165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2039 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2039  CoA-substrate-specific enzyme activase  100 
 
 
256 aa  499  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2520  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  62.4 
 
 
253 aa  296  3e-79  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.491002  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1417  CoA enzyme activase  53.15 
 
 
260 aa  262  4e-69  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000376879  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0546  CoA-substrate-specific enzyme activase  54.92 
 
 
263 aa  259  4e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0987  CoA-substrate-specific enzyme activase  54.36 
 
 
269 aa  254  8e-67  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.429759 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0705  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  53.72 
 
 
269 aa  253  2.0000000000000002e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.455724 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1005  CoA enzyme activase  53.57 
 
 
255 aa  246  3e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.350991  hitchhiker  0.000148209 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0411  CoA enzyme activase  50 
 
 
258 aa  241  1e-62  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.882889  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16070  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  50.59 
 
 
260 aa  235  6e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0885  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  52.99 
 
 
259 aa  228  5e-59  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.71068  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1148  CoA-substrate-specific enzyme activase  48.24 
 
 
268 aa  228  9e-59  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.15664  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0200  CoA-substrate-specific enzyme activase  48.21 
 
 
539 aa  227  2e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000427749  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1773  CoA-substrate-specific enzyme activase  48.41 
 
 
263 aa  225  5.0000000000000005e-58  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.912116  normal  0.454124 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1279  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  50.21 
 
 
255 aa  223  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1468  CoA-substrate-specific enzyme activase  51.83 
 
 
256 aa  220  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1706  CoA-substrate-specific enzyme activase  50 
 
 
262 aa  221  9.999999999999999e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1898  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  46.03 
 
 
539 aa  215  5.9999999999999996e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1745  CoA-substrate-specific enzyme activase  45.28 
 
 
261 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0829  CoA-substrate-specific enzyme activase  41.5 
 
 
254 aa  211  7.999999999999999e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000428387 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3879  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  45.74 
 
 
269 aa  209  4e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1099  CoA-substrate-specific enzyme activase  44.44 
 
 
264 aa  206  3e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25420  CoA-substrate-specific enzyme activase, putative  46.75 
 
 
248 aa  202  3e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000315208  normal  0.628914 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1310  CoA-substrate-specific enzyme activase  46.85 
 
 
253 aa  202  3e-51  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2399  CoA-substrate-specific enzyme activase  47.03 
 
 
272 aa  199  3e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0893  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  43.13 
 
 
273 aa  193  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3161  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  46.3 
 
 
275 aa  193  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0040907  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4562  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  43.6 
 
 
255 aa  193  3e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3729  CoA-substrate-specific enzyme activase  43.6 
 
 
255 aa  193  3e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.367049  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4881  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  43.6 
 
 
255 aa  193  3e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.705619  normal  0.786718 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4770  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  43.6 
 
 
255 aa  193  3e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0874  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator (2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase component A)  43.36 
 
 
259 aa  191  1e-47  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4936  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  43.2 
 
 
255 aa  191  1e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04203  predicted ATPase, activator of (R)-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase  43.2 
 
 
255 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0419339  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5848  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  42.8 
 
 
255 aa  190  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04166  hypothetical protein  43.2 
 
 
255 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0259899  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3661  CoA-substrate-specific enzyme activase  42.8 
 
 
255 aa  189  5e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0497003  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3452  CoA-substrate-specific enzyme activase  43.55 
 
 
261 aa  187  1e-46  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0428  (R)-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  42.98 
 
 
256 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.215923  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11310  CoA-substrate-specific enzyme activase, putative  42.97 
 
 
247 aa  182  4.0000000000000006e-45  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.45767 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2771  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  41.18 
 
 
267 aa  182  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2772  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  40.33 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1693  CoA-substrate-specific enzyme activase  39.92 
 
 
250 aa  181  9.000000000000001e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2057  CoA enzyme activase  43.82 
 
 
256 aa  181  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.712882 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3911  CoA-substrate-specific enzyme activase  41.7 
 
 
264 aa  180  2e-44  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0118  CoA-substrate-specific enzyme activase  43.23 
 
 
267 aa  176  2e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00112536  hitchhiker  0.00758509 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0864  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  45.91 
 
 
249 aa  176  4e-43  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.224978  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0786  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  45.06 
 
 
274 aa  176  5e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.260383  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0387  (R)-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  39.68 
 
 
249 aa  174  9.999999999999999e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000890821  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1133  putative CoA-substrate-specific enzyme activase, putative  39.62 
 
 
259 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.0000196227  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0090  CoA-substrate-specific enzyme activase  42.86 
 
 
253 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0089  CoA enzyme activase  41.95 
 
 
259 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3160  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  42.47 
 
 
267 aa  169  4e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2776  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  41.54 
 
 
272 aa  168  7e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2945  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator, putative  44.62 
 
 
248 aa  166  4e-40  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2023  CoA-substrate-specific enzyme activase  38.52 
 
 
251 aa  166  4e-40  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.124243  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0619  CoA-substrate-specific enzyme activase  39.39 
 
 
359 aa  166  5e-40  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1326  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  40.08 
 
 
242 aa  163  2.0000000000000002e-39  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0887236  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1928  CoA-substrate-specific enzyme activase  40.15 
 
 
258 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2868  CoA-substrate-specific enzyme activase  39.69 
 
 
272 aa  162  5.0000000000000005e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0272  CoA enzyme activase  41.02 
 
 
268 aa  161  8.000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.727827  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1347  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  37.65 
 
 
246 aa  161  1e-38  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1277  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  40.78 
 
 
259 aa  160  2e-38  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1358  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  37.01 
 
 
244 aa  158  8e-38  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.512731  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0604  CoA-substrate-specific enzyme activase  38.43 
 
 
246 aa  158  9e-38  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1412  CoA-substrate-specific enzyme activase  39.3 
 
 
272 aa  157  1e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1349  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  38.06 
 
 
242 aa  154  1e-36  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  hitchhiker  0.00045569 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2398  CoA-substrate-specific enzyme activase  39 
 
 
266 aa  149  6e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4398  CoA-substrate-specific enzyme activase  43.72 
 
 
266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000662171  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1685  CoA-substrate-specific enzyme activase  44.35 
 
 
255 aa  143  3e-33  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.820549 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0253  CoA-substrate-specific enzyme activase  41.86 
 
 
244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0544  BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase family protein  38.1 
 
 
283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_485  BadF/BadG/BcrA/BcrD ATPase  38.1 
 
 
283 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0520  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  37.94 
 
 
283 aa  136  4e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.211756  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2949  benzoyl-CoA reductase, subunit A  40.27 
 
 
438 aa  132  6e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1027  benzoyl-CoA reductase, subunit A  41.41 
 
 
437 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.817677  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1536  benzoyl-CoA reductase, subunit A  40.4 
 
 
437 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0452  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  33.47 
 
 
251 aa  127  2.0000000000000002e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0201  CoA-substrate-specific enzyme activase  40.23 
 
 
347 aa  127  2.0000000000000002e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.655613 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1123  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  39.61 
 
 
327 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3897  CoA-substrate-specific enzyme activase  38.28 
 
 
1343 aa  126  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0726  benzoyl-CoA reductase, subunit A  39.25 
 
 
437 aa  126  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.810305  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1370  CoA enzyme activase  40 
 
 
319 aa  126  4.0000000000000003e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3624  CoA-substrate-specific enzyme activase  37.63 
 
 
275 aa  124  2e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000071885  normal  0.336364 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2687  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  32.94 
 
 
251 aa  123  3e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00343965  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0632  CoA-substrate-specific enzyme activase domain-containing protein  36.02 
 
 
331 aa  122  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1977  CoA-substrate-specific enzyme activase  40.94 
 
 
339 aa  122  6e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2218  CoA-substrate-specific enzyme activase  41.9 
 
 
323 aa  122  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3433  CoA-substrate-specific enzyme activase  38.37 
 
 
344 aa  121  9e-27  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1465  CoA-substrate-specific enzyme activase  37.64 
 
 
330 aa  121  9.999999999999999e-27  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3104  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  33.46 
 
 
256 aa  121  9.999999999999999e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1539  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  33.72 
 
 
1036 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1035  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  36.86 
 
 
327 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2557  2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator  37.25 
 
 
320 aa  120  1.9999999999999998e-26  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.00000851772  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0386  CoA-substrate-specific enzyme activase  35.27 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0392  CoA-substrate-specific enzyme activase  35.27 
 
 
256 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2926  (R)-2-hydroxyglutaryl-CoA dehydratase activator, putative  37.45 
 
 
253 aa  120  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0484  putative CoA-substrate-specific enzyme activase  37.75 
 
 
256 aa  119  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2076  CoA-substrate-specific enzyme activase  37.21 
 
 
329 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.460545  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0453  CoA-substrate-specific enzyme activase  34.98 
 
 
1415 aa  119  3.9999999999999996e-26  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1149  CoA enzyme activase  38.65 
 
 
320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>