More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2905 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU1624  glycolate oxidase iron-sulfur subunit, putative  73.4 
 
 
416 aa  637    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0957956  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2905  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  100 
 
 
413 aa  839    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.201803  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1320  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  97.82 
 
 
413 aa  822    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5522600000000002e-26 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2198  hypothetical protein  74.94 
 
 
413 aa  637    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000446379  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1211  hypothetical protein  37.68 
 
 
442 aa  299  6e-80  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2368  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.95 
 
 
453 aa  298  9e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1209  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  37.44 
 
 
442 aa  298  2e-79  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1308  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  37.44 
 
 
442 aa  298  2e-79  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1347  putative glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  37.44 
 
 
442 aa  297  2e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1187  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.44 
 
 
442 aa  297  3e-79  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1385  putative glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  37.44 
 
 
442 aa  296  3e-79  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1189  (S)-2-hydroxy-acid oxidase  37.44 
 
 
442 aa  296  4e-79  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1017  hypothetical protein  38.41 
 
 
442 aa  296  4e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1449  putative glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  37.44 
 
 
442 aa  296  4e-79  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3997  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  37.2 
 
 
442 aa  295  1e-78  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.437745 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1409  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit, putative  37.2 
 
 
442 aa  294  2e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3607  hypothetical protein  38.85 
 
 
445 aa  294  2e-78  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.513097 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4555  hypothetical protein  39.34 
 
 
450 aa  293  3e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2533  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.78 
 
 
442 aa  293  4e-78  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0568  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.04 
 
 
433 aa  293  4e-78  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2831  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  39.42 
 
 
474 aa  291  2e-77  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1915  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.1 
 
 
452 aa  290  3e-77  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000454942  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4296  hypothetical protein  37.89 
 
 
441 aa  289  6e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1528  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.57 
 
 
465 aa  287  2e-76  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.389896  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3389  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.86 
 
 
445 aa  284  2.0000000000000002e-75  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.67964  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4801  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.38 
 
 
543 aa  280  4e-74  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.18268  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1980  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.62 
 
 
447 aa  278  1e-73  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.763883  normal  0.0943546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0162  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  36.65 
 
 
447 aa  277  2e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1953  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.38 
 
 
447 aa  276  5e-73  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4473  hypothetical protein  38.1 
 
 
435 aa  273  5.000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000823038 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0824  hypothetical protein  37.08 
 
 
435 aa  270  4e-71  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  unclonable  0.000000000698259 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5350  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.71 
 
 
453 aa  269  5.9999999999999995e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2951  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  37.05 
 
 
438 aa  269  8e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00704386  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5969  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.37 
 
 
445 aa  266  5e-70  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.913808  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2056  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  36.12 
 
 
471 aa  266  5e-70  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3273  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  38.07 
 
 
430 aa  265  1e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0481549  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0159  putative glycolate oxidase subunit (Fe-S) protein  38.11 
 
 
458 aa  265  2e-69  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.680239  normal  0.157547 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3045  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  36.32 
 
 
438 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  decreased coverage  0.00467666  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0353  hypothetical protein  36.82 
 
 
449 aa  261  1e-68  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3498  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  34.51 
 
 
463 aa  260  3e-68  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0039  hypothetical protein  34.31 
 
 
431 aa  256  4e-67  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000157521 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02300  Fe-S oxidoreductase  35.82 
 
 
428 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0819233  normal  0.515319 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1717  glycolate oxidase subunit (Fe-S) protein  35.89 
 
 
433 aa  253  4.0000000000000004e-66  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1012  glycolate oxidase iron-sulfur subunit, putative  33.9 
 
 
430 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.443233  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0189  putative glycolate oxidase subunit (Fe-S) protein  36.43 
 
 
453 aa  252  1e-65  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.103269  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2865  hypothetical protein  37.2 
 
 
438 aa  251  2e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0818138  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0987  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  34.58 
 
 
411 aa  246  6.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.965573  hitchhiker  0.00212312 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2756  hypothetical protein  37.04 
 
 
425 aa  246  6.999999999999999e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0623  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  36.32 
 
 
425 aa  244  1.9999999999999999e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0937  hypothetical protein  33.9 
 
 
432 aa  243  3.9999999999999997e-63  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2258  hypothetical protein  36.84 
 
 
412 aa  241  1e-62  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0882409 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  35.63 
 
 
440 aa  238  1e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.862313  normal  0.112166 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25781  Fe-S oxidoreductase  35.66 
 
 
507 aa  238  2e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1427  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  34.98 
 
 
420 aa  237  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0339  hypothetical protein  34.64 
 
 
460 aa  236  6e-61  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1372  hypothetical protein  32.13 
 
 
423 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000298572  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1136  hypothetical protein  37.23 
 
 
416 aa  231  2e-59  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.409696 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5001  hypothetical protein  35.32 
 
 
426 aa  231  2e-59  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.52714  normal  0.539309 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4517  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  30.6 
 
 
434 aa  224  2e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2919  hypothetical protein  34.53 
 
 
472 aa  223  4e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.209218 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2307  hypothetical protein  32.2 
 
 
423 aa  222  8e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0561  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  33.9 
 
 
423 aa  210  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3297  iron-sulfur cluster-binding protein  30.81 
 
 
421 aa  204  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3246  hypothetical protein  31.01 
 
 
421 aa  204  3e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000932954 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0706  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.07 
 
 
414 aa  203  6e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4384  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  30.99 
 
 
414 aa  202  9.999999999999999e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000797967  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3012  hypothetical protein  31.82 
 
 
435 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.863272  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0563  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.64 
 
 
426 aa  201  3e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0345  hypothetical protein  29.67 
 
 
431 aa  200  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.268241  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0576  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.97 
 
 
426 aa  199  7e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000399762 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3240  iron-sulfur cluster-binding protein  28.99 
 
 
430 aa  194  2e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.730489  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3083  protein of unknown function DUF162  30.14 
 
 
717 aa  192  9e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000122651  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1863  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.48 
 
 
430 aa  191  2e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1037  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  27.58 
 
 
432 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.106795  normal  0.550231 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2766  Fe-S oxidoreductase  28.19 
 
 
423 aa  189  8e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000181716  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5789  glycolate oxidase iron-sulfur subunit  32.17 
 
 
431 aa  189  8e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0680  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  30.05 
 
 
447 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.692361  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0525  hypothetical protein  29.4 
 
 
428 aa  188  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000837043  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0182  glycolate oxidase, iron-sulfur subunit  31.18 
 
 
433 aa  187  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0393  hypothetical protein  29.93 
 
 
437 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.544976  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2541  hypothetical protein  27.92 
 
 
446 aa  186  5e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000879151  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1993  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  29.11 
 
 
431 aa  186  7e-46  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0649  hypothetical protein  29.81 
 
 
421 aa  186  8e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1047  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  26.81 
 
 
429 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1748  iron-sulfur cluster binding protein  31.6 
 
 
399 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.187255  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3347  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.34 
 
 
465 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3151  hypothetical protein  30.65 
 
 
465 aa  183  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.668833 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3475  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  30.41 
 
 
465 aa  182  7e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.839195  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3264  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  28.78 
 
 
428 aa  182  8.000000000000001e-45  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.726047  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0396  hypothetical protein  31.12 
 
 
430 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.165591  normal  0.189703 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1761  hypothetical protein  31.24 
 
 
447 aa  181  2e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.826688 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2579  4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  30.77 
 
 
437 aa  180  4e-44  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.362833 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4734  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  31.99 
 
 
437 aa  180  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.960339  normal  0.585687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2305  hypothetical protein  29.15 
 
 
730 aa  179  1e-43  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3202  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  30.94 
 
 
438 aa  177  3e-43  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0361  protein of unknown function DUF224, cysteine-rich region  31.5 
 
 
443 aa  177  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0693  hypothetical protein  30.05 
 
 
446 aa  176  5e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0962448 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2540  protein of unknown function DUF224 cysteine-rich region domain protein  31.69 
 
 
432 aa  176  6e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0690  hypothetical protein  29.47 
 
 
714 aa  176  7e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0433  CoB--CoM heterodisulfide reductase  29.86 
 
 
722 aa  175  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.184544  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>