64 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1760 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_1760  protein of unknown function DUF399  100 
 
 
262 aa  548  1e-155  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0505659  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2488  protein of unknown function DUF399  91.92 
 
 
284 aa  504  9.999999999999999e-143  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0534  protein of unknown function DUF399  51.76 
 
 
282 aa  268  5e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0548  protein of unknown function DUF399  52.16 
 
 
282 aa  267  1e-70  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.79129 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3139  hypothetical protein  37.55 
 
 
282 aa  203  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0349  hypothetical protein  37.15 
 
 
282 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000148498 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1775  hypothetical protein  35.16 
 
 
288 aa  187  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.331054  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1023  hypothetical protein  35.25 
 
 
269 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1114  hypothetical protein  35.55 
 
 
285 aa  162  4.0000000000000004e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1815  protein of unknown function DUF399  32.94 
 
 
280 aa  152  4e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0316353 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2756  protein of unknown function DUF399  31.88 
 
 
292 aa  134  1.9999999999999998e-30  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.990555 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1357  hypothetical protein  32.69 
 
 
400 aa  129  6e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.690238  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0117  hypothetical protein  31.7 
 
 
376 aa  109  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2382  PDZ/DHR/GLGF  28.21 
 
 
436 aa  105  7e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2799  protein of unknown function DUF399  30 
 
 
291 aa  99.4  5e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3354  protein of unknown function DUF399  29.17 
 
 
426 aa  97.1  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.331777 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1083  protein of unknown function DUF399  30.63 
 
 
386 aa  97.1  3e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0907  protein of unknown function DUF399  29.17 
 
 
426 aa  96.3  4e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0724996  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1702  protein of unknown function DUF399  36.81 
 
 
411 aa  93.6  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0381555  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1623  hypothetical protein  28.81 
 
 
392 aa  92.8  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1353  protein of unknown function DUF399  26.79 
 
 
244 aa  85.9  6e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000200413  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3346  protein of unknown function DUF399  32.39 
 
 
411 aa  84.7  0.000000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.655162  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03054  hypothetical protein  25.49 
 
 
315 aa  81.6  0.00000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6096  protein of unknown function DUF399  33.78 
 
 
297 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.939733  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1590  hypothetical protein  23.26 
 
 
325 aa  78.2  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2732  hypothetical protein  24.69 
 
 
390 aa  77.8  0.0000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.196703  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2937  hypothetical protein  28.1 
 
 
368 aa  77  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.302758 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0011  hypothetical protein  26.69 
 
 
345 aa  75.9  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.113943  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1409  hypothetical protein  32.82 
 
 
285 aa  75.1  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00776677 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2447  protein of unknown function DUF399  30.46 
 
 
561 aa  74.7  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0135  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  27.41 
 
 
454 aa  74.3  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.0450111 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3472  hypothetical protein  26.61 
 
 
310 aa  73.6  0.000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0541  PDZ/DHR/GLGF  33.33 
 
 
462 aa  72.8  0.000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0149292  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1026  protein of unknown function DUF399  25.36 
 
 
286 aa  72.4  0.000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.604469  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4646  protein of unknown function DUF399  35.34 
 
 
400 aa  72.4  0.000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.342836  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0461  protein of unknown function DUF399  25.87 
 
 
392 aa  71.6  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.978142  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002904  uncharacterized iron-regulated protein  25.36 
 
 
315 aa  71.2  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4684  hypothetical protein  27.07 
 
 
294 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000139338  unclonable  2.48633e-16 
 
 
-
 
NC_011670  PHATRDRAFT_43594  predicted protein  25.2 
 
 
553 aa  68.9  0.00000000007  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0868  putative lipoprotein  22.51 
 
 
312 aa  68.6  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.295521  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1736  hypothetical protein  23.85 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.317889  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4686  hypothetical protein  29.92 
 
 
294 aa  66.6  0.0000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0433823  hitchhiker  0.00020282 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3428  putative lipoprotein  26.89 
 
 
293 aa  65.9  0.0000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.243183  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0996  hypothetical protein  23.85 
 
 
294 aa  65.5  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.0000003663  unclonable  1.3879200000000002e-18 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4550  hypothetical protein  31.3 
 
 
294 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000869359  decreased coverage  0.0000000103556 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2981  hypothetical protein  24.51 
 
 
359 aa  63.5  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.485349  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1026  hypothetical protein  23.26 
 
 
258 aa  63.5  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.823473  normal  0.048424 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0748  hypothetical protein  25.1 
 
 
295 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000000345483  decreased coverage  0.00000000000109696 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3179  protein of unknown function DUF399  26.09 
 
 
345 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0322303  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3071  protein of unknown function DUF399  26.27 
 
 
342 aa  58.2  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5421  hypothetical protein  23.11 
 
 
293 aa  57  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00114595  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62270  hypothetical protein  24.6 
 
 
295 aa  56.6  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000118549  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1587  PDZ/DHR/GLGF domain-containing protein  27.83 
 
 
395 aa  54.7  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.397404  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0511  protein of unknown function DUF399  26.83 
 
 
322 aa  53.9  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1348  hypothetical protein  27.27 
 
 
552 aa  52.8  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4797  hypothetical protein  28.44 
 
 
283 aa  51.6  0.00001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  unclonable  0.000000000000115582  unclonable  0.0000208152 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3583  hypothetical protein  23.98 
 
 
278 aa  50.8  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0170  TonB-dependent colicin lipoprotein, putative  22.42 
 
 
283 aa  48.5  0.0001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3469  hypothetical protein  21.97 
 
 
284 aa  47.8  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4787  protein of unknown function DUF399  23.11 
 
 
256 aa  47  0.0003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.401942  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0118  CjrA  22.4 
 
 
283 aa  45.1  0.001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42580  iron(III) ABC transporter  24.37 
 
 
308 aa  45.4  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00000751196  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0483  hypothetical protein  26.09 
 
 
275 aa  45.4  0.001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.173001 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1052  chain X  20.5 
 
 
282 aa  43.5  0.003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>