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.49 
 
 
752 aa  1114    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2100  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.59 
 
 
759 aa  1113    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0644051  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1189  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  73.93 
 
 
729 aa  1062    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.266903 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14690  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.48 
 
 
823 aa  1119    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.423913  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10380  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  71.31 
 
 
753 aa  1026    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0265534  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  79.1 
 
 
786 aa  1141    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.133995  hitchhiker  0.000450974 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1025  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.01 
 
 
735 aa  1078    Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1217  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.97 
 
 
744 aa  1029    Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.118879  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1068  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  72.54 
 
 
773 aa  1061    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.63376  normal  0.0171355 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1434  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.55 
 
 
746 aa  1084    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.153931  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0035  guanosine pentaphosphate synthetase I/polyribonucleotide nucleotidyltransferase  74.46 
 
 
791 aa  1054    Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1508  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  75.44 
 
 
782 aa  1091    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.604737  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_23380  guanosine pentaphosphate synthetase I/polynucleotide phosphorylase  74.76 
 
 
735 aa  1042    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.0262857 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3177  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  76.32 
 
 
742 aa  1126    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2478  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  74.93 
 
 
744 aa  1081    Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0963383  normal  0.320365 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2146  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.59 
 
 
759 aa  1113    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.0744177 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2350  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  77.26 
 
 
754 aa  1101    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.78802  decreased coverage  0.00350864 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.65 
 
 
686 aa  628  1e-178  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50 
 
 
714 aa  616  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.67 
 
 
718 aa  612  9.999999999999999e-175  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.17 
 
 
746 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.18 
 
 
755 aa  609  1e-173  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.64 
 
 
722 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.92 
 
 
703 aa  603  1.0000000000000001e-171  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.26 
 
 
705 aa  602  1.0000000000000001e-171  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.07 
 
 
700 aa  604  1.0000000000000001e-171  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.7 
 
 
748 aa  598  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.09 
 
 
761 aa  600  1e-170  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.75 
 
 
777 aa  598  1e-169  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.38 
 
 
718 aa  595  1e-169  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.3 
 
 
700 aa  596  1e-169  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.15 
 
 
715 aa  598  1e-169  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.03 
 
 
718 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.96 
 
 
722 aa  598  1e-169  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.71 
 
 
734 aa  594  1e-168  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0541  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.97 
 
 
711 aa  593  1e-168  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0534  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  592  1e-168  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000544711 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4483  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  593  1e-168  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4396  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.37 
 
 
745 aa  593  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.735081 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
747 aa  592  1e-168  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.19 
 
 
741 aa  594  1e-168  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3460  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  592  1e-168  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.234004 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3356  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  593  1e-168  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.98 
 
 
714 aa  595  1e-168  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.83 
 
 
733 aa  592  1e-168  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02982  hypothetical protein  46.71 
 
 
734 aa  594  1e-168  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3647  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  593  1e-168  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.75 
 
 
720 aa  592  1e-168  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4027  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.37 
 
 
752 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.749576  normal  0.189287 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
693 aa  592  1e-168  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3607  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.97 
 
 
711 aa  593  1e-168  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.8 
 
 
695 aa  590  1e-167  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4507  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.81 
 
 
745 aa  589  1e-167  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.398327 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4916  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.23 
 
 
725 aa  589  1e-167  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.937332 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.04 
 
 
716 aa  590  1e-167  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.35 
 
 
712 aa  588  1e-167  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.28 
 
 
735 aa  590  1e-167  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3722  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
701 aa  590  1e-167  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.66 
 
 
692 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2448  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.4 
 
 
715 aa  588  1e-166  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.257146  normal  0.977179 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0939  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.16 
 
 
739 aa  587  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.57478  normal  0.652932 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.66 
 
 
690 aa  588  1e-166  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.2 
 
 
723 aa  587  1e-166  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_843  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  45.58 
 
 
720 aa  586  1e-166  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.946894  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.19 
 
 
712 aa  584  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.73 
 
 
746 aa  583  1.0000000000000001e-165  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  44.58 
 
 
732 aa  582  1.0000000000000001e-165  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.65 
 
 
747 aa  583  1.0000000000000001e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0178  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.47 
 
 
712 aa  583  1.0000000000000001e-165  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.94 
 
 
704 aa  582  1.0000000000000001e-165  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.84 
 
 
722 aa  582  1.0000000000000001e-165  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.81 
 
 
707 aa  585  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.09 
 
 
725 aa  583  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.53 
 
 
700 aa  585  1.0000000000000001e-165  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  45.98 
 
 
700 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.73 
 
 
723 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.6 
 
 
730 aa  580  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>