55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_1282 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_1282  alanine racemase domain protein  100 
 
 
419 aa  816    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1520  alanine racemase domain protein  56.32 
 
 
438 aa  404  1e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.231504  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0845  alanine racemase domain-containing protein  52.56 
 
 
403 aa  380  1e-104  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3855  alanine racemase domain protein  53.06 
 
 
397 aa  370  1e-101  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.842068  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1898  alanine racemase domain protein  53.94 
 
 
407 aa  358  9.999999999999999e-98  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.107111  decreased coverage  0.00000153427 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5489  alanine racemase domain protein  52.54 
 
 
407 aa  358  9.999999999999999e-98  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.525884  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0031  alanine racemase domain protein  52.76 
 
 
395 aa  355  7.999999999999999e-97  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0956  alanine racemase domain-containing protein  53.33 
 
 
391 aa  354  1e-96  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1751  amino acid aldolase or racemase-like protein  52.31 
 
 
397 aa  350  3e-95  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.606556  normal  0.292148 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4702  alanine racemase domain protein  47.31 
 
 
444 aa  342  1e-92  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.76254  normal  0.570586 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4024  hypothetical protein  51.72 
 
 
427 aa  338  8e-92  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4405  hypothetical protein  51.66 
 
 
402 aa  330  3e-89  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.443829  normal  0.0267897 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2357  hypothetical protein  49.37 
 
 
401 aa  330  3e-89  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2456  hypothetical protein  48.42 
 
 
411 aa  328  8e-89  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.146397  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_13130  predicted amino acid aldolase or racemase  47.49 
 
 
403 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.709051  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00520  predicted amino acid aldolase or racemase  51.86 
 
 
393 aa  321  1.9999999999999998e-86  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0410  alanine racemase domain protein  48.74 
 
 
415 aa  318  1e-85  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.844153 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0670  alanine racemase domain protein  52.25 
 
 
411 aa  315  9.999999999999999e-85  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000868268 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2954  alanine racemase domain protein  48.87 
 
 
400 aa  303  5.000000000000001e-81  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31760  predicted amino acid aldolase or racemase  46.38 
 
 
402 aa  291  1e-77  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.316259  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11797  hypothetical protein  45.71 
 
 
411 aa  288  1e-76  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000169265  hitchhiker  0.000017581 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3007  amino acid aldolase or racemase-like  45.55 
 
 
408 aa  273  5.000000000000001e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.176851 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0593  hypothetical protein  35.82 
 
 
390 aa  249  6e-65  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0743387  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0709  hypothetical protein  34.45 
 
 
390 aa  239  5e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0415456  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0645  hypothetical protein  34.79 
 
 
390 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0679  hypothetical protein  34.79 
 
 
390 aa  237  2e-61  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.155622  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0589  hypothetical protein  34.79 
 
 
390 aa  236  4e-61  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0190436  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0590  hypothetical protein  34.79 
 
 
390 aa  237  4e-61  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0734  hypothetical protein  34.79 
 
 
390 aa  237  4e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.02207e-31 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4627  hypothetical protein  34.19 
 
 
390 aa  236  4e-61  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.155569  hitchhiker  0.000000000168185 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0746  hypothetical protein  34.79 
 
 
402 aa  236  7e-61  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.111021  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0806  hypothetical protein  34.28 
 
 
390 aa  235  9e-61  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0948809  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0569  hypothetical protein  34.96 
 
 
390 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.913627  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1083  amino acid aldolase or racemase-like protein  32.01 
 
 
345 aa  178  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.225982 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5224  hypothetical protein  20.63 
 
 
388 aa  60.8  0.00000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1415  alanine racemase domain-containing protein  26.94 
 
 
386 aa  55.1  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2236  alanine racemase domain protein  28.95 
 
 
381 aa  53.9  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2701  D-3-hydroxyaspartate aldolase  26.67 
 
 
387 aa  52.8  0.00001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.75052  normal  0.463179 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0093  alanine racemase domain-containing protein  24.15 
 
 
434 aa  51.6  0.00003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2604  D-3-hydroxyaspartate aldolase  24.62 
 
 
387 aa  50.8  0.00005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00289104  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3936  alanine racemase domain-containing protein  25.33 
 
 
420 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0329  low-specificity D-threonine aldolase  28.35 
 
 
372 aa  50.1  0.00007  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.916942 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1390  D-3-hydroxyaspartate aldolase  23.9 
 
 
383 aa  47.4  0.0004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.940075  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0979  alanine racemase-like  23.9 
 
 
384 aa  46.6  0.0008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.638732  normal  0.423507 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3864  alanine racemase domain-containing protein  25.67 
 
 
349 aa  45.4  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.791347  normal  0.192694 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4367  D-3-hydroxyaspartate aldolase  25.56 
 
 
387 aa  44.7  0.003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0179  alanine racemase domain protein  26.52 
 
 
372 aa  44.7  0.003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1933  alanine racemase domain protein  24.06 
 
 
362 aa  44.3  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0554  alanine racemase domain-containing protein  25.19 
 
 
349 aa  44.3  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6208  alanine racemase domain-containing protein  25.21 
 
 
392 aa  43.9  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0582521 
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4875  alanine racemase domain protein  23.28 
 
 
371 aa  43.9  0.005  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3310  alanine racemase-like  25.56 
 
 
388 aa  43.9  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.259344  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1540  alanine racemase domain-containing protein  25.1 
 
 
373 aa  43.5  0.006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0157417  normal  0.0386444 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3403  alanine racemase domain protein  27.41 
 
 
383 aa  43.1  0.009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3919  alanine racemase domain-containing protein  25.34 
 
 
387 aa  43.1  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.435756  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>