67 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2869 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2869  cytochrome C family protein  100 
 
 
1196 aa  2456    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00106509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0575  cytochrome c family protein  52.38 
 
 
1127 aa  395  1e-108  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3052  cytochrome C family protein  43.99 
 
 
1143 aa  345  2.9999999999999997e-93  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1198  cytochrome C family protein  44.11 
 
 
1143 aa  336  2e-90  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0571  cytochrome c family protein  47.18 
 
 
1848 aa  335  3e-90  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2883  cytochrome c family protein  34.34 
 
 
902 aa  304  7.000000000000001e-81  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0702  cytochrome c family protein  45.31 
 
 
1916 aa  303  1e-80  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3427  cytochrome C family protein  42.46 
 
 
1457 aa  286  1.0000000000000001e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.476422  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3426  cytochrome C family protein  40.79 
 
 
901 aa  279  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.360069  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2035  cytochrome C family protein  28.07 
 
 
1596 aa  269  2e-70  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0580  high-molecular-weight cytochrome c  44.36 
 
 
869 aa  265  3e-69  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2899  high-molecular-weight cytochrome c  41.98 
 
 
979 aa  259  2e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2882  cytochrome c family protein  43.34 
 
 
688 aa  258  4e-67  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3724  cytochrome C family protein  42.89 
 
 
1691 aa  256  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3563  cytochrome C family protein  47.32 
 
 
1276 aa  252  3e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0573  cytochrome C family protein  42.97 
 
 
1672 aa  241  6.999999999999999e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2470  high-molecular-weight cytochrome c  37.42 
 
 
1521 aa  239  3e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0576  hypothetical protein  34.31 
 
 
1284 aa  235  5e-60  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1834  cytochrome C family protein  36.84 
 
 
1611 aa  223  1.9999999999999999e-56  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3543  cytochrome C family protein  28.49 
 
 
957 aa  206  2e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3564  cytochrome C family protein  35.38 
 
 
955 aa  202  3e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0077  cytochrome C family protein  37.09 
 
 
2499 aa  199  4.0000000000000005e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0398  cytochrome C family protein  35.51 
 
 
672 aa  192  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1153  cytochrome C family protein  29.24 
 
 
958 aa  191  8e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1154  cytochrome C family protein  36.25 
 
 
1454 aa  189  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3470  cytochrome C family protein  29.09 
 
 
958 aa  189  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3542  cytochrome C family protein  37.05 
 
 
1453 aa  187  7e-46  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0498  cytochrome C family protein  32.58 
 
 
1281 aa  183  2e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.618718  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0499  cytochrome C family protein  31.96 
 
 
1379 aa  176  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00294186  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2884  cytochrome c family protein  25.23 
 
 
1038 aa  93.2  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0558  cytochrome c family protein  24.28 
 
 
1036 aa  87.8  0.000000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0075  cytochrome C family protein  27.25 
 
 
2222 aa  87.8  0.000000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3428  cytochrome C family protein  26.55 
 
 
1017 aa  83.6  0.00000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.624718  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3057  cytochrome C family protein  28.35 
 
 
1017 aa  82  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1922  hypothetical protein  32 
 
 
365 aa  79.7  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.058043  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1193  cytochrome C family protein  25.93 
 
 
1018 aa  79.3  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2912  cytochrome c family protein  23.39 
 
 
1046 aa  77.8  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.802585  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0497  cytochrome C family protein  25.09 
 
 
1053 aa  77.4  0.000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1867  cytochrome c family protein  26.79 
 
 
367 aa  74.7  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.189197 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0259  hypothetical protein  30.63 
 
 
571 aa  74.7  0.00000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0120  cytochrome C family protein  27.1 
 
 
2026 aa  72  0.00000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.345457  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1152  cytochrome C family protein  26.6 
 
 
1009 aa  67  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0581  high-molecular-weight cytochrome c  25.27 
 
 
2912 aa  65.5  0.000000006  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0601  hypothetical protein  25.99 
 
 
349 aa  64.7  0.00000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000425855  normal  0.13133 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2888  hypothetical protein  26.65 
 
 
1294 aa  63.5  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2898  high-molecular-weight cytochrome c  27.67 
 
 
2803 aa  63.5  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4123  hypothetical protein  22.69 
 
 
867 aa  63.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.751865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3108  cytochrome c family protein  29.15 
 
 
553 aa  63.9  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1786  cytochrome c family protein  24.93 
 
 
363 aa  62  0.00000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.999993  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0076  cytochrome C family protein  27.87 
 
 
1438 aa  62  0.00000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2754  hypothetical protein  27.59 
 
 
584 aa  62  0.00000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0741  hypothetical protein  27.07 
 
 
645 aa  60.1  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0951377  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3158  cytochrome C family protein  23.95 
 
 
597 aa  60.8  0.0000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3540  hypothetical protein  25.96 
 
 
1289 aa  58.9  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3417  cytochrome C family protein  26.61 
 
 
939 aa  57.8  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000650224  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1197  hypothetical protein  26.09 
 
 
392 aa  57.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.336279  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3544  cytochrome C family protein  23.82 
 
 
1106 aa  52.4  0.00005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3226  cytochrome c family protein  24.77 
 
 
576 aa  50.4  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1826  cytochrome C family protein  25.77 
 
 
1645 aa  50.1  0.0003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3049  cytochrome C family protein  23.26 
 
 
2081 aa  48.5  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2724  cytochrome c family protein  28.76 
 
 
704 aa  48.5  0.0007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1156  hypothetical protein  34.19 
 
 
176 aa  47  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3565  hypothetical protein  26.02 
 
 
1110 aa  47  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0300  hypothetical protein  24.38 
 
 
461 aa  45.8  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.124376  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0521  cytochrome C family protein  32.03 
 
 
383 aa  46.2  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2816  cytochrome c like protein  33.85 
 
 
655 aa  45.1  0.008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.16928  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3840  cytochrome C family protein  22.45 
 
 
331 aa  45.1  0.009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000859924  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>