More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3330 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3330  extracellular solute-binding protein family 5  100 
 
 
614 aa  1219    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.424693  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4268  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 
624 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4039  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 
624 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.668084  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4114  extracellular solute-binding protein  40.64 
 
 
624 aa  393  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11191  lipoprotein lpqW  40.26 
 
 
635 aa  390  1e-107  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2164  extracellular solute-binding protein  45.38 
 
 
599 aa  375  1e-103  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.10806 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4539  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
608 aa  363  6e-99  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.874043 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1145  extracellular solute-binding protein family 5  36.55 
 
 
622 aa  353  4e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0845067  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0760  extracellular solute-binding protein family 5  35.43 
 
 
566 aa  270  4e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.010503  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31150  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.27 
 
 
622 aa  262  1e-68  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4315  extracellular solute-binding protein family 5  39.58 
 
 
603 aa  191  2.9999999999999997e-47  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0499363  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2402  extracellular solute-binding protein family 5  29.29 
 
 
566 aa  135  3e-30  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.951994 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1954  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  23.04 
 
 
567 aa  129  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.754029 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0818  peptide/nickel transport system substrate-binding protein  24.76 
 
 
568 aa  129  2.0000000000000002e-28  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1835  extracellular solute-binding protein  29.81 
 
 
563 aa  125  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00561184  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7096  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  25.19 
 
 
578 aa  120  7.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3275  extracellular solute-binding protein family 5  26 
 
 
570 aa  115  3e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0712739  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7779  extracellular solute-binding protein family 5  32.26 
 
 
597 aa  114  5e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.354248 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1116  extracellular solute-binding protein  25.55 
 
 
581 aa  114  6e-24  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.749385  normal  0.0404913 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1251  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 
580 aa  100  1e-19  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00147859 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11306  periplasmic oligopeptide-binding lipoprotein oppA  26.4 
 
 
591 aa  97.4  6e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5593  extracellular solute-binding protein family 5  23.87 
 
 
567 aa  95.9  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.38037 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4014  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 
569 aa  95.9  2e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08460  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  24.62 
 
 
579 aa  94.4  6e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0536  extracellular solute-binding protein family 5  26.24 
 
 
565 aa  94  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2258  extracellular solute-binding protein  27.86 
 
 
558 aa  87  9e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.152339  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4433  extracellular solute-binding protein  26.83 
 
 
550 aa  85.5  0.000000000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.766057  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8314  extracellular solute-binding protein family 5  26.79 
 
 
576 aa  84.7  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.5259 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3946  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
554 aa  80.5  0.00000000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.436412  normal  0.0739925 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3931  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
555 aa  80.5  0.00000000000009  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0539387  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4005  extracellular solute-binding protein  27.31 
 
 
555 aa  80.5  0.00000000000009  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.326685  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0761  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
604 aa  77  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.952848  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2116  hypothetical protein  20.79 
 
 
510 aa  76.3  0.000000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3805  extracellular solute-binding protein family 5  24.22 
 
 
590 aa  74.3  0.000000000006  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1569  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  20 
 
 
511 aa  69.7  0.0000000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7203  ABC-type dipeptide transport system periplasmic component-like protein  22.45 
 
 
581 aa  70.1  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.120174  normal  0.128293 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0067  extracellular solute-binding protein family 5  20.92 
 
 
532 aa  69.3  0.0000000002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3968  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 
537 aa  68.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.252184  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1633  putative solute-binding dependent transport lipoprotein  23.86 
 
 
585 aa  68.9  0.0000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31140  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  22.18 
 
 
586 aa  68.6  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2827  extracellular solute-binding protein  22.77 
 
 
592 aa  68.6  0.0000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.320124  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0872  extracellular solute-binding protein  24.6 
 
 
541 aa  68.2  0.0000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00426332  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  20.52 
 
 
511 aa  67.4  0.0000000007  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1755  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  19.29 
 
 
511 aa  65.5  0.000000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2758  extracellular solute-binding protein family 5  22.52 
 
 
524 aa  65.1  0.000000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5370  extracellular solute-binding protein family 5  22.61 
 
 
629 aa  64.7  0.000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.358498 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0398  oligopeptide/dipeptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  21.46 
 
 
527 aa  63.2  0.00000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2706  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
538 aa  62.4  0.00000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.723031  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3131  extracellular solute-binding protein  23.76 
 
 
508 aa  62.8  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.792469  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0510  extracellular solute-binding protein  22.75 
 
 
510 aa  62.8  0.00000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0306064  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0461  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 
520 aa  62  0.00000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0954  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
479 aa  61.6  0.00000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
492 aa  61.6  0.00000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1012  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.6 
 
 
492 aa  61.2  0.00000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.622148  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2945  extracellular solute-binding protein family 5  24.14 
 
 
565 aa  61.2  0.00000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.472455  normal  0.0524757 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0094  extracellular solute-binding protein  21.05 
 
 
498 aa  61.2  0.00000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2585  extracellular solute-binding protein  26.82 
 
 
548 aa  61.2  0.00000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6144  extracellular solute-binding protein family 5  24.27 
 
 
533 aa  60.8  0.00000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.5133  hitchhiker  0.00348679 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_15570  extracellular solute-binding protein, family 5  36.13 
 
 
619 aa  60.5  0.00000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0497629  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0786  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein, putative  25.43 
 
 
537 aa  60.5  0.00000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.527095  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2097  4-phytase  22.08 
 
 
546 aa  60.1  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000775897  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26210  extracellular solute-binding protein, family 5  23.35 
 
 
606 aa  60.5  0.0000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.825095  normal  0.282654 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0195  extracellular solute-binding protein  23.58 
 
 
526 aa  60.1  0.0000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1145  extracellular solute-binding protein  23.77 
 
 
565 aa  59.7  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00838015  normal  0.546746 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0807  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.76 
 
 
528 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00000107652  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0996  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.76 
 
 
528 aa  59.3  0.0000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.41324e-61 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0631  extracellular solute-binding protein family 5  22.63 
 
 
631 aa  59.7  0.0000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00116155  normal  0.250691 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4314  extracellular solute-binding protein family 5  26.92 
 
 
606 aa  59.3  0.0000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.986199  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0619  extracellular solute-binding protein family 5  28.17 
 
 
551 aa  58.5  0.0000003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0945  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.58 
 
 
528 aa  58.9  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00751792  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2761  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
544 aa  58.5  0.0000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1932  ABC-type oligopeptide transport system, periplasmic component  24.36 
 
 
544 aa  58.2  0.0000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2082  ABC transporter, binding protein component  21.58 
 
 
605 aa  58.2  0.0000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.645423 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0788  extracellular solute-binding protein family 5  23.5 
 
 
576 aa  58.2  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.301156 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4386  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.62 
 
 
529 aa  57.8  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.775513  hitchhiker  3.14637e-22 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  22.77 
 
 
517 aa  57.8  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
510 aa  58.2  0.0000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1000  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  23.31 
 
 
529 aa  57.8  0.0000006  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0858  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.49 
 
 
528 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000478589  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0908  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  22.49 
 
 
528 aa  57.8  0.0000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000813115  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1433  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  23.29 
 
 
538 aa  57.4  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.948157  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6559  extracellular solute-binding protein family 5  24.54 
 
 
536 aa  57.4  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.67626  normal  0.403463 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2541  extracellular solute-binding protein family 5  24.43 
 
 
592 aa  57.4  0.0000009  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000236938 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3058  extracellular solute-binding protein family 5  27.7 
 
 
554 aa  57  0.0000009  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000104524 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19910  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  23.01 
 
 
589 aa  56.6  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  hitchhiker  0.000984023  hitchhiker  0.000242655 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0822  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  22.49 
 
 
528 aa  56.6  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000176887  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  21.29 
 
 
575 aa  56.6  0.000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3398  extracellular solute-binding protein  26.72 
 
 
528 aa  56.6  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.697295  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3814  extracellular solute-binding protein  25.83 
 
 
548 aa  57  0.000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.028242  normal  0.618812 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4561  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  22.74 
 
 
531 aa  55.8  0.000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0803  extracellular solute-binding protein  23.62 
 
 
529 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000165149  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1726  extracellular solute-binding protein  22.03 
 
 
542 aa  56.2  0.000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00443196  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0551  extracellular solute-binding protein  22.49 
 
 
591 aa  55.8  0.000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5662  extracellular solute-binding protein  23.74 
 
 
544 aa  55.5  0.000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.76313 
 
 
-
 
NC_007323  GBAA_pXO2_0089  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  25.84 
 
 
519 aa  55.5  0.000003  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0947  extracellular solute-binding protein family 5  25.07 
 
 
622 aa  55.5  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3271  extracellular solute-binding protein  22.15 
 
 
571 aa  55.1  0.000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00499057  n/a   
 
 
-
 
NC_011777  BCAH820_B0230  bacterial extracellular solute-binding protein, family 5  26.55 
 
 
546 aa  54.7  0.000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.2179599999999998e-27 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2981  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 
527 aa  54.7  0.000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3371  extracellular solute-binding protein family 5  21.49 
 
 
536 aa  54.7  0.000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>