111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1879 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1879  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  100 
 
 		 399 aa  820    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2331  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  98.5 
 
 		 399 aa  808    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2382  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  72.73 
 
 		 397 aa  613  9.999999999999999e-175  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.827176  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1428  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  69.17 
 
 		 399 aa  593  1e-168  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.697984  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1818  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  65.91 
 
 		 399 aa  566  1e-160  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2464  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  64.16 
 
 		 399 aa  525  1e-148  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  0.00281274  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1514  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  61.75 
 
 		 401 aa  522  1e-147  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0629609  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0776  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  63.48 
 
 		 398 aa  521  1e-147  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00516365  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2140  proposed homoserine kinase  53.37 
 
 		 403 aa  434  1e-121  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1292  phosphoglycerate mutase  51.13 
 
 		 402 aa  431  1e-119  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1982  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  53.62 
 
 		 401 aa  425  1e-118  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.19829  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0860  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  53.38 
 
 		 398 aa  422  1e-117  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0814  phosphoglycerate mutase  50.5 
 
 		 397 aa  406  1.0000000000000001e-112  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00580261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1058  proposed homoserine kinase  52.55 
 
 		 405 aa  405  1.0000000000000001e-112  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000000198822  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0545  proposed homoserine kinase  53.27 
 
 		 392 aa  403  1e-111  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  hitchhiker  0.000221048  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1375  proposed homoserine kinase  50.5 
 
 		 402 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0348409  decreased coverage  0.00000000388433 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1217  proposed homoserine kinase  49.63 
 
 		 407 aa  393  1e-108  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.755829  normal  0.625905 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1301  phosphoglycerate mutase  47.13 
 
 		 404 aa  385  1e-106  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0182  proposed homoserine kinase  49.27 
 
 		 402 aa  382  1e-105  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.213928  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0447  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  49.24 
 
 		 385 aa  377  1e-103  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0702  proposed homoserine kinase  48.28 
 
 		 384 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.350823  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0839  phosphoglycerate mutase  49.35 
 
 		 387 aa  338  8e-92  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.654535  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1517  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  44.39 
 
 		 393 aa  334  2e-90  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000830459  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2019  proposed homoserine kinase  47.92 
 
 		 383 aa  333  3e-90  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.734369  normal  0.229701 
 
 
-
 
NC_002936  DET1635  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  43.64 
 
 		 393 aa  327  2.0000000000000001e-88  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0256807  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1380  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  43.39 
 
 		 393 aa  324  2e-87  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000857382  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0308  proposed homoserine kinase  43.46 
 
 		 402 aa  320  1.9999999999999998e-86  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0678  proposed homoserine kinase  42.5 
 
 		 383 aa  320  3e-86  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.469269  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3387  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  41.19 
 
 		 396 aa  313  4.999999999999999e-84  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1930  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  40 
 
 		 398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1394  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  33.5 
 
 		 414 aa  209  7e-53  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0750  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  34.73 
 
 		 406 aa  209  1e-52  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0425  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  34.79 
 
 		 411 aa  208  2e-52  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.7315  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_2238  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  33.33 
 
 		 413 aa  203  4e-51  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.352905  hitchhiker  0.000738733 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1101  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  33.83 
 
 		 409 aa  203  5e-51  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  hitchhiker  0.00000230505  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0182  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  35.96 
 
 		 406 aa  203  5e-51  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0139  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  35.31 
 
 		 406 aa  202  6e-51  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0684  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  35.59 
 
 		 406 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.874512 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1567  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  31.95 
 
 		 429 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0159042  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1234  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  34.57 
 
 		 406 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1668  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  32.31 
 
 		 411 aa  182  8.000000000000001e-45  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.00087523 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2656  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  32.19 
 
 		 411 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.467628  normal  0.928465 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1043  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  31.08 
 
 		 411 aa  179  1e-43  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.333439  hitchhiker  0.00192183 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1474  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  31.98 
 
 		 411 aa  177  3e-43  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  0.260461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1540  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  31 
 
 		 411 aa  176  7e-43  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.101045 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2095  phosphoglycerate mutase  32.43 
 
 		 378 aa  169  1e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0717657 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0645  phosphoglycerate mutase  33.25 
 
 		 406 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.4805  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2732  phosphoglycerate mutase  29.78 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0007  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  31.01 
 
 		 419 aa  159  7e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1046  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  28.5 
 
 		 426 aa  153  5e-36  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.822393  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1600  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  27.59 
 
 		 409 aa  144  3e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.969121  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0340  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  28.01 
 
 		 421 aa  140  3e-32  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.236213  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1062  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  29.33 
 
 		 401 aa  139  1e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000191517  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1050  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  29.92 
 
 		 401 aa  137  5e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.579246  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0773  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  29.57 
 
 		 402 aa  134  3.9999999999999996e-30  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.813794  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2232  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  28.14 
 
 		 408 aa  133  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2948  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  28.46 
 
 		 403 aa  133  6e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1409  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  28.61 
 
 		 402 aa  132  1.0000000000000001e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.490249  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0840  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  26.1 
 
 		 426 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0081  Phosphoglycerate mutase  27.86 
 
 		 409 aa  131  3e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1566  phosphoglycerate mutase  25 
 
 		 426 aa  127  3e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1111  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  25.62 
 
 		 426 aa  126  7e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0537  phosphoglycerate mutase  27.34 
 
 		 428 aa  124  3e-27  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1117  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  25.44 
 
 		 426 aa  124  4e-27  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.822723  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0139  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  26.54 
 
 		 403 aa  124  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.603169  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0339  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  25.49 
 
 		 432 aa  122  9.999999999999999e-27  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.800156  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_650  phophosphoglycerate mutase AP superfamily  27.13 
 
 		 401 aa  122  1.9999999999999998e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0673  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  27.44 
 
 		 401 aa  121  3e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.739851  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0466  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  26.03 
 
 		 409 aa  119  7.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1414  Phosphoglycerate mutase  29.2 
 
 		 421 aa  117  5e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0743  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  26.89 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0824  phosphonopyruvate decarboxylase-related protein  27.59 
 
 		 433 aa  116  7.999999999999999e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000255379  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0732  cofactor-independent phosphoglycerate mutase  26.83 
 
 		 401 aa  114  2.0000000000000002e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.17972  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1620  phosphoglycerate mutase  26.32 
 
 		 428 aa  88.6  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.549982  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1008  phosphoglycerate mutase  25.39 
 
 		 428 aa  83.6  0.000000000000005  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.27356  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2416  hypothetical protein  26.57 
 
 		 348 aa  67  0.0000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.845758  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0294  phosphoglycerate mutase  23.08 
 
 		 428 aa  67  0.0000000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1820  putative signal peptide protein  32.71 
 
 		 339 aa  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.807416  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1814  regulatory protein  38.71 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0110601  normal  0.0340193 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0123  hypothetical protein  26.46 
 
 		 317 aa  60.8  0.00000004  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00084  RpfE regulatory protein  31.48 
 
 		 306 aa  60.8  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.620416  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1970  hypothetical protein  28.12 
 
 		 356 aa  60.8  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00552765  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1763  hypothetical protein  43.1 
 
 		 334 aa  60.1  0.00000007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.724575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2837  hypothetical protein  27.22 
 
 		 345 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.601458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0454  regulatory protein  32.81 
 
 		 306 aa  56.2  0.0000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2066  hypothetical protein  25.62 
 
 		 301 aa  56.2  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1075  hypothetical protein  23.42 
 
 		 366 aa  55.5  0.000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0562211  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1116  putative signal peptide protein  25.77 
 
 		 359 aa  52.8  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0385568  normal  0.357874 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1188  signal peptide protein  31.3 
 
 		 351 aa  52.4  0.00001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0395  regulatory protein  31.25 
 
 		 306 aa  52.8  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1470  phosphoglycerate mutase  19.67 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1039  hypothetical protein  30.93 
 
 		 372 aa  51.2  0.00003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.306566 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1250  hypothetical protein  25.96 
 
 		 350 aa  50.1  0.00007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00240974  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1697  hypothetical protein  29.05 
 
 		 407 aa  49.3  0.0001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2719  hypothetical protein  28.37 
 
 		 541 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0891  phosphoglyceromutase  30.11 
 
 		 490 aa  49.3  0.0001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3114  hypothetical protein  29.05 
 
 		 358 aa  49.7  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.21409  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2587  hypothetical protein  29.05 
 
 		 358 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2641  hypothetical protein  29.05 
 
 		 358 aa  49.7  0.0001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.192728  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1477  hypothetical protein  29.05 
 
 		 358 aa  49.7  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.729262  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>