105 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3154 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3154  putative nitroimidazole resistance protein  100 
 
 
154 aa  317  3e-86  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1107  putative nitroimidazole resistance protein  90.28 
 
 
154 aa  266  7e-71  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0166  flavin-nucleotide-binding protein  36.49 
 
 
157 aa  111  3e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2615  putative nitroimidazole resistance protein  36 
 
 
152 aa  108  3e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1617  5-nitroimidazole antibiotic resistance protein  33.99 
 
 
176 aa  106  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1135  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  32.14 
 
 
152 aa  97.8  4e-20  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.551955  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0219  5-nitroimidazole antibiotic resistance protein  31.37 
 
 
157 aa  97.8  4e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1620  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  33.77 
 
 
156 aa  93.2  1e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0041  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  30 
 
 
152 aa  91.3  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.295446  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0087  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  37.11 
 
 
154 aa  90.1  1e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3517  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  35.4 
 
 
154 aa  85.1  3e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0426327  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0856  putative cytoplasmic protein  35.53 
 
 
167 aa  84.3  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.141086  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0807  hypothetical protein  39.06 
 
 
167 aa  83.6  9e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0262203  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0759  putative 5-nitroimidazole antibiotic resistance  35.1 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.279608  normal  0.302454 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0820  hypothetical protein  39.06 
 
 
167 aa  83.2  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.113166  normal  0.11136 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2417  nitroimidazole resistance protein, putative  29.87 
 
 
158 aa  81.6  0.000000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.608683  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0289  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  30.32 
 
 
157 aa  81.6  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0746  putative cytoplasmic protein  38.58 
 
 
161 aa  81.3  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000242866  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1227  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  36.77 
 
 
160 aa  81.6  0.000000000000004  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.0424349 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0526  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  34.64 
 
 
153 aa  80.5  0.000000000000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0322  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  27.04 
 
 
159 aa  77  0.00000000000009  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000000346639  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1953  5-nitroimidazole antibiotic resistance protein  32.24 
 
 
163 aa  76.3  0.0000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.406915  normal  0.0305712 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1296  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  32.47 
 
 
157 aa  76.3  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.474408  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6845  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  33.61 
 
 
241 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2063  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  30.46 
 
 
155 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.20286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6495  hypothetical protein  31.13 
 
 
240 aa  73.2  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1385  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding protein  30 
 
 
153 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5990  hypothetical protein  32.26 
 
 
215 aa  72.4  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1951  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.09 
 
 
182 aa  72  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000305005  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0647  flavin-nucleotide-binding protein  32.48 
 
 
229 aa  72  0.000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1181  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.58 
 
 
158 aa  70.9  0.000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2339  hypothetical protein  27.39 
 
 
168 aa  70.9  0.000000000006  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1926  hypothetical protein  35.21 
 
 
219 aa  70.5  0.000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2998  nitroimidazole resistance protein, putative  33.58 
 
 
180 aa  70.1  0.000000000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1605  hypothetical protein  34.62 
 
 
217 aa  69.7  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.578023  normal  0.364276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5541  hypothetical protein  33.09 
 
 
220 aa  70.1  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.418646 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_20760  predicted flavin-nucleotide-binding protein  29.49 
 
 
167 aa  69.3  0.00000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1104  nitroimidazole resistance protein, putative  26.97 
 
 
156 aa  68.9  0.00000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2785  hypothetical protein  32.87 
 
 
217 aa  68.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2326  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  31.17 
 
 
156 aa  68.2  0.00000000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4542  hypothetical protein  32.2 
 
 
219 aa  67.4  0.00000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1934  hypothetical protein  31.16 
 
 
223 aa  66.2  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0135128  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0350  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  26.11 
 
 
170 aa  66.2  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.123938  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3858  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding protein  31.29 
 
 
184 aa  65.5  0.0000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.788225  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7671  hypothetical protein  32.45 
 
 
214 aa  64.3  0.0000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.42038  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1961  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  26.92 
 
 
157 aa  63.9  0.0000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.0000000988174  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1007  hypothetical protein  29.33 
 
 
154 aa  63.5  0.0000000009  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.596538 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3868  5-nitroimidazole antibiotic resistance protein  24.36 
 
 
153 aa  62.8  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0247  LexA DNA-binding domain protein  30.32 
 
 
233 aa  63.5  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1567  flavin-nucleotide-binding protein-like protein  31.94 
 
 
292 aa  62.8  0.000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.612765 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0078  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  28.48 
 
 
158 aa  62  0.000000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1948  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related, FMN-binding  26.28 
 
 
157 aa  61.2  0.000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0449472  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06490  predicted flavin-nucleotide-binding protein  24.84 
 
 
165 aa  61.2  0.000000005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00239792  normal  0.449333 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2731  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  30.82 
 
 
205 aa  60.8  0.000000007  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.560885  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1362  flavin-nucleotide-binding protein  29.19 
 
 
199 aa  60.5  0.000000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2141  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding  29.38 
 
 
171 aa  59.7  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1549  antibiotic resistance protein  31.96 
 
 
177 aa  58.5  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1163  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  30.26 
 
 
157 aa  58.5  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00783233  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3467  hypothetical protein  29.75 
 
 
228 aa  57.8  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0244411  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1256  hypothetical protein  34.35 
 
 
179 aa  58.2  0.00000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2952  hypothetical protein  26.75 
 
 
199 aa  57.4  0.00000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2966  flavin-nucleotide-binding protein-like  28.83 
 
 
222 aa  55.8  0.0000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.840561 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1156  nitroimidazole resistance protein, putative  27.44 
 
 
164 aa  56.2  0.0000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1739  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  26.11 
 
 
163 aa  55.1  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000044515  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1949  GCN5-related N-acetyltransferase  29.81 
 
 
361 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.494681  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2299  hypothetical protein  32.67 
 
 
210 aa  53.1  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.13866  normal  0.499993 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4477  flavin-nucleotide-binding protein  28.04 
 
 
189 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3889  flavin-nucleotide-binding protein  28.23 
 
 
216 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.282164  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3638  flavin-nucleotide-binding protein  28.23 
 
 
216 aa  52.8  0.000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.220848  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1387  hypothetical protein  26.72 
 
 
219 aa  52  0.000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.61444  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000555  predicted flavin-nucleotide-binding protein  26.32 
 
 
218 aa  51.6  0.000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0514  hypothetical protein  30.07 
 
 
261 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0134  hypothetical protein  30.07 
 
 
261 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1072  hypothetical protein  30.07 
 
 
261 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0308191  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0989  hypothetical protein  30.07 
 
 
261 aa  51.2  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.856623  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1479  hypothetical protein  30.07 
 
 
261 aa  51.2  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1397  hypothetical protein  30.07 
 
 
239 aa  50.8  0.000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2303  Uvs039  30.07 
 
 
239 aa  50.8  0.000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5179  putative flavin-nucleotide-binding protein  25.97 
 
 
211 aa  50.4  0.000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3191  5-nitroimidazole antibiotic resistance protein  34.72 
 
 
77 aa  49.7  0.00001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3402  hypothetical protein  29.82 
 
 
227 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.278918 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3056  hypothetical protein  29.82 
 
 
227 aa  49.7  0.00001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1692  hypothetical protein  29.37 
 
 
239 aa  49.7  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3004  hypothetical protein  29.38 
 
 
234 aa  48.9  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0558  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN- binding protein  24.48 
 
 
208 aa  49.3  0.00002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.192313  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05333  hypothetical protein  26.96 
 
 
218 aa  48.5  0.00003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3004  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding protein  28.38 
 
 
153 aa  48.1  0.00004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4532  hypothetical protein  25.87 
 
 
220 aa  47.8  0.00005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.427588  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1550  hypothetical protein  27.78 
 
 
227 aa  47.8  0.00006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0342013 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4187  hypothetical protein  26.9 
 
 
212 aa  47.4  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.877149  normal  0.040626 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0096  flavin-nucleotide-binding protein  23.62 
 
 
195 aa  47.4  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000283829  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0044  GCN5-related N-acetyltransferase  30.77 
 
 
355 aa  47  0.0001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0048  GCN5-related N-acetyltransferase  29.85 
 
 
359 aa  45.4  0.0002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2201  flavin-nucleotide-binding protein  25.81 
 
 
216 aa  45.4  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.697368  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0086  hypothetical protein  21.82 
 
 
216 aa  45.4  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2142  hypothetical protein  31.54 
 
 
226 aa  44.7  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.595619  normal  0.0167174 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0823  putative nitroimidazole resistance protein  24.85 
 
 
172 aa  44.3  0.0006  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.0109955  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3120  hypothetical protein  28.67 
 
 
227 aa  44.3  0.0007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1106  pyridoxamine 5'-phosphate oxidase-related FMN-binding  28.33 
 
 
216 aa  43.9  0.0008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3754  hypothetical protein  22.22 
 
 
214 aa  43.5  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>