More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_2472 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_2472  5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain protein  100 
 
 		 347 aa  686    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12125  5'-3' exonuclease  63.75 
 
 		 393 aa  388  1e-106  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.965773  normal  0.392977 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2478  5'-3' exonuclease  62.81 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2523  5'-3' exonuclease  62.81 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.017521  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2515  5'-3' exonuclease  62.81 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.219771  normal  0.69771 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3438  5'-3' exonuclease  60.68 
 
 		 323 aa  379  1e-104  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3097  5'-3' exonuclease  59.63 
 
 		 321 aa  365  1e-100  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0501731  normal  0.23354 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2173  5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain protein  60.31 
 
 		 320 aa  364  2e-99  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.192116  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21890  5'-3' exonuclease (including N-terminal domain of PolI)  59.33 
 
 		 320 aa  359  4e-98  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.249283  normal  0.223651 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2257  5'-3' exonuclease  58.46 
 
 		 349 aa  335  5e-91  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  decreased coverage  0.00000970599  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2947  5'-3' exonuclease  50.15 
 
 		 333 aa  293  4e-78  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0176217  hitchhiker  0.000125626 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2322  5'-3' exonuclease  51.38 
 
 		 312 aa  279  4e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0000272969  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5853  DNA polymerase I  51.88 
 
 		 306 aa  275  9e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.153015  normal  0.462493 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3280  5'-3' exonuclease  51.54 
 
 		 313 aa  274  2.0000000000000002e-72  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2443  5'-3' exonuclease  47.37 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.185668 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0590  5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain protein  49.55 
 
 		 326 aa  265  1e-69  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.649096  hitchhiker  0.00498454 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3511  5'-3' exonuclease  47.71 
 
 		 319 aa  259  3e-68  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.309526 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1887  5'-3' exonuclease  48.62 
 
 		 320 aa  259  4e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0373856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2659  5'-3' exonuclease  52.66 
 
 		 301 aa  258  9e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.154679  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2257  5'-3' exonuclease  50 
 
 		 315 aa  256  5e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.62484  normal  0.409041 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2375  5'-3' exonuclease  50 
 
 		 353 aa  254  1.0000000000000001e-66  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0822086  hitchhiker  0.00237783 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2694  5'-3' exonuclease, N-terminal resolvase-like domain protein  53.09 
 
 		 305 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0181441  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2004  5'-3' exonuclease  48.46 
 
 		 312 aa  251  1e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1819  5'-3' exonuclease  48.45 
 
 		 314 aa  243  3.9999999999999997e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.339791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1774  5'-3' exonuclease  54.18 
 
 		 315 aa  232  6e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000265308 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3173  5'-3' exonuclease  45 
 
 		 303 aa  230  3e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0156047  hitchhiker  0.000000000759787 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4171  5'-3' exonuclease  47.27 
 
 		 318 aa  228  2e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  hitchhiker  0.000586174  normal  0.269504 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1207  5'-3' exonuclease  49.54 
 
 		 324 aa  223  4e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.561971  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_14040  5'-3' exonuclease (including N-terminal domain of PolI)  43.96 
 
 		 316 aa  211  2e-53  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00209406  normal  0.396223 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2275  5'-3' exonuclease  43.67 
 
 		 327 aa  209  5e-53  Frankia sp. CcI3  Bacteria  hitchhiker  0.000000344682  hitchhiker  0.000172307 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3361  DNA polymerase I  39.94 
 
 		 909 aa  168  2e-40  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  decreased coverage  0.00788758  normal  0.41459 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3011  DNA polymerase I  37.96 
 
 		 920 aa  165  9e-40  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.128275  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3057  DNA polymerase I  37.96 
 
 		 920 aa  165  9e-40  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.826907 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3564  DNA polymerase I  38.73 
 
 		 908 aa  164  1.0000000000000001e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0954216  normal  0.139495 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3026  DNA polymerase I  37.65 
 
 		 929 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.248484  normal  0.0929498 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11645  DNA polymerase I  37.97 
 
 		 904 aa  164  3e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.693039 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2886  DNA polymerase I  41.53 
 
 		 949 aa  161  2e-38  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.725232  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1475  DNA polymerase I  42.19 
 
 		 893 aa  157  2e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2852  DNA polymerase I  40.68 
 
 		 906 aa  154  2e-36  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00117674  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2445  DNA polymerase I  39.18 
 
 		 917 aa  154  2.9999999999999998e-36  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2043  DNA polymerase I  42.19 
 
 		 911 aa  153  5e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.307294 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5677  DNA polymerase I  41.1 
 
 		 905 aa  153  5e-36  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.902906  normal  0.469276 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1969  DNA polymerase I  33.94 
 
 		 908 aa  151  1e-35  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.223022  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1621  DNA polymerase I  42.39 
 
 		 945 aa  152  1e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.924074 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3201  DNA polymerase I  41.18 
 
 		 912 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20220  DNA polymerase I  35.06 
 
 		 901 aa  151  1e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.232173 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3037  DNA polymerase I  40.25 
 
 		 902 aa  150  3e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.0000203838  normal  0.011117 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_25960  DNA polymerase I  36.09 
 
 		 901 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3902  DNA polymerase I  32.5 
 
 		 892 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000292646  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1088  DNA polymerase I  42.86 
 
 		 910 aa  149  6e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.100396  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0541  DNA polymerase I  35.2 
 
 		 891 aa  149  8e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12970  DNA polymerase I  40.34 
 
 		 904 aa  146  4.0000000000000006e-34  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.199065  normal  0.445592 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1509  DNA polymerase I  38.19 
 
 		 905 aa  145  7.0000000000000006e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04860  DNA polymerase I  37.17 
 
 		 870 aa  144  2e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.029838  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2966  DNA-directed DNA polymerase  40.08 
 
 		 901 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.254596  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0959  DNA polymerase I  40.83 
 
 		 928 aa  144  3e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.75162 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1189  DNA polymerase I  39.51 
 
 		 929 aa  144  3e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0655  DNA polymerase I  33.02 
 
 		 944 aa  143  4e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3372  DNA polymerase I  38.75 
 
 		 899 aa  143  4e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0398668  normal  0.0449106 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3906  DNA polymerase I  31.33 
 
 		 922 aa  143  4e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000887796  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1504  DNA polymerase I  36.17 
 
 		 915 aa  143  4e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1802  DNA polymerase I  36.32 
 
 		 894 aa  142  6e-33  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.0000000000000838871 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3905  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 922 aa  142  8e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0001632  normal  0.292845 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3145  DNA polymerase I  39 
 
 		 899 aa  142  9e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2951  DNA polymerase I  38.75 
 
 		 933 aa  141  9.999999999999999e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.04792  normal  0.12878 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4669  DNA polymerase I  31.33 
 
 		 922 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3997  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 922 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00125715  normal  0.0107257 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1080  DNA polymerase I  37.38 
 
 		 886 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4109  DNA polymerase I  31.13 
 
 		 922 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000411128  normal  0.224079 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3006  DNA polymerase I  39 
 
 		 889 aa  141  9.999999999999999e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3769  DNA polymerase I  37.08 
 
 		 908 aa  140  1.9999999999999998e-32  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0220988 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1220  ribonuclease H  37.96 
 
 		 484 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5532  DNA polymerase I  37.71 
 
 		 888 aa  140  3e-32  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2864  DNA polymerase I  36.73 
 
 		 480 aa  139  4.999999999999999e-32  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11120  DNA polymerase I  38.02 
 
 		 937 aa  139  6e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.249586  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0378  DNA polymerase I  31.79 
 
 		 956 aa  139  6e-32  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0299  DNA polymerase I  34.04 
 
 		 992 aa  139  6e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0738  DNA polymerase I  33.1 
 
 		 955 aa  139  7e-32  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0419  DNA polymerase I  31.79 
 
 		 988 aa  139  7.999999999999999e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1688  DNA polymerase I  31.48 
 
 		 940 aa  139  8.999999999999999e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2983  DNA polymerase I  33.44 
 
 		 892 aa  138  1e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2798  DNA polymerase I  31.68 
 
 		 888 aa  138  1e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2345  DNA polymerase I  40.6 
 
 		 895 aa  138  1e-31  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2415  DNA polymerase I  34.25 
 
 		 888 aa  138  2e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.0701371 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2156  DNA polymerase I  33.9 
 
 		 872 aa  138  2e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0592  DNA polymerase I  37.55 
 
 		 891 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000108203  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1226  DNA polymerase I  32.72 
 
 		 893 aa  138  2e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.826859 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3943  DNA polymerase I  29.25 
 
 		 918 aa  138  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000101899  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2014  DNA polymerase I  29.27 
 
 		 875 aa  136  5e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  unclonable  0.0000063172  unclonable  0.00000000000000410772 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4290  DNA polymerase I  29.84 
 
 		 921 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000095151  hitchhiker  0.000000056057 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0053  DNA polymerase I  29.84 
 
 		 921 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000915793  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4485  DNA polymerase I  29.84 
 
 		 921 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00194681  normal  0.0107032 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0346  DNA polymerase I  33.86 
 
 		 892 aa  136  5e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.335360000000001e-24 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4345  DNA polymerase I  29.84 
 
 		 935 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000790678  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2285  DNA polymerase I  35.27 
 
 		 1273 aa  135  7.000000000000001e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.153285  hitchhiker  0.0000116157 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2200  DNA polymerase I  40.42 
 
 		 910 aa  135  9e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.759934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0617  DNA-directed DNA polymerase  31.56 
 
 		 1025 aa  135  9.999999999999999e-31  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0765  DNA polymerase I  33.45 
 
 		 930 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0137  DNA polymerase I  33.69 
 
 		 976 aa  135  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.909529  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2017  DNA polymerase I  36.82 
 
 		 866 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>