49 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2312 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2312  transport-associated  100 
 
 		 271 aa  549  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.0000000102264  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1911  transport-associated protein  97.79 
 
 		 271 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.551319 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2809  transport-associated protein  69.6 
 
 		 273 aa  380  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00612028  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1979  transport-associated protein  64.1 
 
 		 273 aa  364  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000154767  normal  0.0601452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1925  transport-associated domain-containing protein  63.6 
 
 		 273 aa  333  1e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.237586  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1325  transport-associated protein  59.34 
 
 		 275 aa  316  3e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0768925  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0661  transport-associated  56.04 
 
 		 275 aa  311  7.999999999999999e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1509  response regulator receiver protein  32.32 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00063151  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4490  transport-associated  31.11 
 
 		 278 aa  99  7e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.947907  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0009  hypothetical protein  26.55 
 
 		 273 aa  93.6  3e-18  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3716  hypothetical protein  27.89 
 
 		 238 aa  83.6  0.000000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0901  putative cytidylate kinase, putative  27.32 
 
 		 214 aa  82.8  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00118892  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2798  transport-associated  28.15 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549341  normal  0.297998 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2397  hypothetical protein  25.19 
 
 		 270 aa  76.6  0.0000000000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3811  hypothetical protein  27.47 
 
 		 238 aa  75.9  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2398  response regulator receiver protein  26.39 
 
 		 271 aa  75.5  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0288  hypothetical protein  27.98 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.511661  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3455  hypothetical protein  28.93 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0569  cytidylate kinase  25.13 
 
 		 204 aa  72  0.000000000009  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0106  cytidylate kinase  27.12 
 
 		 201 aa  71.6  0.00000000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1486  hypothetical protein  26.04 
 
 		 234 aa  71.2  0.00000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3531  hypothetical protein  28.57 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0110536  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2114  hypothetical protein  25.53 
 
 		 202 aa  69.3  0.00000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000150815  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1793  hypothetical protein  23 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00000475363  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0672  hypothetical protein  26.53 
 
 		 236 aa  65.1  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0471907  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2332  hypothetical protein  26.46 
 
 		 245 aa  64.3  0.000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.38203  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3903  hypothetical protein  24.75 
 
 		 210 aa  62.8  0.000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00027123  normal  0.0133719 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0654  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 413 aa  61.6  0.00000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.113697  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2444  putative cytidylate kinase  27.78 
 
 		 237 aa  57.4  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.661126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0377  hypothetical protein  24.04 
 
 		 234 aa  57.4  0.0000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3706  hypothetical protein  26.92 
 
 		 204 aa  56.6  0.0000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1485  hypothetical protein  23.96 
 
 		 234 aa  56.6  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.520074  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2837  hypothetical protein  25.91 
 
 		 236 aa  57  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000106697  hitchhiker  2.88656e-20 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2646  hypothetical protein  25.26 
 
 		 229 aa  55.1  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0658  putative cytidylate kinase  19.44 
 
 		 207 aa  55.5  0.000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0357  hypothetical protein  23.37 
 
 		 234 aa  54.3  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000646753 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1957  membrane protein-like protein  26.56 
 
 		 473 aa  52.4  0.000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.217761  hitchhiker  0.00755155 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1652  hypothetical protein  25.58 
 
 		 229 aa  50.4  0.00003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000202399  normal  0.336802 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0626  cytidylate kinase  35.96 
 
 		 187 aa  49.7  0.00005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0922  hypothetical protein  21.84 
 
 		 209 aa  49.3  0.00006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.681802  normal  0.791137 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1705  hypothetical protein  22.33 
 
 		 209 aa  47.4  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.298807 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0168  putative hypoxanthine phosphoribosyl transferase with additional GAF motif  18.69 
 
 		 310 aa  45.8  0.0007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1336  hypothetical protein  23.76 
 
 		 259 aa  45.8  0.0008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0365  hypothetical protein  25.23 
 
 		 242 aa  45.4  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0656462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2321  cytidylate kinase  26.42 
 
 		 192 aa  44.3  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1109  cytidylate kinase  27.81 
 
 		 184 aa  43.9  0.003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0915  transport-associated  36.84 
 
 		 165 aa  43.1  0.005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.629645  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0950  transport-associated  37.68 
 
 		 171 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.788848 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1094  transport-associated  37.68 
 
 		 171 aa  43.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>