More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1923 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007517  Gmet_1923  cytochrome b/b6-like  100 
 
 
367 aa  738    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.08033  normal  0.565515 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1649  cytochrome b/b6  81.74 
 
 
367 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2380  cytochrome b/b6 domain-containing protein  76.84 
 
 
367 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00314618  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3174  Cytochrome b/b6 domain protein  72.21 
 
 
367 aa  557  1e-158  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1087  cytochrome b/b6 domain protein  72.21 
 
 
367 aa  547  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1454  Cytochrome b/b6 domain protein  42.27 
 
 
394 aa  253  5.000000000000001e-66  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000126052  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1832  cytochrome B subunit of cytochrome bc1  38.15 
 
 
410 aa  252  8.000000000000001e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.255708  normal  0.197515 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1139  Cytochrome b/b6 domain protein  39.35 
 
 
403 aa  251  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.222795  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2210  cytochrome b/b6  39.16 
 
 
413 aa  250  3e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.226305  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2958  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.25 
 
 
424 aa  246  4e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.449932  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2616  cytochrome c1  37.14 
 
 
687 aa  246  6e-64  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.634521  normal  0.325896 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2218  Cytochrome b/b6 domain protein  37.82 
 
 
469 aa  245  6.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.905711  normal  0.211353 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0750  Cytochrome b/b6 domain protein  38.46 
 
 
464 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0241162  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2873  fused ubiquinol-cytochrome c reductase and cytochrome b/b6  37.09 
 
 
426 aa  241  1e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00318002  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3240  cytochrome c1  37.1 
 
 
688 aa  241  2e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0925  cytochrome c1  36.81 
 
 
690 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5002  putative cytochrome b  37.35 
 
 
403 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0257192  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_57560  putative cytochrome b  37.35 
 
 
403 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.1208  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0822  cytochrome b/b6-like  38.03 
 
 
466 aa  238  1e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.887909  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2301  cytochrome b/c1  37.21 
 
 
688 aa  238  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.840642 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0136  Cytochrome b/b6 domain  38.85 
 
 
466 aa  238  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.153935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1385  cytochrome c1  36.81 
 
 
688 aa  237  2e-61  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1961  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  39.01 
 
 
459 aa  237  3e-61  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.302978  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0521  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  39.94 
 
 
408 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.518371  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0702  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.57 
 
 
439 aa  235  8e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0895628  normal  0.934127 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1201  cytochrome c1  35.46 
 
 
689 aa  234  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1303  cytochrome c1  36.36 
 
 
689 aa  235  1.0000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2243  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.25 
 
 
425 aa  235  1.0000000000000001e-60  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0363232  normal  0.819807 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0992  cytochrome b/b6-like  37.79 
 
 
410 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.747252  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0126  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.85 
 
 
466 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.469556  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0511  cytochrome b/b6  39.37 
 
 
408 aa  233  4.0000000000000004e-60  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.000312335  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0737  cytochrome b/b6  36.75 
 
 
428 aa  233  4.0000000000000004e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.113656 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0741  Cytochrome b/b6 domain protein  37.4 
 
 
418 aa  233  5e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1832  Cytochrome b/b6 domain protein  37.4 
 
 
418 aa  233  5e-60  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.485298  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2108  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.98 
 
 
410 aa  232  7.000000000000001e-60  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0919786  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2759  hypothetical protein  38.35 
 
 
404 aa  232  8.000000000000001e-60  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0931  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.46 
 
 
467 aa  232  8.000000000000001e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0298  cytochrome b/b6-like  36.72 
 
 
408 aa  231  1e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.349609  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1540  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.39 
 
 
426 aa  231  1e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.309418  normal  0.652412 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2471  Cytochrome b/b6 domain  35.82 
 
 
430 aa  231  1e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0219916 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0850  cytochrome B  37.99 
 
 
466 aa  231  1e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.833768 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2766  Cytochrome b/b6 domain  36.1 
 
 
430 aa  231  2e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.447139 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2632  hypothetical protein  37.76 
 
 
404 aa  231  2e-59  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2543  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.1 
 
 
430 aa  231  2e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.271762  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3020  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.42 
 
 
404 aa  230  3e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000159127  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0464  cytochrome b/b6 domain-containing protein  35.57 
 
 
428 aa  230  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.524709  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0802  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.18 
 
 
404 aa  229  5e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000623655  hitchhiker  0.00979374 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3535  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.12 
 
 
404 aa  229  5e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000787876  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004508  ubiquinol--cytochrome c reductase cytochrome B subunit  34.84 
 
 
421 aa  229  5e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000136312  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0155  cytochrome b/b6 domain-containing protein  34.78 
 
 
418 aa  229  5e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.252364 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00884  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  34.84 
 
 
421 aa  229  5e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1584  cytochrome b/b6-like  37.8 
 
 
401 aa  229  6e-59  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.385225  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3306  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.12 
 
 
404 aa  229  6e-59  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3800  Cytochrome b/b6 domain protein  36.39 
 
 
417 aa  229  7e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.306373 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4165  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.42 
 
 
404 aa  229  8e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.0000192419  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0571  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.18 
 
 
404 aa  229  8e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000252718  normal  0.241378 
 
 
-
 
NC_002978  WD1071  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  38.62 
 
 
409 aa  228  1e-58  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1421  cytochrome b, b6 subunit  37.5 
 
 
401 aa  228  1e-58  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000133027  normal  0.13569 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3705  Cytochrome b/b6 domain protein  37.54 
 
 
404 aa  227  3e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000382146  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0609  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  37.83 
 
 
404 aa  227  3e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0625  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  35.82 
 
 
410 aa  227  3e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.393492  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3161  glutamyl-tRNA(Gln) amidotransferase A subunit  36.41 
 
 
747 aa  227  3e-58  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.389145  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0603  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.83 
 
 
404 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000103095  normal  0.0561448 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3427  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.83 
 
 
404 aa  227  3e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000389785  normal  0.0470542 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0602  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.83 
 
 
404 aa  227  3e-58  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000576389  hitchhiker  0.00000717465 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0563  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.54 
 
 
404 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000189636  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0106  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome B  36.13 
 
 
421 aa  226  6e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000729315  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0714  cytochrome b/b6 domain-containing protein  39.26 
 
 
469 aa  226  6e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.455479 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3762  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.54 
 
 
404 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000150358  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3888  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.54 
 
 
404 aa  226  7e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144736  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1200  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  35.69 
 
 
416 aa  225  8e-58  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0544  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  35.42 
 
 
416 aa  225  8e-58  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1319  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b subunit  35.69 
 
 
416 aa  225  9e-58  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03380  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome B  36.05 
 
 
421 aa  225  9e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000214101  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0925  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.39 
 
 
404 aa  224  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4691  cytochrome b/b6-like  36.18 
 
 
403 aa  225  1e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.49849  normal  0.0253809 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2965  cytochrome b/b6-like  38.49 
 
 
466 aa  224  1e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1318  ubiquinol--cytochrome c reductase, cytochrome b  36.39 
 
 
403 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503431  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4531  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.39 
 
 
404 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610823  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4406  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.39 
 
 
404 aa  224  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.232418 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1004  cytochrome b/b6-like  34.05 
 
 
414 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.00661303  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0753  Cytochrome b/b6 domain protein  38.82 
 
 
473 aa  224  2e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3700  cytochrome b/b6-like  35.43 
 
 
422 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0123315  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1096  ubiquinol cytochrome c oxidoreductase, cytochrome b subunit  34.95 
 
 
414 aa  223  3e-57  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0810  cytochrome b/b6, N-terminal:cytochrome b/b6, C-terminal  36.16 
 
 
433 aa  223  3e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000295618  hitchhiker  0.00000153677 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0415  putative cytochrome B subunit transmembrane protein  39.27 
 
 
459 aa  223  3e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0357  cytochrome b/b6 domain-containing protein  36.18 
 
 
401 aa  224  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000177804  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3275  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.24 
 
 
404 aa  223  4e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000010071  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3204  ubiquinol-cytochrome c reductase cytochrome b subunit  35.34 
 
 
422 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.545864  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3200  cytochrome b/b6-like protein  37.54 
 
 
404 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.201205  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3934  cytochrome b/b6 domain-containing protein  37.42 
 
 
470 aa  223  6e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.930793 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3695  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.58 
 
 
472 aa  223  6e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.721065  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13070  Cytochrome b/b6  37.5 
 
 
403 aa  223  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3543  Cytochrome b/b6 domain  40.2 
 
 
459 aa  222  9e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.789963  normal  0.0181862 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1534  Cytochrome b/b6 domain  38.26 
 
 
400 aa  222  9e-57  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000678475  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6797  cytochrome b/b6 domain-containing protein  34.77 
 
 
420 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0708619  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4439  ubiquinol-cytochrome c reductase, cytochrome b  35.59 
 
 
423 aa  221  1.9999999999999999e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0790  cytochrome b/b6 domain-containing protein  38.53 
 
 
473 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.209081 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3041  Cytochrome b/b6 domain protein  34.38 
 
 
422 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.568197  normal  0.966888 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2777  Cytochrome b/b6 domain  34.27 
 
 
426 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.127052  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>