52 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_3017 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_3017  hypothetical protein  100 
 
 
152 aa  315  1e-85  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.941348  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1233  hypothetical protein  96.05 
 
 
152 aa  305  1.0000000000000001e-82  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000690186 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0770  hypothetical protein  81.58 
 
 
151 aa  250  5.000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.790438  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2660  hypothetical protein  74.34 
 
 
151 aa  248  3e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0220  hypothetical protein  69.08 
 
 
151 aa  234  4e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0442149  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2649  hypothetical protein  68.42 
 
 
151 aa  229  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.505473  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3185  Iron-sulfur cluster-binding protein  59.6 
 
 
237 aa  181  3e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000998162 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2292  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  53.95 
 
 
258 aa  171  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3247  iron-sulfur cluster-binding protein  53.85 
 
 
243 aa  168  2e-41  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0504  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  53.06 
 
 
285 aa  160  7e-39  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.720822 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3949  hypothetical protein  48.98 
 
 
151 aa  157  4e-38  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21860  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.67 
 
 
242 aa  157  6e-38  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0294  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  52.78 
 
 
241 aa  156  9e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000282709  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3150  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50.35 
 
 
242 aa  156  1e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.568616  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4231  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  49.68 
 
 
273 aa  155  2e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0912391  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4206  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  49.01 
 
 
273 aa  154  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475063  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0035  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  48.63 
 
 
234 aa  152  2e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000757176  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0902  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50.68 
 
 
314 aa  151  2.9999999999999998e-36  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.533273  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0675  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  47.92 
 
 
249 aa  150  5e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00451529  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0153  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  52.41 
 
 
272 aa  150  5.9999999999999996e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000371436  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1492  iron-sulfur cluster-binding protein  48.61 
 
 
291 aa  150  5.9999999999999996e-36  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00658416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0137  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  57.63 
 
 
284 aa  149  1e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0147  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  51.3 
 
 
297 aa  149  1e-35  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0181618  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0307  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  50 
 
 
251 aa  148  2e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0713  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  50.69 
 
 
283 aa  148  2e-35  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2192  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  50.69 
 
 
277 aa  147  4e-35  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0232825  normal  0.226178 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0510  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  48.68 
 
 
293 aa  147  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0163  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  47.65 
 
 
226 aa  146  8e-35  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2454  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  47.97 
 
 
271 aa  145  1.0000000000000001e-34  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1172  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  47.68 
 
 
242 aa  146  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000311269  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1702  ferredoxin  47.59 
 
 
240 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0339  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  52.52 
 
 
265 aa  144  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.101668  normal  0.562339 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1980  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48.32 
 
 
300 aa  144  6e-34  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.167299  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4082  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding protein  50 
 
 
269 aa  143  8.000000000000001e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.210971  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0971  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  44.97 
 
 
237 aa  142  2e-33  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.425007  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2104  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  42.95 
 
 
250 aa  140  4e-33  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.0000000303229  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1749  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  48 
 
 
242 aa  141  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3448  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.42 
 
 
250 aa  139  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  unclonable  0.0000100698 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1823  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  45.33 
 
 
269 aa  139  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08160  4Fe-4S protein  53.39 
 
 
322 aa  135  2e-31  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.127337 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1359  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  47.55 
 
 
238 aa  134  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.98127  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1596  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  43.14 
 
 
229 aa  133  7.000000000000001e-31  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.239967  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1547  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.38 
 
 
263 aa  132  9.999999999999999e-31  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.05575  normal  0.0499617 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0912  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  49.66 
 
 
236 aa  130  7.999999999999999e-30  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  unclonable  0.000000000519227  hitchhiker  0.00000000000000416733 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1079  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  44.2 
 
 
240 aa  129  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00390588  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05970  4Fe-4S protein  44.22 
 
 
240 aa  127  4.0000000000000003e-29  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.526653 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1671  iron-sulfur cluster-binding protein  47.76 
 
 
284 aa  126  9.000000000000001e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.450491  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1280  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  40 
 
 
249 aa  120  6e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0429552  normal  0.627114 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0989  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  43.97 
 
 
293 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.580044 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2642  iron-sulfur cluster-binding protein  41.61 
 
 
253 aa  112  2.0000000000000002e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.317648  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1127  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain protein  46.94 
 
 
297 aa  110  7.000000000000001e-24  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000287541  normal  0.338285 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0703  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  42.76 
 
 
271 aa  108  3e-23  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>