More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1932 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1932  ABC transporter related protein  100 
 
 
248 aa  499  1e-140  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00255017  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2285  ABC transporter related  98.79 
 
 
248 aa  495  1e-139  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000000014239 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3404  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  78.33 
 
 
240 aa  385  1e-106  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0452934  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1820  ABC transporter related  74.45 
 
 
248 aa  345  4e-94  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.327234  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1387  ATPase  68.72 
 
 
243 aa  343  1e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.212877  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2492  ABC transporter related  69.55 
 
 
243 aa  340  1e-92  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1342  ABC transporter related  69.55 
 
 
243 aa  338  5e-92  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.494343 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1461  ABC transporter related  66.94 
 
 
246 aa  336  1.9999999999999998e-91  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0862  ABC transporter related  64.52 
 
 
248 aa  334  5.999999999999999e-91  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.94848 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1826  ABC transporter related  65.85 
 
 
247 aa  333  1e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0836397  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0591  ABC transporter related  67.5 
 
 
255 aa  332  2e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0291942  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2308  ATPase  66.67 
 
 
246 aa  332  4e-90  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00400127  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0335  ABC transporter related  66.67 
 
 
249 aa  326  2.0000000000000001e-88  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.739682  normal  0.0719591 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2020  ABC transporter related  70.18 
 
 
246 aa  324  7e-88  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.55147 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0377  ABC transporter-like  63.93 
 
 
244 aa  322  3e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.250088 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2788  ABC transporter related  64.73 
 
 
243 aa  320  9.999999999999999e-87  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1105  ABC transporter related  62.9 
 
 
258 aa  318  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.750493 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6440  ABC transporter related  62.9 
 
 
258 aa  318  3.9999999999999996e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2217  ABC transporter related  64.32 
 
 
243 aa  317  9e-86  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.565902  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0739  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.29 
 
 
269 aa  317  1e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1477  ABC transporter related  63.75 
 
 
242 aa  316  3e-85  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0745  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  61.29 
 
 
249 aa  315  4e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0125  ABC transporter related protein  61.73 
 
 
246 aa  315  4e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.525287  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1343  ABC transporter related  62.86 
 
 
246 aa  315  4e-85  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.995415  normal  0.559394 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1116  ABC transporter related  63.75 
 
 
267 aa  315  5e-85  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.888431  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1042  ABC transporter related  65.52 
 
 
241 aa  314  6e-85  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0556178  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0297  ABC transporter related  64.02 
 
 
263 aa  315  6e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2805  ABC transporter related protein  64.17 
 
 
242 aa  314  9.999999999999999e-85  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0396  ABC transporter related  65.45 
 
 
253 aa  313  9.999999999999999e-85  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000127447  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1757  ABC transporter related  61.69 
 
 
257 aa  313  1.9999999999999998e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.931252  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_360  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  65.04 
 
 
284 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.0000584312  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4549  ABC transporter related  64.02 
 
 
258 aa  312  2.9999999999999996e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0417  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  64.63 
 
 
253 aa  311  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00684125  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3519  ABC transporter related protein  62.92 
 
 
240 aa  311  3.9999999999999997e-84  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0443  ABC transporter related  62.3 
 
 
244 aa  311  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.996427  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2763  ATPase  64.32 
 
 
243 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0502  ABC transporter related  64.17 
 
 
244 aa  311  4.999999999999999e-84  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2028  ABC transporter related  61.25 
 
 
242 aa  311  4.999999999999999e-84  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.00425116  hitchhiker  0.0013644 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1137  ABC transporter related  64.17 
 
 
240 aa  311  4.999999999999999e-84  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0546952  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0817  ABC transporter related  61.25 
 
 
244 aa  311  6.999999999999999e-84  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.251466  normal  0.134022 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2554  ABC transporter related  60.48 
 
 
269 aa  311  9e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0405384  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5813  ABC transporter ATP-binding protein  63.52 
 
 
244 aa  311  9e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.291445  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4041  ABC transporter related  60.67 
 
 
247 aa  310  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.662899  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0630  ABC transporter related  65.09 
 
 
263 aa  310  1e-83  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1560  ABC transporter related  60.94 
 
 
257 aa  310  1e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.643949 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2857  ABC transporter related  63.75 
 
 
244 aa  310  1e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.969115 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67030  ABC transporter ATP-binding protein  63.11 
 
 
244 aa  309  2e-83  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2835  ABC transporter related  65.09 
 
 
246 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.950118  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0396  ABC transporter related  63.18 
 
 
262 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.254108  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0737  ABC transporter-like  61.38 
 
 
246 aa  309  2.9999999999999997e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1750  ABC glutamate/glutamine/aspartate/asparagine transporter, ATPase subunit bztD  63.18 
 
 
262 aa  309  2.9999999999999997e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135417  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0796  ABC transporter related  64.85 
 
 
257 aa  309  2.9999999999999997e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.241057  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3926  putative amino acid transport protein, ATP-binding protein  62.5 
 
 
247 aa  308  5e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.296191  normal  0.474627 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3912  ABC transporter related protein  62.92 
 
 
262 aa  308  5e-83  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1428  ATPase  61.67 
 
 
242 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0540  ABC transporter-related protein  61.25 
 
 
243 aa  308  5.9999999999999995e-83  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.453027  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1920  ABC transporter related  64.02 
 
 
249 aa  308  5.9999999999999995e-83  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1064  ABC transporter related  64.58 
 
 
252 aa  307  8e-83  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.737495 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1498  ABC transporter related  62.6 
 
 
257 aa  307  8e-83  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.293491 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2909  ABC transporter related  62.81 
 
 
246 aa  307  9e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.530548  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2525  ABC transporter-like protein protein  63.71 
 
 
246 aa  307  1.0000000000000001e-82  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3400  hypothetical protein  61.41 
 
 
244 aa  307  1.0000000000000001e-82  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0818421  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1128  ABC transporter related  63.33 
 
 
242 aa  307  1.0000000000000001e-82  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.989355 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2500  ABC transporter related  62.34 
 
 
262 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0972134  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0055  general L-amino acid transport ATP-binding protein  63.6 
 
 
268 aa  306  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2758  ABC transporter related  61.35 
 
 
252 aa  305  3e-82  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5873  ABC transporter related  64.22 
 
 
273 aa  305  3e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0996004  normal  0.734051 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2554  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (amino acid)  62.76 
 
 
256 aa  305  3e-82  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20723  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2561  ABC transporter related  61.57 
 
 
246 aa  305  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.490284  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4396  ABC transporter related  59.58 
 
 
259 aa  305  5.0000000000000004e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2054  general L-amino acid transport ATP-binding subunit  60.16 
 
 
249 aa  305  5.0000000000000004e-82  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.3926  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2152  ABC transporter related  61.67 
 
 
242 aa  305  6e-82  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.104649 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3704  ABC transporter related  60.16 
 
 
253 aa  304  7e-82  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.310389  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6378  ABC transporter related  65.09 
 
 
273 aa  304  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.324634  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003414  ABC-type polar amino acid transport system ATPase component  60.57 
 
 
249 aa  303  1.0000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000616788  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4510  ABC transporter related  62.76 
 
 
266 aa  303  1.0000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00592633  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3557  ABC transporter related  62.39 
 
 
253 aa  303  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.233351 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2552  ABC transporter related  62.08 
 
 
245 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0221216  normal  0.68713 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0226  ABC transporter related  59.76 
 
 
253 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.942715  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1001  ABC transporter component  64.22 
 
 
267 aa  303  2.0000000000000002e-81  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.217472  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2453  ABC transporter related protein  60.83 
 
 
242 aa  303  2.0000000000000002e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02364  ABC-type polar amino acid transport system, ATPase  60.16 
 
 
249 aa  303  2.0000000000000002e-81  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0321  glutamate/glutamine/aspartate/asparagine ABC transport ATP-binding  62.34 
 
 
258 aa  302  3.0000000000000004e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.276358  normal  0.457002 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0230  ABC transporter related protein  59.76 
 
 
253 aa  302  4.0000000000000003e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.653614  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5022  amino acid ABC transporter ATP-binding protein  63.11 
 
 
244 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.670825  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0693  ABC transporter-related protein  60.25 
 
 
249 aa  301  5.000000000000001e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.413615  normal  0.685528 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1940  ABC transporter related  61.11 
 
 
263 aa  301  6.000000000000001e-81  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00554331  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1467  glutamine ABC transporter, ATP-binding protein, GlnQ putative  60.67 
 
 
246 aa  301  6.000000000000001e-81  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1072  glutamine ABC transporter, ATP-binding protein  59.58 
 
 
240 aa  301  9e-81  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.244358  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4750  ABC transporter related  62.08 
 
 
239 aa  300  1e-80  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000409698  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4896  ABC transporter related  62.7 
 
 
244 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0657003  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1526  ABC transporter, ATPase subunit  62.93 
 
 
247 aa  300  1e-80  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.529546  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2055  ABC transporter related protein  62.92 
 
 
244 aa  300  1e-80  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0123  ABC transporter related  60.83 
 
 
255 aa  300  1e-80  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5072  ABC transporter related  62.7 
 
 
244 aa  300  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0972  amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  60.42 
 
 
251 aa  300  1e-80  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000308614  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1048  ABC transporter-like protein  62.5 
 
 
245 aa  300  2e-80  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4427  ABC transporter related  62.93 
 
 
254 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.120026  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3745  ABC transporter related  61.8 
 
 
259 aa  299  2e-80  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4373  ABC transporter related  61.41 
 
 
264 aa  299  3e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>