138 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gobs_0565 on replicon NC_013757
Organism: Geodermatophilus obscurus DSM 43160



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013757  Gobs_0565  cobalamin biosynthesis protein CbiD  100 
 
 
363 aa  713    Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.381814  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5597  cobalamin biosynthetic protein  78.87 
 
 
357 aa  501  1e-141  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0631925  normal  0.657816 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2423  cobalt-precorrin-6A synthase  70.3 
 
 
421 aa  440  9.999999999999999e-123  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.293078  normal  0.546954 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2627  cobalt-precorrin-6A synthase  59.38 
 
 
353 aa  380  1e-104  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.049841  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1887  cobalt-precorrin-6A synthase  59.26 
 
 
368 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2158  cobalt-precorrin-6A synthase  62.04 
 
 
364 aa  372  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0842718  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2454  cobalt-precorrin-6A synthase  62.04 
 
 
364 aa  370  1e-101  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.802766  normal  0.0612278 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3153  cobalt-precorrin-6A synthase  58.56 
 
 
376 aa  363  2e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.769986  normal  0.320332 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1929  cobalt-precorrin-6A synthase  55.59 
 
 
373 aa  361  1e-98  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0311511  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2996  cobalt-precorrin-6A synthase  59.18 
 
 
357 aa  360  2e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3517  cobalamin biosynthesis protein CbiD  58.01 
 
 
367 aa  360  2e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.190876 
 
 
-
 
NC_004310  BR1298  cobalt-precorrin-6A synthase  59.26 
 
 
368 aa  355  5e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2396  cobalt-precorrin-6A synthase  57.06 
 
 
363 aa  355  5e-97  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2115  cobalt-precorrin-6A synthase  55.49 
 
 
363 aa  354  1e-96  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.69193  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1261  cobalt-precorrin-6A synthase  58.97 
 
 
368 aa  354  1e-96  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1953  cobalt-precorrin-6A synthase  55.49 
 
 
364 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0143798  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1970  cobalt-precorrin-6A synthase  55.49 
 
 
364 aa  353  2e-96  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.348164  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1159  cobalt-precorrin-6A synthase  55.52 
 
 
363 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.372959  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1600  cobalt-precorrin-6A synthase  55.52 
 
 
364 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00632738  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3277  cobalt-precorrin-6A synthase  56.25 
 
 
376 aa  352  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1566  cobalt-precorrin-6A synthase  55.11 
 
 
362 aa  345  1e-93  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.169694  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1594  cobalt-precorrin-6A synthase  53.72 
 
 
362 aa  342  4e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.246342 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26470  cobalt-precorrin-6A synthase  53.97 
 
 
366 aa  340  2e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000249363  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1691  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  61.36 
 
 
349 aa  340  2e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0471998  normal  0.0290062 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1576  cobalt-precorrin-6A synthase  55.68 
 
 
363 aa  338  7e-92  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0770059  n/a   
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5729  cobalamin biosynthesis protein CbiD  57.83 
 
 
361 aa  338  8e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3141  cobalt-precorrin-6A synthase  53.37 
 
 
366 aa  335  5.999999999999999e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.303875  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4879  cobalamin biosynthesis protein CbiD  51.64 
 
 
370 aa  334  2e-90  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1196  cobalt-precorrin-6A synthase  52.89 
 
 
362 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530086  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1676  cobalt-precorrin-6A synthase  52.89 
 
 
362 aa  331  1e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00978786  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2246  cobalt-precorrin-6A synthase  52.89 
 
 
366 aa  330  2e-89  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.282523  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0602  cobalt-precorrin-6A synthase  51.24 
 
 
365 aa  330  3e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.533643  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4419  cobalt-precorrin-6A synthase  51.37 
 
 
370 aa  329  5.0000000000000004e-89  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0560665 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1649  cobalt-precorrin-6A synthase  52.62 
 
 
362 aa  329  5.0000000000000004e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.358617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4827  cobalt-precorrin-6A synthase  52.34 
 
 
362 aa  328  6e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0976791 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4887  cobalt-precorrin-6A synthase  52.34 
 
 
364 aa  323  4e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.151074  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1247  cobalt-precorrin-6A synthase  49.73 
 
 
372 aa  322  6e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0894006  normal  0.951356 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0261  cobalt-precorrin-6A synthase  57.1 
 
 
319 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.153251  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4831  cobalt-precorrin-6A synthase  52.62 
 
 
364 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0378133  normal  0.576508 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4709  cobalt-precorrin-6A synthase  52.34 
 
 
364 aa  319  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.783318 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5367  cobalt-precorrin-6A synthase  51.49 
 
 
365 aa  319  3.9999999999999996e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.868467 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4621  cobalt-precorrin-6A synthase  51.79 
 
 
364 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.199142 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0798  cobalamin biosynthesis protein CbiD  47.38 
 
 
369 aa  261  1e-68  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.154877  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3378  cobalt-precorrin-6A synthase  42.86 
 
 
384 aa  253  5.000000000000001e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.159325 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2612  cobalt-precorrin-6A synthase  48.26 
 
 
372 aa  226  3e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  44.38 
 
 
388 aa  218  1e-55  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0538699  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0568  cobalt-precorrin-6A synthase  40.82 
 
 
413 aa  212  9e-54  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0641  cobalt-precorrin-6A synthase  40.27 
 
 
413 aa  210  4e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0083  cobalamin biosynthesis protein CbiD  35.59 
 
 
361 aa  207  2e-52  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.25516 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3544  cobalamin biosynthesis protein CbiD  43.32 
 
 
356 aa  202  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.762429  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1554  cobalt-precorrin-6A synthase  45.11 
 
 
365 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.998598  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1315  cobalamin biosynthesis protein CbiD  45.15 
 
 
403 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0676629  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3133  cobalt-precorrin-6A synthase  41.42 
 
 
381 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1021  cobalt-precorrin-6A synthase  42.22 
 
 
365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.180704  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4479  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.53 
 
 
360 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.065352  normal  0.214546 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3610  cobalamin biosynthesis protein CbiD  42.67 
 
 
356 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2704  cobalt-precorrin-6A synthase  46.67 
 
 
380 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.197164  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2997  cobalamin biosynthesis protein CbiD  43.19 
 
 
362 aa  196  6e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1690  cobalt-precorrin-6A synthase  40.73 
 
 
393 aa  196  6e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.189304 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1286  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  43.54 
 
 
369 aa  196  6e-49  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0622  cobalamin biosynthesis D transmembrane protein  41.43 
 
 
383 aa  196  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.158551  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2160  cobalt-precorrin-6A synthase  41.25 
 
 
365 aa  195  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1268  cobalt-precorrin-6A synthase  39.06 
 
 
411 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2297  cobalt-precorrin-6A synthase  40.8 
 
 
381 aa  193  5e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.327427  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0034  cobalamin biosynthesis protein CbiD  42.19 
 
 
369 aa  190  4e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3740  cobalt-precorrin-6A synthase  42.14 
 
 
388 aa  188  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.72099  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2776  cobalt-precorrin-6A synthase  39.51 
 
 
373 aa  186  4e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0736251 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1088  cobalt-precorrin-6A synthase  41.37 
 
 
365 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.042526  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0071  cobalt-precorrin-6A synthase  41.64 
 
 
375 aa  182  9.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.328807  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1297  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  38.46 
 
 
392 aa  181  2e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000854469  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0478  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  40.06 
 
 
369 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0309  cobalt-precorrin-6A synthase  36.72 
 
 
366 aa  179  9e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0441  cobalt-precorrin-6A synthase  41.7 
 
 
367 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.246554  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0476  cobalt-precorrin-6A synthase  41.7 
 
 
367 aa  178  1e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0804  cobalamin biosynthesis protein CbiD  38.57 
 
 
410 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2359  cobalamin biosynthesis protein CbiD  43.73 
 
 
371 aa  176  7e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0931  cobalamin biosynthesis protein CbiD  43.61 
 
 
576 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.738737  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1716  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.72 
 
 
362 aa  171  1e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.3857  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2080  cobalamin biosynthesis protein  41.11 
 
 
371 aa  172  1e-41  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1856  cobalamin biosynthesis protein CbiD  38.16 
 
 
369 aa  172  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1270  cobalamin biosynthesis protein CbiD  34.45 
 
 
384 aa  169  5e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1009  cobalamin biosynthesis protein CbiD  33.8 
 
 
365 aa  168  2e-40  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2522  cobalt-precorrin-6A synthase  48.43 
 
 
380 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0994742  normal 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0807  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.17 
 
 
353 aa  167  4e-40  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1434  cobalt-precorrin-6A synthase  35.53 
 
 
365 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.620217  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1240  cobalt-precorrin-6A synthase  35.2 
 
 
365 aa  166  5e-40  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.178409  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0475  cobalamin biosynthesis protein CbiD  40.62 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0210  precorrin-6x reductase/cobalamin biosynthetic protein CbiD  39.63 
 
 
602 aa  166  6.9999999999999995e-40  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0698  cobalt-precorrin-6A synthase  33.66 
 
 
352 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3651  cobalamin biosynthesis protein CbiD  41.3 
 
 
358 aa  163  3e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  normal  0.880674 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1374  cobalamin biosynthesis protein CbiD  34.62 
 
 
385 aa  163  5.0000000000000005e-39  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1295  cobalt-precorrin-6A synthase  34.68 
 
 
381 aa  159  7e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1719  cobalt-precorrin-6A synthase  33.91 
 
 
383 aa  157  3e-37  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1290  cobalt-precorrin-6A synthase  40.3 
 
 
373 aa  157  4e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.191656 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2131  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  33.51 
 
 
437 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00390804 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21220  cobalamin biosynthesis protein CbiD  38.66 
 
 
481 aa  154  2.9999999999999998e-36  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.982335  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2714  cobalt-precorrin-6A synthase  38.1 
 
 
370 aa  153  4e-36  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0358853  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0557  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  42.35 
 
 
351 aa  150  3e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.382508  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1978  cobalamin (vitamin B12) biosynthesis CbiD protein  34.68 
 
 
489 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0930  cobalamin biosynthesis protein CbiD  30 
 
 
390 aa  146  5e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000123459 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>