252 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_4864 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_4864  ribosomal protein L34  100 
 
 		 47 aa  90.1  9e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4243  ribosomal protein L34  95.74 
 
 		 47 aa  87.4  6e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0239803  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6078  50S ribosomal protein L34  87.23 
 
 		 47 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0153372  normal  0.186265 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0828  50S ribosomal protein L34  87.23 
 
 		 47 aa  79.3  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5413  50S ribosomal protein L34  89.36 
 
 		 47 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0008  50S ribosomal protein L34  89.36 
 
 		 47 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0331867  normal  0.0953733 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5789  50S ribosomal protein L34  89.36 
 
 		 47 aa  78.6  0.00000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.885674  normal  0.0150043 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7100  ribosomal protein L34  80.85 
 
 		 47 aa  78.2  0.00000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.161616  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13959  50S ribosomal protein L34  85.11 
 
 		 47 aa  77  0.00000000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4513  ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 45 aa  74.3  0.0000000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334556 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6487  50S ribosomal protein L34  84.09 
 
 		 45 aa  71.6  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00156279  normal  0.0851435 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7341  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 45 aa  71.6  0.000000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.880784 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4868  ribosomal protein L34  83.72 
 
 		 47 aa  71.2  0.000000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  hitchhiker  0.000339328  hitchhiker  0.00961108 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4593  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 45 aa  71.2  0.000000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  hitchhiker  0.0000549229  decreased coverage  0.0000848449 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4548  50S ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 45 aa  70.5  0.000000000007  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.0003403  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4225  ribosomal protein L34  79.55 
 
 		 45 aa  69.7  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3730  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 49 aa  69.3  0.00000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.458139 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9056  ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 45 aa  69.3  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00101546  normal  0.317071 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5111  50S ribosomal protein L34  77.27 
 
 		 45 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0480023  unclonable  0.0000000124693 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_38060  LSU ribosomal protein L34P  79.07 
 
 		 49 aa  68.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5415  50S ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 45 aa  69.3  0.00000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5096  ribosomal protein L34  81.4 
 
 		 45 aa  68.6  0.00000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2558  ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 45 aa  68.2  0.00000000004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000028537  normal  0.271528 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9389  50S ribosomal protein L34P  77.27 
 
 		 45 aa  67.8  0.00000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0319883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4172  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 45 aa  67  0.00000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.000696082  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_27040  LSU ribosomal protein L34P  81.4 
 
 		 45 aa  66.6  0.0000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3117  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 47 aa  67  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000116193  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2161  50S ribosomal protein L34  75 
 
 		 45 aa  66.2  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3379  ribosomal protein L34  75 
 
 		 45 aa  65.9  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23480  LSU ribosomal protein L34P  79.07 
 
 		 45 aa  65.9  0.0000000002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4700  50S ribosomal protein L34P  75 
 
 		 45 aa  65.9  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.271583  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31980  LSU ribosomal protein L34P  76.74 
 
 		 45 aa  65.9  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2038  ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.9  0.0000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0046  ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1437  50S ribosomal protein L34  74.42 
 
 		 44 aa  63.5  0.0000000009  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3089  ribosomal protein L34  69.77 
 
 		 44 aa  59.3  0.00000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39800  LSU ribosomal protein L34P  84.85 
 
 		 45 aa  58.9  0.00000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.00000714138  normal  0.545071 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2827  50S ribosomal protein L34P  65.85 
 
 		 44 aa  58.2  0.00000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0092  ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  57.4  0.00000007  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0709  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 48 aa  57.4  0.00000007  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3545  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1055  ribosomal protein L34  67.44 
 
 		 51 aa  56.6  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.15136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4796  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4143  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.281365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5015  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  56.2  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl682.1  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3463  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00766604  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6059  50S ribosomal protein L34  60.98 
 
 		 44 aa  55.5  0.0000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0823674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4245  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  55.8  0.0000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.000000109099  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4138  ribosomal protein L34  55.81 
 
 		 45 aa  55.5  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00368218  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3596  50S ribosomal protein L34  79.07 
 
 		 45 aa  56.2  0.0000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0964891  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1787  50S ribosomal protein L34  60.98 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0214193  normal  0.25456 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1059  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.202626  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0070  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2088  50S ribosomal protein L34  60.98 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.149936  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28540  LSU ribosomal protein L34P  61.9 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000649644  hitchhiker  0.00109369 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2720  50S ribosomal protein L34  65.12 
 
 		 44 aa  55.1  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.054761 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3760  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0001  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.549372  normal  0.504139 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3461  50S ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  54.7  0.0000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1568  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 47 aa  53.9  0.0000006  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0660974  normal  0.976418 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4315  ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  54.3  0.0000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000480274  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA3034  ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  53.5  0.0000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.3489  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4985  ribosomal protein L34  80.65 
 
 		 45 aa  52.8  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0134  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 52 aa  53.1  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_2132  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 53 aa  53.1  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000000189497  normal  0.816153 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2414  ribosomal protein L34  63.41 
 
 		 44 aa  53.1  0.000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00945499  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2238  ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  53.5  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.773424  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0220  50S ribosomal protein L34P  55.81 
 
 		 51 aa  53.1  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2524  ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 53 aa  53.1  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.480913  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5302  50S ribosomal protein L34  60.98 
 
 		 44 aa  52.8  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.26628  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6371  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  52.4  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1540  ribosomal protein L34  55.81 
 
 		 44 aa  52.4  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.00000041199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2564  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 53 aa  52.8  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2243  50S ribosomal protein L34  55.81 
 
 		 44 aa  52.8  0.000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.914999  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3828  50S ribosomal protein L34P  60.98 
 
 		 44 aa  52.4  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4370  ribosomal protein L34  53.49 
 
 		 44 aa  51.6  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.09492  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0870  50S ribosomal protein L34  55.81 
 
 		 44 aa  51.6  0.000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4623  50S ribosomal protein L34P  60.47 
 
 		 44 aa  52  0.000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0333  50S ribosomal protein L34  62.79 
 
 		 44 aa  52  0.000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0696448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0872  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 45 aa  52  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3434  50S ribosomal protein L34  60.47 
 
 		 44 aa  52  0.000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.0000000002542  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0104  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3157  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000107148 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6523  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3184  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.278531 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0521  ribosomal protein L34  58.14 
 
 		 44 aa  51.2  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.907647  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3238  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.303962  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3553  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4908  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.442664 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4463  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.404373  normal  0.0831526 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2552  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.941562  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00438  50S ribosomal protein L34  59.52 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3101  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000038228 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3166  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.667322  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3102  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0409092 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4116  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0205607  normal  0.0561719 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2847  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.565052  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2238  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0090  50S ribosomal protein L34  58.54 
 
 		 44 aa  51.6  0.000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>