More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2913 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2913  YceI family protein  100 
 
 
201 aa  404  1.0000000000000001e-112  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1312  YceI family protein  93.03 
 
 
201 aa  360  8e-99  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000260413 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3449  YceI  65.36 
 
 
196 aa  250  9.000000000000001e-66  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1207  YceI family protein  64.64 
 
 
197 aa  233  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00184458  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3066  YceI family protein  64.09 
 
 
197 aa  231  4.0000000000000004e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0262369 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3001  YceI family protein  59.65 
 
 
195 aa  229  2e-59  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000127378  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3826  YceI  57.06 
 
 
201 aa  214  5e-55  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4589  YceI  54.6 
 
 
186 aa  214  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000628693  normal  0.988938 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3889  YceI family protein  56.57 
 
 
201 aa  209  2e-53  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0543172  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3967  YceI family protein  55.37 
 
 
201 aa  208  5e-53  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2371  YceI family protein  51.55 
 
 
198 aa  204  8e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3638  YceI family protein  54.5 
 
 
214 aa  202  3e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.159017 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3701  YceI  51.43 
 
 
187 aa  192  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.634464  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3940  YceI family protein  52.33 
 
 
200 aa  190  1e-47  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0411323 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2406  YceI family protein  54.39 
 
 
201 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.213502  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2493  YceI family protein  53.49 
 
 
201 aa  182  3e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1456  hypothetical protein  53.8 
 
 
223 aa  181  7e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3639  YceI family protein  50.58 
 
 
182 aa  177  7e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.162528 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3307  YceI family protein  50 
 
 
182 aa  175  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.872006  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0992  YceI family protein  50.88 
 
 
183 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00460227  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0932  YceI  49.42 
 
 
183 aa  170  2e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.656064  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1722  YceI family protein  50.57 
 
 
183 aa  169  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0989  YceI family protein  50.29 
 
 
183 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.324604  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1870  YceI family protein  45.4 
 
 
182 aa  163  1.0000000000000001e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0076574  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4326  YceI family protein  47.09 
 
 
187 aa  164  1.0000000000000001e-39  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.113695  normal  0.313074 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3192  YceI family protein  44.19 
 
 
182 aa  162  3e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0530  YceI family protein  48.91 
 
 
186 aa  162  4.0000000000000004e-39  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.456104  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4425  YceI family protein  46.47 
 
 
188 aa  161  5.0000000000000005e-39  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3093  YceI family protein  46.93 
 
 
182 aa  159  2e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1565  YceI family protein  45.61 
 
 
182 aa  159  2e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3297  hypothetical protein  42.77 
 
 
191 aa  157  8e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.019174  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0861  YceI family protein  45.09 
 
 
177 aa  156  2e-37  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.47771  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3294  YceI family protein  46.37 
 
 
182 aa  155  3e-37  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07170  hypothetical protein  47.28 
 
 
181 aa  155  5.0000000000000005e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.155954 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2101  YceI family protein  45.51 
 
 
219 aa  154  9e-37  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.957341  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2737  YceI family protein  46.2 
 
 
181 aa  154  9e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0292655  normal  0.091865 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1092  YceI family protein  43.64 
 
 
195 aa  154  1e-36  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00011726  normal  0.0389048 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4591  YceI family protein  47.67 
 
 
190 aa  153  2e-36  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0955  YceI family protein  38.34 
 
 
186 aa  152  5e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2880  YceI family protein  45.6 
 
 
181 aa  149  2e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3757  YceI family protein  45.6 
 
 
181 aa  147  8e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4605  YceI family protein  42.53 
 
 
196 aa  147  8e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.534592  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0607  YceI family protein  43.64 
 
 
178 aa  147  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.372987 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1086  hypothetical protein  46.07 
 
 
181 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8737  YceI  42.47 
 
 
194 aa  146  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00890  hypothetical protein  44.25 
 
 
183 aa  146  2.0000000000000003e-34  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0518  YceI family protein  42.86 
 
 
181 aa  144  7.0000000000000006e-34  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.000000120674  hitchhiker  0.000476131 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7029  YceI family protein  41.14 
 
 
183 aa  144  1e-33  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.244841 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4409  YceI family protein  39.88 
 
 
177 aa  143  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1264  YceI family protein  44.86 
 
 
185 aa  142  2e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.556234  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0878  YceI family protein  37.65 
 
 
182 aa  142  3e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1869  YceI family protein  39.08 
 
 
189 aa  142  3e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.155995  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1711  YceI family protein  41.71 
 
 
188 aa  141  8e-33  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1733  YceI family protein  40 
 
 
177 aa  140  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4627  YceI family protein  42.94 
 
 
175 aa  139  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24290  hypothetical protein  45.35 
 
 
176 aa  139  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0570577  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0676  hypothetical protein  42.2 
 
 
174 aa  139  3.9999999999999997e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0885359  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1960  hypothetical protein  43.65 
 
 
196 aa  138  7e-32  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2933  YceI family protein  37.77 
 
 
182 aa  137  1e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.258273 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4058  YceI family protein  40.12 
 
 
176 aa  137  1e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.675999  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2505  YceI family protein  39.41 
 
 
179 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0958427 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1281  YceI family protein  39.18 
 
 
184 aa  136  2e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2815  YceI family protein  41.71 
 
 
175 aa  135  3.0000000000000003e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1457  YceI family protein  39.18 
 
 
177 aa  135  3.0000000000000003e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.83368  normal  0.522042 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0089  YceI family protein  37.06 
 
 
184 aa  135  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0441  YceI family protein  42.22 
 
 
183 aa  135  4e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.886129  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2233  YceI family protein  40.59 
 
 
199 aa  135  4e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.329585  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25500  hypothetical protein  39.66 
 
 
181 aa  135  5e-31  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1199  YceI family protein  45.98 
 
 
183 aa  134  7.000000000000001e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.144393  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0122  YceI family protein  42.69 
 
 
187 aa  134  9e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2208  YceI  38.33 
 
 
212 aa  133  9.999999999999999e-31  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0100235  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4261  YceI family protein  42.2 
 
 
182 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.651401  normal  0.0270494 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4031  YceI  42.2 
 
 
182 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.269923  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4106  YceI family protein  42.2 
 
 
182 aa  134  9.999999999999999e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0872  YceI family protein  44.25 
 
 
180 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.467624  normal  0.0780201 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2169  YceI family protein  45.35 
 
 
181 aa  132  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0221884 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2458  YceI family protein  35.75 
 
 
187 aa  133  1.9999999999999998e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00319405  normal  0.0447487 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0473  hypothetical protein  43.12 
 
 
189 aa  132  3e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.81293e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0382  YceI family protein  38.82 
 
 
175 aa  132  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.350696 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0092  YceI family protein  41.8 
 
 
209 aa  132  3.9999999999999996e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.441505  normal  0.027185 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4751  YceI family protein  44.51 
 
 
182 aa  132  5e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7583  YceI-like family protein  42.05 
 
 
202 aa  131  6e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.94246  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4531  YceI family protein  42.69 
 
 
181 aa  131  6.999999999999999e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.642699  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1380  YceI family protein  40.88 
 
 
187 aa  129  4.0000000000000003e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.181422  normal  0.385301 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2307  YceI family protein  37.65 
 
 
204 aa  127  8.000000000000001e-29  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.0000000152609  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3257  YceI family protein  40.46 
 
 
178 aa  127  1.0000000000000001e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0987348  normal  0.178917 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3514  YceI family protein  40.11 
 
 
285 aa  127  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2032  YceI  36.17 
 
 
192 aa  126  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.267829  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2271  YceI family protein  41.9 
 
 
180 aa  125  3e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14930  hypothetical protein  41.9 
 
 
182 aa  125  4.0000000000000003e-28  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1041  hypothetical protein  39.49 
 
 
189 aa  124  1e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.570231  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1467  YceI family protein  37.14 
 
 
175 aa  123  2e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000602513  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05924  hypothetical protein  43.04 
 
 
189 aa  123  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0195  YceI family protein  42.01 
 
 
187 aa  123  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3681  YceI  38.69 
 
 
201 aa  122  4e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.844775  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3656  YceI family protein  35.29 
 
 
180 aa  122  4e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0464334  normal  0.0393691 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0780  hypothetical protein  40 
 
 
196 aa  121  7e-27  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.263048  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1253  hypothetical protein  40.85 
 
 
191 aa  120  9.999999999999999e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.845086 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1224  hypothetical protein  40.85 
 
 
191 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.984654  normal  0.418516 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2032  hypothetical protein  40.85 
 
 
191 aa  119  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>