More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1784 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1784  formyl transferase domain protein  100 
 
 
292 aa  584  1e-166  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2463  formyl transferase domain protein  63.79 
 
 
290 aa  383  1e-105  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2469  formyl transferase domain protein  29.2 
 
 
326 aa  93.6  4e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.351452 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4814  methionyl-tRNA formyltransferase  30.34 
 
 
297 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.223084  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  32 
 
 
359 aa  82.4  0.000000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2439  formyl transferase domain-containing protein  26.34 
 
 
252 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.31614 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  34.71 
 
 
318 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3634  putative formyltransferase  31.69 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.374471  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  33.88 
 
 
318 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1529  methionyl-tRNA formyltransferase  32.67 
 
 
312 aa  79  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.525395  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2588  formyl transferase domain protein  26.75 
 
 
254 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.633382 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  28.75 
 
 
310 aa  79  0.0000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  29.66 
 
 
302 aa  78.2  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.117163  normal  0.223995 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1412  putative formyltransferase  31.15 
 
 
311 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1860  methionyl-tRNA formyltransferase  35.14 
 
 
315 aa  77.8  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.346485  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  31.94 
 
 
320 aa  77.4  0.0000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0432  putative formyltransferase  30.92 
 
 
289 aa  77  0.0000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2980  putative formyltransferase  32.97 
 
 
303 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  33.33 
 
 
313 aa  76.6  0.0000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  33.06 
 
 
316 aa  76.6  0.0000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5938  formyl transferase domain-containing protein  37.72 
 
 
315 aa  76.6  0.0000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.723726  normal  0.313498 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  32.52 
 
 
317 aa  76.3  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1053  methionyl-tRNA formyltransferase  30.33 
 
 
312 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2025  Formyl transferase-like  34.15 
 
 
270 aa  75.5  0.000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.45542 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09618  methionyl-tRNA formyltransferase  25.57 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.315311  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0568  methionyl-tRNA formyltransferase  32.33 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000116959  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_02540  methionyl-tRNA formyltransferase  33.33 
 
 
312 aa  74.7  0.000000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0264406  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1951  formyl transferase-like protein  31.45 
 
 
265 aa  74.3  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.311505  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0884  putative formyltransferase  33.59 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.686111  hitchhiker  0.000000271321 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  32.52 
 
 
311 aa  73.9  0.000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3697  putative formyltransferase  31.88 
 
 
308 aa  73.6  0.000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1095  formyl transferase domain protein  30.26 
 
 
316 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0487  methionyl-tRNA formyltransferase  30.47 
 
 
314 aa  72.8  0.000000000006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0552  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  34.43 
 
 
245 aa  72.8  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.414989  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  31.3 
 
 
319 aa  72.4  0.000000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1176  methionyl-tRNA formyltransferase  25.53 
 
 
309 aa  72  0.00000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0139658  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1996  methionyl-tRNA formyltransferase  24.2 
 
 
309 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0898  methionyl-tRNA formyltransferase  31.58 
 
 
311 aa  69.3  0.00000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.212157  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3690  formyl transferase domain protein  31.06 
 
 
311 aa  68.9  0.00000000009  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4017  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  32.37 
 
 
660 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.296213  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  28.46 
 
 
312 aa  67.4  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1714  methionyl-tRNA formyltransferase  23.57 
 
 
309 aa  68.2  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  27.56 
 
 
316 aa  67.8  0.0000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1570  methionyl-tRNA formyltransferase  29.45 
 
 
317 aa  68.2  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00793908 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1221  methionyl-tRNA formyltransferase  26.74 
 
 
304 aa  67  0.0000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.820089  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4569  formyl transferase domain-containing protein  27.87 
 
 
304 aa  67  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1005  methionyl-tRNA formyltransferase  25.66 
 
 
317 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00554605  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3464  fused UDP-L-Ara4N formyltransferase ; UDP-GlcA C- 4'-decarboxylase  33.1 
 
 
315 aa  67  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.65465  hitchhiker  0.00203442 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  29.6 
 
 
313 aa  66.6  0.0000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2156  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  33.33 
 
 
660 aa  66.2  0.0000000006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3851  methionyl-tRNA formyltransferase  26.67 
 
 
333 aa  65.9  0.0000000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.183398  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0838  amino acid adenylation domain-containing protein  32.73 
 
 
1541 aa  65.9  0.0000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0633  formyl transferase domain protein  31.34 
 
 
312 aa  65.5  0.0000000009  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353643  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2926  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  29.55 
 
 
672 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2841  methionyl-tRNA formyltransferase  28.06 
 
 
334 aa  65.5  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.671161  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0438  putative formyltransferase  28.89 
 
 
289 aa  65.5  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.273297 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13431  hypothetical protein  23.24 
 
 
265 aa  64.3  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  29.93 
 
 
315 aa  64.7  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0449  methionyl-tRNA formyltransferase  36.79 
 
 
342 aa  64.7  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.353128  normal  0.364478 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4591  putative formyltransferase  31.82 
 
 
308 aa  64.7  0.000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00877136  hitchhiker  0.00199709 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0787  methionyl-tRNA formyltransferase  22.7 
 
 
316 aa  64.7  0.000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02181  hypothetical protein  33.61 
 
 
660 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1403  NAD-dependent epimerase/dehydratase  33.61 
 
 
660 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  33.33 
 
 
308 aa  63.9  0.000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1275  methionyl-tRNA formyltransferase  26.28 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1394  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  33.61 
 
 
660 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1300  methionyl-tRNA formyltransferase  26.28 
 
 
311 aa  63.9  0.000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.247026  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02140  hypothetical protein  33.61 
 
 
660 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0899  methionyl-tRNA formyltransferase  28.93 
 
 
317 aa  63.9  0.000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  27.81 
 
 
310 aa  63.9  0.000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2550  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  33.61 
 
 
660 aa  63.5  0.000000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1236  formyltransferase, putative  34.65 
 
 
296 aa  63.5  0.000000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000369668  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4226  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  31.65 
 
 
663 aa  63.5  0.000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3177  formyl transferase domain-containing protein  22.93 
 
 
253 aa  63.2  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0915  hypothetical protein  28.93 
 
 
318 aa  63.2  0.000000005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.11737  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2409  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  32.77 
 
 
660 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1678  methionyl-tRNA formyltransferase  30.63 
 
 
318 aa  62.8  0.000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0924  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  32.48 
 
 
660 aa  62.8  0.000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.68062 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1705  methionyl-tRNA formyltransferase  26.32 
 
 
317 aa  62.8  0.000000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2584  hypothetical protein  26.32 
 
 
247 aa  62.4  0.000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.956582  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3177  methionyl-tRNA formyltransferase  24.64 
 
 
315 aa  62.4  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000345004  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0279  formyl transferase domain protein  30.53 
 
 
309 aa  61.6  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1439  methionyl-tRNA formyltransferase  24.75 
 
 
314 aa  62  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2400  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  32.77 
 
 
660 aa  61.6  0.00000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2843  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  30.16 
 
 
668 aa  62  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.322328  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4113  methionyl-tRNA formyltransferase  34.65 
 
 
312 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.195925  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  35.43 
 
 
312 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.159164  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3396  bifunctional UDP-glucuronic acid decarboxylase/UDP-4-amino-4-deoxy-L-arabinose formyltransferase  32.77 
 
 
660 aa  62  0.00000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0138  methionyl-tRNA formyltransferase  28.45 
 
 
315 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.483644  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3948  methionyl-tRNA formyltransferase  29.55 
 
 
334 aa  61.2  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0864  methionyl-tRNA formyltransferase  23.29 
 
 
311 aa  60.8  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000069502  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1040  methionyl-tRNA formyltransferase  29.41 
 
 
309 aa  61.2  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1278  methionyl-tRNA formyltransferase  29.25 
 
 
324 aa  61.6  0.00000002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0156282  normal  0.148843 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1195  putative formyltransferase  31.4 
 
 
313 aa  61.2  0.00000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.132145  normal  0.263795 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2095  phosphoribosylglycinamide formyltransferase  36.08 
 
 
213 aa  60.8  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000370583  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2491  methionyl-tRNA formyltransferase  25.35 
 
 
319 aa  60.8  0.00000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1321  methionyl-tRNA formyltransferase  28.26 
 
 
314 aa  60.5  0.00000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.160366  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1472  methionyl-tRNA formyltransferase  29.57 
 
 
314 aa  60.1  0.00000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1787  methionyl-tRNA formyltransferase  28.21 
 
 
319 aa  60.1  0.00000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2518  methionyl-tRNA formyltransferase  30.4 
 
 
314 aa  60.1  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00000107655  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>