38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2183 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2183  cytochrome c, class I  100 
 
 
110 aa  219  9e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2044  cytochrome c, class I  81.91 
 
 
111 aa  159  2e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.81366e-16 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0155  cytochrome c, class I  54.55 
 
 
110 aa  113  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0331  cytochrome c, class I  52.73 
 
 
120 aa  110  8.000000000000001e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2743  cytochrome c family protein  53.76 
 
 
111 aa  101  4e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2628  cytochrome c class I  54.88 
 
 
138 aa  94.4  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1585  cytochrome c class I  38.81 
 
 
134 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00255347  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0558  cytochrome c family protein  52.05 
 
 
150 aa  88.6  3e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.271459  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2432  cytochrome c family protein  41.1 
 
 
104 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.471747  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0899  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  37.38 
 
 
112 aa  56.2  0.0000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3495  cytochrome c class I  34.38 
 
 
104 aa  53.9  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1529  cytochrome c6  28.85 
 
 
111 aa  52  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.389738  normal  0.935702 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_44056  cytochrome c6, cytochrome c553  35.14 
 
 
133 aa  52  0.000003  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_17581  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  38.36 
 
 
115 aa  50.4  0.000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3841  cytochrome c class I  35.71 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3891  cytochrome c class I  35.71 
 
 
113 aa  50.1  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.0499798 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2013  cytochrome c class I  31.78 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1200  cytochrome c6  30.19 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2038  cytochrome c class I  31.78 
 
 
111 aa  49.7  0.00001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00267664  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2561  cytochrome c, class I  31.78 
 
 
131 aa  49.3  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1630  cytochrome c6  30.69 
 
 
111 aa  48.5  0.00003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0702858 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0879  cytochrome c class I  29.91 
 
 
111 aa  48.5  0.00003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05781  hypothetical protein  31.17 
 
 
128 aa  48.5  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18191  cytochrome c, class IC:cytochrome c, class I  35.71 
 
 
125 aa  47.8  0.00005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0661236 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2542  putative cytochrome C6-2  29.13 
 
 
115 aa  47.4  0.00006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.0112262  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3862  cytochrome c class I  31.43 
 
 
111 aa  46.2  0.0002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4355  cytochrome c6  28.3 
 
 
110 aa  45.1  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0993  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  34.29 
 
 
104 aa  45.4  0.0003  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4618  cytochrome c, class I  28.21 
 
 
111 aa  43.5  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.993781  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0239  cytochrome C6 soluble cytochrome f  30 
 
 
112 aa  43.1  0.001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.783441 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0915  cytochrome c6  31.51 
 
 
124 aa  43.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.133204  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0010  cytochrome c  29.49 
 
 
123 aa  43.5  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06291  hypothetical protein  29.49 
 
 
123 aa  42.4  0.002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3983  cytochrome c class I  29.25 
 
 
111 aa  42.4  0.002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0716  cytochrome c  27.36 
 
 
117 aa  41.6  0.003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.459655  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0959  cytochrome c class I  30.12 
 
 
125 aa  42  0.003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.809714  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1014  cytochrome c6 (soluble cytochrome f) (cytochrome c553)  34.92 
 
 
128 aa  40.4  0.009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.156053  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5100  cytochrome c class I  30.53 
 
 
284 aa  40.4  0.009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.449412  normal  0.538396 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>