128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2901 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1465  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  72.42 
 
 		 740 aa  1125    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00781151  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4012  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.09 
 
 		 741 aa  991    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.225038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1354  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  58.78 
 
 		 741 aa  920    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.945441  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2897  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.53 
 
 		 743 aa  1008    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0583435  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0635  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  52.31 
 
 		 734 aa  778    Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.707304  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2629  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.76 
 
 		 741 aa  1019    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3356  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.59 
 
 		 743 aa  1000    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0469656  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3186  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  64.73 
 
 		 740 aa  1014    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.467142  normal  0.225365 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0287  isocitrate dehydrogenase  60.03 
 
 		 739 aa  939    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3120  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  59.7 
 
 		 745 aa  937    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4201  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  62.42 
 
 		 747 aa  979    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3594  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  64.55 
 
 		 741 aa  1008    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.942271 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5855  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  66.58 
 
 		 742 aa  1033    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0781482  normal  0.186883 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0459  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  71.23 
 
 		 741 aa  1111    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1410  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  72.26 
 
 		 741 aa  1129    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1359  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  71.2 
 
 		 740 aa  1108    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.00000000634164  hitchhiker  8.074690000000001e-18 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1101  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.76 
 
 		 739 aa  1026    Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1047  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  62.42 
 
 		 729 aa  926    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0617391  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2227  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  72.37 
 
 		 743 aa  1122    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.124629  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2203  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.06 
 
 		 739 aa  945    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.199816  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2371  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  56.14 
 
 		 731 aa  833    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0872233  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1684  isocitrate dehydrogenase (NADP+)  64.69 
 
 		 742 aa  1003    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.000000025647  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0532  isocitrate dehydrogenase NADP-dependent, monomeric type  67.8 
 
 		 742 aa  1039    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1831  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65 
 
 		 740 aa  1006    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.774798  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0525  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.5 
 
 		 744 aa  995    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0755459  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0315  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.76 
 
 		 739 aa  943    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.789094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3729  isocitrate dehydrogenase  61.34 
 
 		 747 aa  964    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0477  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  57.47 
 
 		 738 aa  835    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1912  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.71 
 
 		 742 aa  1036    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1209  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.44 
 
 		 750 aa  913    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.766417  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2377  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.9 
 
 		 743 aa  1038    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00123907  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1641  isocitrate dehydrogenase  62.82 
 
 		 737 aa  964    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1606  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.31 
 
 		 741 aa  1029    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.601658  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1681  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.44 
 
 		 741 aa  1030    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.642711  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1121  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.79 
 
 		 744 aa  947    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.833434 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2257  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.09 
 
 		 741 aa  996    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2571  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.03 
 
 		 742 aa  1021    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.124358  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30180  monomeric isocitrate dehydrogenase  62.74 
 
 		 741 aa  963    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1092  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.47 
 
 		 740 aa  950    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.0070622  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2523  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.71 
 
 		 742 aa  1036    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0065836  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1603  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.56 
 
 		 742 aa  964    Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.213758  normal  0.272046 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1750  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.17 
 
 		 741 aa  1028    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.307688  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0913  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  54.36 
 
 		 730 aa  797    Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.280691  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  70.37 
 
 		 741 aa  1106    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.721925  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3575  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.14 
 
 		 737 aa  947    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.115962  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2059  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  66.22 
 
 		 741 aa  1021    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0165822  normal  0.66664 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1226  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.44 
 
 		 750 aa  913    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.980555 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0983  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.44 
 
 		 742 aa  1040    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.614065  normal  0.0628792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3212  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.35 
 
 		 746 aa  917    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0090  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.38 
 
 		 747 aa  978    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0350175  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3680  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.3 
 
 		 745 aa  934    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.465452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2300  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.3 
 
 		 744 aa  942    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.288016  hitchhiker  0.00925586 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  58.28 
 
 		 745 aa  917    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0556  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  52.3 
 
 		 767 aa  781    Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2475  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.49 
 
 		 741 aa  1018    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00185423  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1236  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.43 
 
 		 745 aa  919    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.299875 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1563  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.94 
 
 		 739 aa  1031    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.37594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3455  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  58.85 
 
 		 749 aa  907    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0243949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0366  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.92 
 
 		 744 aa  947    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2230  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.9 
 
 		 741 aa  1020    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.23954  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2397  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  62.88 
 
 		 742 aa  968    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.942581  normal  0.0892636 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2181  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.46 
 
 		 740 aa  988    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0711  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent, monomeric type  65.14 
 
 		 741 aa  992    Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2194  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  83.69 
 
 		 743 aa  1302    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000647255  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1821  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.09 
 
 		 767 aa  992    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.111465 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2086  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.38 
 
 		 739 aa  961    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2087  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.89 
 
 		 740 aa  939    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10066  isocitrate dehydrogenase [NADP] icd2  59.35 
 
 		 745 aa  940    Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.655644 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3267  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.68 
 
 		 740 aa  940    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676188 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2583  NADP-dependent isocitrate dehydrogenase  62.74 
 
 		 741 aa  963    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.202906  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2468  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.36 
 
 		 741 aa  1015    Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00290005  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.6 
 
 		 744 aa  1115    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0301338 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1399  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  52.03 
 
 		 767 aa  775    Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1135  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  53.81 
 
 		 732 aa  794    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01563  socitrate dehydrogenase  65.68 
 
 		 741 aa  1000    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1088  monomeric isocitrate dehydrogenase  46.04 
 
 		 724 aa  642    Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.00133972  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1883  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  65.22 
 
 		 741 aa  1016    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.615158  decreased coverage  0.0000000395954 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2535  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.14 
 
 		 740 aa  1006    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4274  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.9 
 
 		 739 aa  953    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.876075  normal  0.344018 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1986  monomeric isocitrate dehydrogenase  56.6 
 
 		 722 aa  812    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.305088 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2588  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.76 
 
 		 741 aa  1021    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.540941  normal  0.0688936 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3645  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.95 
 
 		 744 aa  944    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.000734043  normal  0.208006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0771  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.71 
 
 		 741 aa  1035    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.318617  hitchhiker  0.000000506151 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3617  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.69 
 
 		 741 aa  970    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.162405  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3416  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  63.69 
 
 		 741 aa  990    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.379294 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2702  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.95 
 
 		 740 aa  997    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191551  normal  0.0232345 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2548  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.71 
 
 		 742 aa  1036    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00891697  hitchhiker  0.0000000308445 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2249  isocitrate dehydrogenase (NADP(+))  62.05 
 
 		 743 aa  964    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.267042  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4382  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.16 
 
 		 745 aa  926    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000594787 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0369  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  59.38 
 
 		 744 aa  937    Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2442  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  66.17 
 
 		 742 aa  1025    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000648853 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3132  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  65.31 
 
 		 741 aa  1013    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.405756 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2159  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  61.78 
 
 		 743 aa  961    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.171562  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5456  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.94 
 
 		 747 aa  955    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.897377  normal  0.0127926 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4080  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  67.66 
 
 		 742 aa  1045    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03994  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  64.81 
 
 		 743 aa  1007    Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0694  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  60.62 
 
 		 746 aa  942    Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00369778  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0553  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  71.91 
 
 		 741 aa  1119    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1624  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  84.5 
 
 		 742 aa  1312    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00119638  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0799  isocitrate dehydrogenase, NADP-dependent  68.56 
 
 		 739 aa  1075    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>