109 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_R0009 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_R0009  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000858246  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0009  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.990057 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0010  tRNA-Asn  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.026586  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0058  tRNA-Asn  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0922112  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0055  tRNA-Asn  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0297718  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0004  tRNA-Asn  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0068  tRNA-Asn  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0128725  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0035  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.365038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0027  tRNA-Asn  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0012  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00142633  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0013  tRNA-Asn  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0025  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.161646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1829  tRNA-Asn  100 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.595078  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0016  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00106062  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0014  tRNA-Asn  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000105704  normal  0.0608768 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0014  tRNA-Asn  97.22 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1546  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0629  tRNA-Asn  97.14 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60180  tRNA-Asn  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt01  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt01  tRNA-Asn  97.06 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0062  tRNA-Asn  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  4.6212e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0004  tRNA-Phe  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.111017 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0014  tRNA-Asn  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.109561  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0025  tRNA-Asn  90.38 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.728693  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t11  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75816  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t39  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.522109  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA46  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00683435  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA9  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.000000000314512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R31  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.208957  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0027  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000583067  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0028  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000204522  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0016  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.032389  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0027  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.167118  normal  0.501278 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  86.44 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0034  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.379435  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0024  tRNA-Asn  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0034  tRNA-Asn  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0051  tRNA-Phe  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0033  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0344077 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0034  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0002  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0076  tRNA-Asn  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0024  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0063  tRNA-Phe  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135232  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t11  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.000006616  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t36  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.036377  hitchhiker  0.00260797 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0068  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2517  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00884396  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2527  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000143791  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2528  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000000112701  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0071  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0090  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2221  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000237155  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2231  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.0000000243187  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2232  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000210068  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0032  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.172004  normal  0.954091 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23490  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00227157  hitchhiker  0.00614087 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60180  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000682049  hitchhiker  0.0000000115444 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0193  tRNA-Asn  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0004  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0027  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.224743  normal  0.75485 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0021  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.503528  normal  0.129544 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0076  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0515739  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1988  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.977755  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5180  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.851962  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0719  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0823  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0026  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.248666  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0046  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0028  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.505293 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0075  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.173249  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0031  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0885898  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0593  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  8.55159e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0076  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509004  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  84.75 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60060  tRNA-Asn  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.678993  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0032  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0055  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.444968  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0037  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.813487  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0060  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000424402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0061  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.00000433074  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0036  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000208543  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0037  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000219335  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0061  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00534355  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000658326  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0034  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.130491  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0059  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000364263  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0060  tRNA-Lys  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000089379  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R85  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000392711  normal  0.139557 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0090  tRNA-Lys  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.28119  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  91.18 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0077  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>