298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gmet_1006 on replicon NC_007517
Organism: Geobacter metallireducens GS-15



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007517  Gmet_1006  radical SAM family protein  100 
 
 		 336 aa  699    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1728  hypothetical protein  80.06 
 
 		 336 aa  575  1.0000000000000001e-163  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.241184  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0779  radical SAM domain-containing protein  76.49 
 
 		 336 aa  547  1e-154  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000436315  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2854  radical SAM domain-containing protein  68.66 
 
 		 337 aa  486  1e-136  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1761  Radical SAM domain protein  66.57 
 
 		 337 aa  478  1e-134  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0383887 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2456  Radical SAM domain protein  66.27 
 
 		 337 aa  472  1e-132  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2243  Radical SAM domain protein  57.14 
 
 		 337 aa  396  1e-109  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0308  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  56.21 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000547663  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4120  radical SAM domain-containing protein  53.31 
 
 		 372 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246389  normal  0.424935 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0354  radical SAM domain-containing protein  57.1 
 
 		 337 aa  393  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.898506 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0922  radical SAM domain-containing protein  57.61 
 
 		 333 aa  388  1e-107  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1524  radical SAM domain-containing protein  52.08 
 
 		 337 aa  362  4e-99  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0044  Radical SAM domain protein  50.3 
 
 		 343 aa  358  9e-98  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.671161  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2404  radical SAM family Fe-S protein  52.87 
 
 		 353 aa  356  2.9999999999999997e-97  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1670  radical SAM domain-containing protein  48.57 
 
 		 362 aa  349  3e-95  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0537367  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2551  pyruvate formate-lyase activating enzyme-like protein  48.21 
 
 		 354 aa  347  2e-94  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.592966  normal  0.73651 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0761  Radical SAM domain protein  50.75 
 
 		 340 aa  346  3e-94  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00535967  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0731  Radical SAM domain protein  46.88 
 
 		 342 aa  341  1e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00683582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1150  DNA mismatch repair protein  49.39 
 
 		 338 aa  338  9e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  0.926871 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0629  Radical SAM domain protein  50.46 
 
 		 343 aa  335  7e-91  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000217214  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1563  radical SAM domain-containing protein  47.29 
 
 		 336 aa  322  5e-87  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.356418 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1841  Radical SAM domain protein  47.19 
 
 		 340 aa  321  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1063  radical SAM domain-containing protein  47.76 
 
 		 336 aa  318  6e-86  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.665632  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1052  radical SAM family protein  48.94 
 
 		 335 aa  318  7e-86  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0963674 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0348  radical SAM domain-containing protein  47.29 
 
 		 336 aa  318  7e-86  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.224287  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0759  radical SAM domain-containing protein  47.73 
 
 		 336 aa  318  7.999999999999999e-86  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1963  Radical SAM domain protein  46.93 
 
 		 334 aa  317  3e-85  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0105086  decreased coverage  0.00565461 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2431  radical SAM domain-containing protein  45.78 
 
 		 396 aa  314  9.999999999999999e-85  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1670  radical SAM domain-containing protein  46.43 
 
 		 339 aa  312  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0387663  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1034  radical SAM domain-containing protein  45.78 
 
 		 337 aa  311  1e-83  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1698  radical SAM domain-containing protein  47.32 
 
 		 337 aa  310  2e-83  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.588108  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1055  radical SAM domain-containing protein  46.71 
 
 		 335 aa  306  3e-82  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.146783  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0041  radical SAM domain-containing protein  46.43 
 
 		 362 aa  305  6e-82  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.821324  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1849  radical SAM family protein  44.97 
 
 		 329 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0093  Radical SAM domain protein  45.07 
 
 		 356 aa  299  5e-80  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2948  radical SAM family Fe-S protein  45.96 
 
 		 347 aa  298  6e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1995  radical SAM domain-containing protein  44.74 
 
 		 405 aa  298  6e-80  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0103  Radical SAM domain protein  44.48 
 
 		 356 aa  298  1e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1455  Radical SAM domain protein  44.68 
 
 		 333 aa  296  4e-79  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0388  Radical SAM domain protein  43.45 
 
 		 339 aa  295  6e-79  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  decreased coverage  0.00103201  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0904  Radical SAM domain protein  41.32 
 
 		 395 aa  294  2e-78  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.0776722 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2294  radical SAM family protein  45.78 
 
 		 332 aa  294  2e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0086  radical SAM family protein  44.18 
 
 		 356 aa  293  3e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.508004  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1325  radical SAM domain-containing protein  43.98 
 
 		 365 aa  292  6e-78  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.322233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0200  Radical SAM domain protein  44.35 
 
 		 386 aa  290  2e-77  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0237698 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2539  Radical SAM domain protein  44.71 
 
 		 360 aa  290  3e-77  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0539  radical SAM domain-containing protein  44.31 
 
 		 376 aa  287  2e-76  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.00688869  normal  0.395603 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2213  radical SAM domain-containing protein  44.55 
 
 		 367 aa  285  7e-76  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0100129 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2430  radical SAM domain-containing protein  45.15 
 
 		 365 aa  285  1.0000000000000001e-75  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0451112 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1712  Radical SAM domain protein  44.14 
 
 		 351 aa  281  8.000000000000001e-75  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.465127  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0217  radical SAM domain-containing protein  42.81 
 
 		 356 aa  281  1e-74  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1005  radical SAM domain-containing protein  43.33 
 
 		 370 aa  281  1e-74  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0325  Radical SAM domain protein  43.88 
 
 		 333 aa  280  3e-74  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3292  Radical SAM domain protein  43.07 
 
 		 366 aa  280  4e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0088  radical SAM domain-containing protein  42.99 
 
 		 357 aa  279  5e-74  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400989  normal  0.227798 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2293  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  43.62 
 
 		 336 aa  279  6e-74  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.388191  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1017  Radical SAM domain protein  45.65 
 
 		 335 aa  278  7e-74  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.677632  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1585  hypothetical protein  43.07 
 
 		 364 aa  278  1e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1815  radical SAM domain-containing protein  42.99 
 
 		 364 aa  276  3e-73  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2684  Radical SAM domain protein  43.96 
 
 		 367 aa  275  7e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.307935  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02500  Radical SAM domain protein  41.44 
 
 		 329 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000194797  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01540  Radical SAM domain protein  41.44 
 
 		 329 aa  273  2.0000000000000002e-72  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000382646  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1314  radical SAM domain-containing protein  42.22 
 
 		 345 aa  273  3e-72  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1123  radical SAM domain-containing protein  41.92 
 
 		 345 aa  273  3e-72  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1497  radical SAM domain-containing protein  42.38 
 
 		 365 aa  272  5.000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.398952  normal  0.0425103 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1648  radical SAM domain-containing protein  42.99 
 
 		 363 aa  271  8.000000000000001e-72  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0983  radical SAM domain-containing protein  45.32 
 
 		 344 aa  271  9e-72  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1999  radical SAM domain-containing protein  43.84 
 
 		 351 aa  271  1e-71  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.156539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0898  radical SAM domain-containing protein  41.14 
 
 		 369 aa  271  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1625  radical SAM domain-containing protein  42.99 
 
 		 363 aa  271  1e-71  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2136  Radical SAM domain protein  41.25 
 
 		 356 aa  271  1e-71  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.219183  normal  1 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0542  radical SAM domain-containing protein  42.69 
 
 		 384 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.0194035 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1095  radical SAM domain protein  41.62 
 
 		 345 aa  269  5e-71  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1240  radical SAM domain-containing protein  42.94 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1215  radical SAM domain-containing protein  42.94 
 
 		 331 aa  268  1e-70  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0338  radical SAM domain-containing protein  43.07 
 
 		 348 aa  268  1e-70  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.364245  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1870  radical SAM domain-containing protein  41.69 
 
 		 374 aa  268  1e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1178  hypothetical protein  41.99 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0396  radical SAM family protein  42.28 
 
 		 358 aa  267  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2555  Radical SAM domain protein  42.12 
 
 		 366 aa  266  2.9999999999999995e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.466932  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0893  radical SAM domain-containing protein  40.61 
 
 		 361 aa  266  4e-70  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.910266 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0073  pyruvate formate lyase-activating enzyme, putative  42.17 
 
 		 365 aa  265  1e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1172  hypothetical protein  41.69 
 
 		 358 aa  265  1e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2217  Radical SAM domain protein  42.47 
 
 		 374 aa  265  1e-69  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1058  radical SAM domain-containing protein  42.55 
 
 		 382 aa  264  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0219  Radical SAM domain protein  42.6 
 
 		 337 aa  261  1e-68  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0211251  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1969  radical SAM family protein  41.57 
 
 		 370 aa  260  2e-68  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.327469 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0932  radical SAM domain-containing protein  41.3 
 
 		 362 aa  259  6e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1066  radical SAM domain-containing protein  41.39 
 
 		 333 aa  258  7e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.925022  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6076  radical SAM family protein  42.6 
 
 		 363 aa  258  9e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0574  radical SAM domain protein  39.58 
 
 		 361 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0728  Radical SAM domain protein  39.58 
 
 		 361 aa  256  4e-67  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000489129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5878  Radical SAM domain protein  39.7 
 
 		 362 aa  254  2.0000000000000002e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0206709  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13159  pyruvate formate lyase activating protein pflA  43.03 
 
 		 362 aa  253  3e-66  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0540  radical SAM domain-containing protein  42.69 
 
 		 326 aa  253  4.0000000000000004e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1167  radical SAM family protein  45.7 
 
 		 294 aa  253  4.0000000000000004e-66  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000619352  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0464  Radical SAM domain protein  39.4 
 
 		 348 aa  252  6e-66  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.521225  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0449  radical SAM family protein  39.77 
 
 		 370 aa  250  2e-65  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.355453  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1460  radical SAM domain-containing protein  39.27 
 
 		 332 aa  247  2e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0270  radical SAM domain-containing protein  42.86 
 
 		 286 aa  245  6e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.17389  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>