200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2642 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013165  Shel_14100  predicted helicase  41.41 
 
 		 1847 aa  1196    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.605074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0037  helicase domain protein  43.73 
 
 		 1636 aa  1338    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.527167  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0380  DEAD/DEAH box helicase-like  45.45 
 
 		 1301 aa  847    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.145583  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3143  helicase domain-containing protein  49.91 
 
 		 1063 aa  1006    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.833808  n/a   
 
 
-
 
NC_008507  LACR_E6  superfamily II DNA/RNA helicase  39.72 
 
 		 1560 aa  1179    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4323  type III restriction enzyme, res subunit  50.64 
 
 		 1613 aa  1547    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0578  type III restriction enzyme, res subunit  46.16 
 
 		 1609 aa  1405    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0102  adenine specific DNA methyltransferase, putative  44.32 
 
 		 1615 aa  1311    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.675246  hitchhiker  0.0000128241 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2642  type III restriction protein res subunit  100 
 
 		 1632 aa  3363    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1937  superfamily II DNA/RNA helicase  35.29 
 
 		 1024 aa  518  1.0000000000000001e-145  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00156892  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2194  superfamily II DNA/RNA helicase  35.24 
 
 		 1021 aa  516  1e-144  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1662  adenine specific DNA methyltransferase  33.71 
 
 		 1005 aa  454  1.0000000000000001e-126  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5507  type III restriction enzyme, res subunit  65.07 
 
 		 301 aa  394  1e-108  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000769547 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3139  helicase domain-containing protein  38.72 
 
 		 576 aa  369  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00371  hypothetical protein  32.87 
 
 		 977 aa  317  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00521  hypothetical protein  31.52 
 
 		 1341 aa  308  5.0000000000000004e-82  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0378  helicase domain-containing protein  36.4 
 
 		 475 aa  306  3.0000000000000004e-81  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0602  helicase, putative  30.33 
 
 		 1004 aa  281  1e-73  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00541  hypothetical protein  31.21 
 
 		 921 aa  273  2.9999999999999997e-71  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5505  helicase-associated  33.15 
 
 		 871 aa  152  6e-35  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000739697 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1350  hypothetical protein  42.23 
 
 		 221 aa  145  8e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.588656  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0310  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  23.52 
 
 		 1116 aa  142  7e-32  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0925  adenine specific DNA methyltransferase  22.7 
 
 		 1049 aa  127  2e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  decreased coverage  0.00490448  normal  0.369503 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0340  adenine specific DNA methyltransferase  23.26 
 
 		 1064 aa  125  8e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0570393 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0066  hypothetical protein  44.1 
 
 		 165 aa  123  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1765  hypothetical protein  23.48 
 
 		 1098 aa  119  5e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0499  D12 class N6 adenine-specific DNA methyltransferase, putative  22.49 
 
 		 1047 aa  115  6e-24  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1196  adenine specific DNA methyltransferase  21.48 
 
 		 1059 aa  108  7e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  unclonable  0.0000965363  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1102  putative DNA methyltransferase  24.79 
 
 		 1100 aa  108  8e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.822518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3195  adenine specific DNA methyltransferase  24.93 
 
 		 1125 aa  87.8  0.000000000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  unclonable  0.000607783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3803  helicase-like protein  25.39 
 
 		 1176 aa  83.6  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.230182  hitchhiker  0.00335378 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1193  EcoEI R domain protein  27.34 
 
 		 827 aa  81.3  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.325861  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1309  EcoEI R domain-containing protein  27.45 
 
 		 824 aa  80.5  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2618  EcoEI R domain-containing protein  27.34 
 
 		 817 aa  81.3  0.0000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0707543 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0810  DEAD/DEAH box helicase-like  25.67 
 
 		 797 aa  79.7  0.0000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.135985  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0344  type I restriction-modification system, R subunit  23.67 
 
 		 770 aa  75.9  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.00000108762  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1637  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.78 
 
 		 804 aa  73.2  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.000133951  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1234  type III restriction enzyme, res subunit  26.46 
 
 		 829 aa  72  0.00000000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3273  hypothetical protein  26.82 
 
 		 776 aa  71.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.246841 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3086  Type I site-specific deoxyribonuclease  27.03 
 
 		 813 aa  72  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.461628  normal  0.442211 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2034  type III restriction protein res subunit  21.78 
 
 		 813 aa  71.2  0.0000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0226  type III restriction protein res subunit  24.95 
 
 		 760 aa  71.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0503  EcoEI R domain-containing protein  25.85 
 
 		 824 aa  70.9  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000156579  normal  0.0688429 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1575  type I restriction-modification system, R subunit  24.95 
 
 		 760 aa  70.5  0.0000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2867  EcoEI R domain-containing protein  27.45 
 
 		 821 aa  69.7  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3568  type III restriction protein res subunit  23.48 
 
 		 802 aa  69.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.427174  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0824  EcoEI R domain-containing protein  25.1 
 
 		 783 aa  69.7  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3535  hypothetical protein  27.91 
 
 		 815 aa  69.3  0.0000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.115476  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1255  DEAD/DEAH box helicase  26.85 
 
 		 811 aa  68.9  0.0000000007  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.171092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2499  DEAD/DEAH box helicase-like  21.14 
 
 		 793 aa  68.9  0.0000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0539678  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1976  EcoEI R domain-containing protein  26.74 
 
 		 825 aa  68.9  0.0000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.411939  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1895  EcoEI R domain-containing protein  26.36 
 
 		 780 aa  68.9  0.0000000008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0749811  hitchhiker  0.00699891 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2990  EcoEI R domain protein  24.3 
 
 		 875 aa  68.2  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0069  Type III restriction enzyme, res subunit  23.53 
 
 		 629 aa  68.2  0.000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1350  type III restriction protein res subunit  23.66 
 
 		 967 aa  68.2  0.000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.810752  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2941  type III restriction protein res subunit  22.74 
 
 		 815 aa  67.8  0.000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3028  hypothetical protein  24.42 
 
 		 796 aa  67  0.000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.194288  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0352  EcoEI R domain-containing protein  25.1 
 
 		 791 aa  67  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0150  type III restriction enzyme, res subunit  24.6 
 
 		 860 aa  67  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3225  EcoEI R domain-containing protein  27.24 
 
 		 815 aa  66.6  0.000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.376811  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1537  type III restriction protein res subunit  23.73 
 
 		 776 aa  66.2  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0843  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  23.15 
 
 		 1068 aa  65.9  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.76009e-28 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1258  type III restriction protein res subunit  22.88 
 
 		 787 aa  65.5  0.000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.377183  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0759  type III restriction protein res subunit  22.15 
 
 		 812 aa  65.9  0.000000007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.535387  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4882  type I restriction enzyme EcoEI R protein  23.62 
 
 		 809 aa  65.5  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5861  type III restriction enzyme domain protein  24.77 
 
 		 810 aa  65.1  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010507  Mrad2831_6521  type III restriction protein res subunit  36.36 
 
 		 462 aa  64.7  0.00000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2616  type III restriction enzyme, res subunit  23.85 
 
 		 459 aa  65.1  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0606315  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2199  Type III restriction enzyme, res subunit  23.6 
 
 		 492 aa  64.7  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3651  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  24.5 
 
 		 1126 aa  63.9  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.408969 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1134  EcoEI R domain-containing protein  24.03 
 
 		 780 aa  63.9  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.122502  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2481  type III restriction enzyme, res subunit  23.75 
 
 		 706 aa  63.9  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.839221  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4614  EcoEI R domain-containing protein  24.03 
 
 		 790 aa  64.3  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000837819 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0731  type III restriction enzyme, res subunit  24.36 
 
 		 899 aa  64.3  0.00000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1416  EcoEI R domain protein  22.66 
 
 		 800 aa  63.9  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0616  Type I site-specific deoxyribonuclease  24.62 
 
 		 783 aa  63.5  0.00000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6047  type I restriction-modification system subunit R  22.07 
 
 		 788 aa  63.5  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.494965  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_11440  DNA/RNA helicase, superfamily II  20.61 
 
 		 974 aa  63.2  0.00000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000321567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2475  type III restriction protein res subunit  24.6 
 
 		 475 aa  63.2  0.00000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0815969  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0964  helicase domain-containing protein  37.63 
 
 		 84 aa  62.8  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.317266  normal  0.503328 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2721  putative DNA methyltransferase  21.4 
 
 		 1121 aa  62.8  0.00000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0961  hypothetical protein  33.33 
 
 		 110 aa  62.4  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.298352  normal  0.491604 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2523  type III restriction enzyme, res subunit  22.2 
 
 		 967 aa  62.4  0.00000007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0698946  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02070  type I restriction enzyme EcoAI R protein  22.89 
 
 		 793 aa  62  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0832  EcoEI R domain protein  24.46 
 
 		 784 aa  61.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.916446  normal  0.633032 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1283  EcoEI R domain-containing protein  23.38 
 
 		 765 aa  62  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0683  type I restriction-modification system, R subunit  24.46 
 
 		 784 aa  61.6  0.0000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0840  type I restriction enzyme EcoKI subunit R  22.47 
 
 		 1068 aa  60.8  0.0000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.473643  n/a   
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4457  EcoEI R domain protein  24.07 
 
 		 771 aa  60.8  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2313  type III restriction protein res subunit  24.1 
 
 		 706 aa  60.8  0.0000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4740  type I restriction-modification system, R subunit  22.29 
 
 		 787 aa  60.1  0.0000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00141278 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2683  type III restriction enzyme, res subunit  21.23 
 
 		 1149 aa  60.5  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0219186  normal  0.206239 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20230  EcoEI R domain protein  22.65 
 
 		 770 aa  60.5  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.601124  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1089  type III restriction protein res subunit  22.17 
 
 		 1051 aa  59.3  0.0000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8756  type III restriction enzyme, res subunit  23.54 
 
 		 1028 aa  59.3  0.0000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999301  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2959  type III restriction enzyme, res subunit  21.97 
 
 		 585 aa  59.3  0.0000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0497  type III restriction protein res subunit  20.97 
 
 		 696 aa  58.9  0.0000007  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.154157  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2780  type III restriction enzyme, res subunit  23.33 
 
 		 586 aa  58.9  0.0000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0188494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2524  type III restriction enzyme, res subunit  22.97 
 
 		 590 aa  58.9  0.0000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.251269  normal  0.0163499 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2726  type III restriction protein res subunit  22.99 
 
 		 580 aa  58.2  0.000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.219655  hitchhiker  0.000185767 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>