53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1824 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1824  UbiA prenyltransferase  100 
 
 		 250 aa  489  1e-137  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.547794  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2426  UbiA prenyltransferase  91.2 
 
 		 250 aa  412  1e-114  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1557  UbiA prenyltransferase  41.54 
 
 		 284 aa  126  3e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0986  UbiA prenyltransferase  32.74 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.665477  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11100  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase-like prenyltransferase  36.46 
 
 		 287 aa  84.3  0.000000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.197382 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2470  UbiA prenyltransferase  36.99 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0292823  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0288  UbiA prenyltransferase  32.78 
 
 		 241 aa  77.8  0.0000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.16612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2286  UbiA prenyltransferase  34.84 
 
 		 309 aa  68.6  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.3473 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2883  UbiA prenyltransferase  31.62 
 
 		 289 aa  58.9  0.00000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0088223 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0160  UbiA prenyltransferase  28.65 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.000799272  hitchhiker  0.000000000000598028 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7263  UbiA prenyltransferase  31.79 
 
 		 300 aa  57  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000688363  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2631  UbiA prenyltransferase  35.26 
 
 		 302 aa  55.5  0.0000009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1679  prenyltransferase  38.05 
 
 		 281 aa  54.7  0.000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.558367  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2325  UbiA prenyltransferase  39.36 
 
 		 292 aa  54.3  0.000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  decreased coverage  0.00527933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0429  UbiA prenyltransferase  37.21 
 
 		 292 aa  53.1  0.000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.270535  normal  0.910101 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_3192  UbiA prenyltransferase  35.4 
 
 		 283 aa  53.1  0.000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.726332  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1647  Geranylgeranylglycerol-phosphate geranylgeranyltransferase  29.13 
 
 		 282 aa  53.1  0.000004  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.114853  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0795  prenyltransferase  38.3 
 
 		 282 aa  52.8  0.000005  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.686663  hitchhiker  0.00000276603 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0209  bacteriochlorophyll c synthase  29.15 
 
 		 334 aa  51.6  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0780  UbiA prenyltransferase  33.1 
 
 		 336 aa  51.6  0.00001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0315  prenyltransferase  30.84 
 
 		 283 aa  50.4  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1142  UbiA prenyltransferase  40.45 
 
 		 267 aa  49.7  0.00004  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2562  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  28.71 
 
 		 307 aa  48.1  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1697  prenyltransferase  36 
 
 		 279 aa  47.4  0.0002  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1040  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  29.17 
 
 		 279 aa  46.6  0.0004  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1843  prenyltransferase  40.51 
 
 		 279 aa  46.2  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.183334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0977  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  29.69 
 
 		 278 aa  45.4  0.0008  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.92785  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2360  bacteriochlorophyll c synthase  26.92 
 
 		 333 aa  45.4  0.0008  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.663632  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3184  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  27.44 
 
 		 313 aa  45.4  0.0008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.934853  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1486  4-hydroxybenzoate polyprenyl transferase  27.95 
 
 		 323 aa  45.1  0.001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.254161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0238  bacteriochlorophyll c synthase  25.35 
 
 		 334 aa  45.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.325704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1998  bacteriochlorophyll c synthase  44.19 
 
 		 333 aa  44.7  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.451912 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0876  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  32.59 
 
 		 326 aa  45.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.140721 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1933  (S)-2,3-di-O-geranylgeranylglyceryl phosphate synthase  44.44 
 
 		 284 aa  44.3  0.002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0941  bacteriochlorophyll c synthase  37.31 
 
 		 337 aa  44.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.459505 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1538  bacteriochlorophyll c synthase  28.57 
 
 		 338 aa  44.3  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0165  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  32.81 
 
 		 303 aa  44.3  0.002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4711  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  29.01 
 
 		 310 aa  43.9  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2172  bacteriochlorophyll c synthase  26.92 
 
 		 333 aa  43.5  0.003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0625  prenyltransferase  30.3 
 
 		 280 aa  43.5  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.24131  normal  0.221507 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1089  UbiA prenyltransferase  34.09 
 
 		 313 aa  43.1  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1502  phosphoribose diphosphate:decaprenyl-phosphate phosphoribosyltransferase  32.84 
 
 		 284 aa  42.7  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.130276  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0636  prenyltransferase  27.88 
 
 		 277 aa  43.1  0.005  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1849  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  27.62 
 
 		 316 aa  42.7  0.006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000654272 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4114  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  29.89 
 
 		 316 aa  42.4  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.82541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1902  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  30.43 
 
 		 288 aa  42.4  0.007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1016  UbiA prenyltransferase  52.5 
 
 		 284 aa  42.4  0.007  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3773  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.1 
 
 		 288 aa  42.4  0.007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3863  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.1 
 
 		 288 aa  42.4  0.008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.508575  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0679  4-hydroxybenzoate octaprenyltransferase  30.1 
 
 		 288 aa  42.4  0.008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1719  bacteriochlorophyll/chlorophyll a synthase  34.15 
 
 		 297 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.641378  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1344  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  32.38 
 
 		 316 aa  42  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.256325  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1685  4-hydroxybenzoate polyprenyltransferase  28.44 
 
 		 310 aa  42  0.01  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>