84 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_3618 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013757  Gobs_3618  Cupin 2 conserved barrel domain protein  100 
 
 		 153 aa  310  4.999999999999999e-84  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.471134  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0825  cupin 2 domain-containing protein  37.61 
 
 		 136 aa  70.1  0.00000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6135  hypothetical protein  41.89 
 
 		 155 aa  58.9  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.715074  normal  0.381762 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2044  hypothetical protein  36.26 
 
 		 128 aa  55.5  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1915  cupin 2 domain-containing protein  35 
 
 		 129 aa  52  0.000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0737  cupin 2 domain-containing protein  31.53 
 
 		 207 aa  50.1  0.00001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3908  Cupin 2 conserved barrel domain protein  38.71 
 
 		 186 aa  49.7  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.399642  normal  0.0760956 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0303  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.93 
 
 		 121 aa  49.3  0.00002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1041  cupin 2 domain-containing protein  38.1 
 
 		 311 aa  47.4  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.421449  normal  0.0580221 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1603  cupin 2 domain-containing protein  28.89 
 
 		 123 aa  47.4  0.00008  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.58 
 
 		 128 aa  47.4  0.00008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.492542  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1623  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.92 
 
 		 112 aa  45.4  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3716  cupin 2, barrel  32.56 
 
 		 129 aa  45.8  0.0002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000701811  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2778  Cupin 2 conserved barrel domain protein  32.98 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.936799 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0452  Cupin 2 conserved barrel domain protein  36.23 
 
 		 136 aa  45.4  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0943  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 182 aa  45.4  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1707  Cupin domain protein  29.79 
 
 		 178 aa  45.4  0.0003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2831  cupin 2 domain-containing protein  38.6 
 
 		 117 aa  45.1  0.0004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5320  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.8166  normal  0.310919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5268  Cro/CI family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 182 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5178  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 199 aa  44.7  0.0005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.174471  normal  0.155373 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3195  transcriptional regulator, XRE family  31.82 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.0639399 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1195  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.152731  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1104  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.183758  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1447  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.9 
 
 		 190 aa  44.3  0.0006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.901222  normal  0.428247 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1163  cupin 2 domain-containing protein  31.82 
 
 		 182 aa  44.3  0.0006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.967119  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1265  XRE family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 203 aa  43.9  0.0007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.509144  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3140  conserved hypothetical phosphomannose protein  35.82 
 
 		 137 aa  43.9  0.0008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0202  XRE family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 182 aa  43.9  0.0008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.614203  hitchhiker  0.00167713 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1509  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1535  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2326  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1823  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0706879 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1414  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01287  hypothetical protein  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3363  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.25 
 
 		 181 aa  43.9  0.0008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.331871 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1181  Cupin 2 conserved barrel domain protein  43.64 
 
 		 192 aa  43.9  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.229288 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01276  DNA-binding transcriptional repressor  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2347  transcriptional regulator, XRE family  31.19 
 
 		 185 aa  43.9  0.0008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.204857  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2600  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.09 
 
 		 133 aa  43.9  0.0009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.556264 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1941  DNA-binding transcriptional repressor PuuR  29.63 
 
 		 185 aa  43.9  0.0009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.385308 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2538  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.56 
 
 		 107 aa  43.5  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0103935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0970  XRE family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 182 aa  43.5  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1435  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.75 
 
 		 122 aa  43.1  0.001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.438384  normal  0.13585 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0432  cupin region  32.76 
 
 		 117 aa  43.5  0.001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.583729  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2121  Cupin 2 conserved barrel domain protein  34.48 
 
 		 121 aa  43.1  0.001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.625862  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND04560  expressed protein  26.36 
 
 		 177 aa  43.5  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2654  Cupin 2 conserved barrel domain protein  37.31 
 
 		 128 aa  42.7  0.002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.810725  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1595  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.59 
 
 		 123 aa  42.7  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.040843 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2400  Cupin 2 conserved barrel domain protein  25.58 
 
 		 127 aa  43.1  0.002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2646  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 182 aa  43.1  0.002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1904  cupin region  36.36 
 
 		 120 aa  42.4  0.002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1091  XRE family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 182 aa  42  0.003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.158888  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5523  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 182 aa  42  0.003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.22086 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20530  uncharacterized conserved protein, contains double-stranded beta-helix domain  30.66 
 
 		 134 aa  42.4  0.003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0506039  normal  0.197478 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1491  cupin:protein of unknown function DUF861  37.31 
 
 		 133 aa  42  0.003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1608  Cupin 2 conserved barrel domain protein  28.38 
 
 		 104 aa  42  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00104789  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1893  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 258 aa  41.6  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000476135 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3003  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.252662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2921  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.899455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1054  cupin family protein  34.48 
 
 		 104 aa  41.6  0.004  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0950  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.85 
 
 		 389 aa  41.6  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4108  Cupin 2 conserved barrel domain protein  31.71 
 
 		 165 aa  41.6  0.004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3100  XRE family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 208 aa  41.6  0.004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.510523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2031  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  28.57 
 
 		 478 aa  41.2  0.005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0272076  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00702  mannose-1-phosphate guanylyltransferase  29.63 
 
 		 469 aa  41.2  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0685  mannose-1-phosphate guanylyltransferase  31.11 
 
 		 477 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1211  helix-turn-helix domain-containing protein  32.2 
 
 		 200 aa  41.2  0.005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.924879 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0895  cupin 2 domain-containing protein  30.91 
 
 		 125 aa  41.2  0.005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0304  Cupin 2 conserved barrel domain protein  44.74 
 
 		 156 aa  41.2  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.000378551  normal  0.964061 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0790  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  31.11 
 
 		 477 aa  41.2  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.916465  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1128  XRE family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 182 aa  40.8  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0389  cupin 2 domain-containing protein  26.51 
 
 		 122 aa  40.8  0.006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1662  cupin 2 domain-containing protein  25.68 
 
 		 108 aa  40.8  0.007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000140317  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1538  mannose-1-phosphate guanylyltransferase/mannose-6-phosphate isomerase  33.33 
 
 		 495 aa  40.8  0.007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3988  Cupin 2 conserved barrel domain protein  24.56 
 
 		 146 aa  40.8  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.507618  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2287  Cupin 2 conserved barrel domain protein  29.35 
 
 		 125 aa  40.4  0.008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.709012  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3858  Cupin 2 conserved barrel domain protein  30.77 
 
 		 133 aa  40.8  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1228  Cupin 2 conserved barrel domain protein  39.66 
 
 		 135 aa  40.4  0.008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.066401  normal  0.685252 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0782  Cupin 2 conserved barrel domain protein  26.51 
 
 		 115 aa  40.8  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0960825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1058  XRE family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 184 aa  40.4  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4136  Cupin 2 conserved barrel domain protein  35.94 
 
 		 127 aa  40.4  0.009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0474  XRE family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 192 aa  40.4  0.009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.554508  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2254  XRE family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 185 aa  40.4  0.009  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0575156  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>